计算化学公社
标题: 用gaussian和AmberTool拟合resp电荷出现问题 [打印本页]
作者Author: momian 时间: 2015-11-3 21:24
标题: 用gaussian和AmberTool拟合resp电荷出现问题
背景介绍：本人在读完卢天写的“原子电荷计算方法的对比”（ ActaPhys. -Chim.Sin. 2012, 28 (1), 1-18）之后，了解到可以用AmberTool工具处理milliken电荷得到RESP电荷。我先用上面提到的文章中的在HF/6-31G* 级别下计算得到milliken电荷，再使用AmberTool工具中的antechamber指令处理得到我希望的RESP电荷。于是出现下面的两个问题：
存在的问题：（1）用”antechamber –L”查看具体的支持的格式发现如下图1所示的信息，有图片上可以知道“RESP”“AM1-BCC”是分属于不同的Charge Methods的，可是在上面提到的文章中认为“AM1-BCC”是一种简单的近似计算RESP电荷的方法,这就把我弄糊涂了。（2）问题（1）中提到的antechamber指令我的完整指令是：antechamber -ilyp-20peg.chk -fi gout -o lyp-20peg.mol2-fo mol2 -c resp -nc 0.运行之后直接报错，报错信息如下图2. 按照图示信息，我在关键词中添加了“iop(6/33=2)iop(6/42=6) iop(6/50=1”和关键词“geom=check guess=read”读取优化后的结构文件*.Chk，计算完成后依旧报错，报错信息与图2完全相同。
(, 下载次数 Times of downloads: 61)
(, 下载次数 Times of downloads: 69)
希望解决的问题：（1）在问题（2）中提到的“iop(6/33=2) iop(6/42=6) iop(6/50=1”这几个关键词在“原子电荷计算方法的对比”中说到计算MK电荷才需要，为什么计算resp电荷也会出现提示让我加上去,还有这个过程我还有哪些基本问题没有弄清楚？希望推荐阅读的资料；（2）在读到的文献中提到拟合RESP电荷的相关表述“the one-conformation two-step RESP method
was used to derive the atom charges by fitting the electrostatic potential generated from QM calculations at HF/6-31G+(d)level.”中提到的“two-step”指的就是先用g09优化结构，计算milliken电荷和antechamber指令得到resp电荷这两步吗？
由于本人是自己在单独摸索这个过程，中间可能会有一些低级问题和错误，希望大家不吝赐教。
感谢
作者Author: sobereva 时间: 2015-11-3 22:17
这篇文章也建议看看
拟合静电势电荷的计算方法（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=221）
不是文章认为AM1-BCC是对RESP的近似，而是AM1-BCC的作者初衷就是弄一个又快结果质量又接近RESP的方法。这是两种方法，所以antechamber当然会单独列出。
你的antechamber命令行不对。chk是高斯的私有格式，显然antechamber没法利用它。
计算MK电荷本身完全不需要那些IOp。antechamber要从高斯的out文件中读取分子表面上一堆点的静电势数据才能计算RESP电荷，那些数据在高斯算MK电荷的同时结合那些IOp的时候才会输出到高斯输出文件中。
Mulliken电荷跟RESP电荷没有丝毫关系，而且那不叫milliken电荷，此文专门说了这事
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
2019-May-14补充的重要说明
antechamber算RESP电荷的做法早已过时，目前最佳的计算RESP电荷的方法是用Multiwfn，又快又灵活强大，远比antechamber好用得多，详见：
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）
作者Author: stecue 时间: 2015-11-3 23:54
iop(6/33=2) iop(6/42=6) iop(6/50=1)这几个关键字是要求Gaussian输出RESP Fitting。其中
iop(6/33=2)是进行RESP Fitting并输出到Gaussian的.log文件。
iop(6/42=6)是指定精度（的关键字之一）。
以上两个关键字可以在Gaussian 03及之前的版本中使用。
iop(6/50)=1是Gaussian 09 C.01之后推荐的独立于高斯输出文件的resp文件格式，在antechamber中称为"gesp"，使用时需要在高斯输入文件末尾指定单独的gesp的文件名称。
Gaussian 09B.01（可能还有G09A，没有该版本不知道)“误删”了RESP Fitting的代码，所以以上关键字没一个管用。
Gaussian 09C.01及后续版本恢复了误删的代码并且加上了gesp的代码，所以以上关键字全部可以使用。
作者Author: planet5460 时间: 2015-11-6 23:55
iop（6/50）=1，在最后加上XX.gesp，算完可以的gesp文件，在用antechamber去处理，得到prep文件
作者Author: zn574622667 时间: 2016-12-13 11:20
我想问是iop(6/50=1) 还是iop(6/50)=1
作者Author: sobereva 时间: 2016-12-14 00:36
前者
作者Author: kjxwl3 时间: 2017-3-12 20:51
sob大神，我在gaussian中采用关键词：
#b3lyp Pop=MK iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1)
来计算resp是，最后报了l602的错误，我尝试调整iop，才没有报错：
Pop=MK IOp(6/33=2,6/41=10,6/42=17)
通过antechamber也得到了resp的电荷，前面那个iop不知道为什么会报错。我用的是G09D01版本的
作者Author: sobereva 时间: 2017-3-12 21:24
对于Ambertools16 + Gaussian 09 D.01/E.01，就用以下步骤就行了，不要做额外的修改（除了理论方法和基组）。6/50=1是不需要的
(1) 产生Gaussian计算MK电荷的输入文件 antechamber -i ethanol.mol2 -fi mol2 -o ethanol.gjf -fo gcrt
(2) 用Gaussian执行 g09 < ethanol.gjf > ethanol.out
(3) 做RESP电荷计算并产生分子的库文件（会从ethanol.out中读取分子附近格点上的静电势数据） antechamber -i ethanol.out -fi gout -c resp -o ethanol.prepin -fo prepi
你的关键词里也没定义基组，此时是STO-3G，得到的RESP电荷会很烂
作者Author: zn574622667 时间: 2017-3-29 16:29
谢谢
作者Author: 小范范1989 时间: 2017-8-20 10:47
本帖最后由 小范范1989 于 2017-8-20 11:03 编辑
sob老师好，按照您说的这个方法。我用高斯09D01计算了输出文件，
# b3lyp 6-31g(d) empiricaldispersion=gd3bj Pop=mk iop(6/33=2) iop(6/42=6)
然后，采用 antechamber -i ethanol.out -fi gout -c resp -o ethanol.prepin -fo prepi指令，执行之后，产生了好几个输出文件，有ANTECHAMBER.ESP 还有ANTECHAMBER_RESP1.OUT等文件。这个RESP得到的原子电荷从哪个输入文件中找呢？找哪一快数据呢？谢谢老师指点。
| 欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) |
Powered by Discuz! X3.3 |