计算化学公社

标题: PMF平台区波动的原因是什么？ [打印本页]

作者
Author: libin093 时间: 2020-11-5 10:52
标题: PMF平台区波动的原因是什么？
各位老师、社长好，我在做小分子吸附到CNT表面的PMF时，平台区出现了如图所示的波动（一些分子没有波动，另外一些出现了波动），请问这是由什么原因造成的？该如何解决呢？

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-11-5 17:16
本帖最后由 k64_cc 于 2020-11-5 17:18 编辑

多少data？平衡多久？
（如果用Umbrella Sampling）Overlapping？Variance？
啥都没有咋分析质量啊……

作者
Author: libin093 时间: 2020-11-6 10:28

k64_cc 发表于 2020-11-5 17:16
多少data？平衡多久？
（如果用Umbrella Sampling）Overlapping？Variance？
啥都没有咋分析质量啊……

2ns的npt，20ns的prd，距离是0.6~1.6nm。0.1nm窗口，共11个窗口

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-11-6 12:01

libin093 发表于 2020-11-6 10:28
2ns的npt，20ns的prd，距离是0.6~1.6nm。0.1nm窗口，共11个窗口

你这个overlap大概是在行与不行之间……看看variance吧。Grossfield lab给的wham后处理软件可以bootstrap的算variance，或者你用mbar分析，也能给个variance出来。要是variance很小，那波动就是客观存在的。
如果是我的话，窗口会加倍。

作者
Author: libin093 时间: 2020-11-6 17:05

k64_cc 发表于 2020-11-6 12:01
你这个overlap大概是在行与不行之间……看看variance吧。Grossfield lab给的wham后处理软件可以bootstrap ...

非常感谢您的解惑，我之前测试过加倍的overlap，数据曲线和这个差不多，就用现在的跑出来，先大概有个了解，我试试bootstrap看一下variance。还有个问题想请教，如果对于含离子的复杂体系，怎么把PMF曲线进行分解，得到每一部分（如离子、水、模拟分子等）对PMF的贡献？

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-11-7 18:00

libin093 发表于 2020-11-6 17:05
非常感谢您的解惑，我之前测试过加倍的overlap，数据曲线和这个差不多，就用现在的跑出来，先大概有个了 ...

dG = dH -TdS。先看自由能是H驱动还是TS驱动。如果是H驱动，想辙能量分解；如果是TS驱动，就做diffusion const啦，氢键寿命啦啥的

作者
Author: libin093 时间: 2020-11-8 10:47

k64_cc 发表于 2020-11-7 18:00
dG = dH -TdS。先看自由能是H驱动还是TS驱动。如果是H驱动，想辙能量分解；如果是TS驱动，就做diffusion ...

我用bootstrap看了variance，其他区域都比较小，平台区比较大，文献里类似（文献里平台区是很平的平台，但variance也是比较大）

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Author: k64_cc 时间: 2020-11-8 18:46
本帖最后由 k64_cc 于 2020-11-8 18:48 编辑

libin093 发表于 2020-11-8 10:47
我用bootstrap看了variance，其他区域都比较小，平台区比较大，文献里类似（文献里平台区是很平的平台， ...

得看是多大。如果variance和你图里的波动差不多大，那就继续加window加数据吧……
或者你看看轨迹，观察一下是不是有啥合理的解释，比如说你CV设了质心距离，然后在平台区小分子的某个端点可以和界面有相互作用。

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