计算化学公社

标题: 求助蛋白质和小分子动力学模拟 [打印本页]

作者
Author: BabysBreath 时间: 2020-11-5 20:25
标题: 求助蛋白质和小分子动力学模拟
想麻烦问一下大家怎么用Gromacs做分子动力学模拟呢？我之前尝试用autodock先把小分子和蛋白质对接后在跑gmx，但是residue database不识别我的小分子。而我如果先分别生成小分子和蛋白质的topol文件，分析后发现两者并不是结合在一起在溶液中跑的~而如果直接把对接后的结果拿到PRODRG类似的服务器处理，则是要么失败要么成功后，输出的文件把小分子打散了并分别插入到蛋白的各个位点上，但即便这样，还是有residue不会被识别。所以想麻烦问一下各位老师~谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-5 23:45
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

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作者
Author: lao7 时间: 2020-11-5 23:47
这个问题很大！最近正在跑蛋白质和小分子。

作者
Author: BabysBreath 时间: 2020-11-6 12:51

sobereva 发表于 2020-11-5 23:45
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1- ...

好的，谢谢社长，另外还想麻烦问一下如果做小分子和蛋白的话要先对接吗？如果要的话怎么通过命令行分离小分子和蛋白质？谢谢社长~

作者
Author: eagletyr 时间: 2020-11-6 13:00

BabysBreath 发表于 2020-11-6 12:51
好的，谢谢社长，另外还想麻烦问一下如果做小分子和蛋白的话要先对接吗？如果要的话怎么通过命令行分离小 ...

如果晶体结构已经是蛋白和配体的复合物就不用对接了，否则就要对接。分离蛋白和配体直接用文本打开pdb文件当成文本处理（复制粘贴等），也可以在linux下对文本搜索（比如grep等），还可以用chimera软件处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-8 19:22

BabysBreath 发表于 2020-11-6 12:51
好的，谢谢社长，另外还想麻烦问一下如果做小分子和蛋白的话要先对接吗？如果要的话怎么通过命令行分离小 ...

命令行分离的话可以把pdb里的ATOM和HETATM开头的两种行分别存到两个文件里，分别对应生物大分子和其它类型分子中的原子

作者
Author: BabysBreath 时间: 2020-11-9 12:29
好哒，谢谢

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