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标题: 请问各位老师gromacs中进行升温退火的作用是什么？ [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-11-6 11:02
标题: 请问各位老师gromacs中进行升温退火的作用是什么？
请问各位老师gromacs中进行升温退火的作用是什么？什么时候需要添加退火的参数？

作者
Author: eagletyr 时间: 2020-11-6 12:34
只要有变温过程就要用退火，比如从0K升温到300K。另外在研究一些分子的构象时可以用高温让其越过势垒，可以升到较高温度再降温，反复几次。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-7 17:23
退火在GROMACS里泛指按照人为指定方式变化参考温度值，从而令体系温度也以自己期望的方式变化的模拟。

比如可以让新搭建的体系平缓升温到期望温度，保证动力学稳定性。也可以缓慢升温/降温考察比如物质的熔点/冰点。也可以做周期性退火，用于构象/构型搜索的目的，此文里介绍了：
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

作者
Author: xxzj 时间: 2021-10-19 08:50

sobereva 发表于 2020-11-7 17:23
退火在GROMACS里泛指按照人为指定方式变化参考温度值，从而令体系温度也以自己期望的方式变化的模拟。

...

老师，我有两组分子A和B需要进行动力学模拟，而且需要放入同一篇文章中，然后进行动力学模拟时会出现真空区或者跑爆炸的情况，A的解决方法时从高温逐渐降低到室温可以正常进行模拟，而B在高温下出现爆炸情况，如果从低温逐渐升高到室温则可以正常模拟，所以想请问老师，两种不同方法进行模拟可以放同一篇文章中结果对比吗？还是对于B方法从低温先升至高温再降低至室温？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-19 09:11

xxzj 发表于 2021-10-19 08:50
老师，我有两组分子A和B需要进行动力学模拟，而且需要放入同一篇文章中，然后进行动力学模拟时会出现真空 ...

说清楚是什么样的分子
如果是小分子液体，正常的模拟方式就是先从低温升到目标温度

作者
Author: xxzj 时间: 2021-10-19 09:15
本帖最后由 xxzj 于 2021-10-19 09:32 编辑

sobereva 发表于 2021-10-19 09:11
说清楚是什么样的分子
如果是小分子液体，正常的模拟方式就是先从低温升到目标温度

老师，是固体，卟啉类小分子，然后低温下npt可以正常模拟，然后因为两组分子需要放一篇文章中，一组是从高温降至室温进行动力学模拟，一组则是低温升至室温进行模拟，由于方式不同，想请问老师这样可以吗？还是为了统一，第二组分子从低温升至高温再降至室温？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-20 02:22

xxzj 发表于 2021-10-19 09:15
老师，是固体，卟啉类小分子，然后低温下npt可以正常模拟，然后因为两组分子需要放一篇文章中，一组是从 ...

先升温，再降到实际研究的温度，可以使得分子的分布、朝向在高温期间充分自发弛豫，这样得到的最终结果相对比较有意义，消除了初始建模时可能存在的不合理性。
而只是从低温升温到实际研究的温度，体系始终都是固态，如果初始结构偏离实际情况明显，则最后模拟的结果没有意义。

作者
Author: bobosiji 时间: 2022-1-5 22:05

sobereva 发表于 2021-10-19 09:11
说清楚是什么样的分子
如果是小分子液体，正常的模拟方式就是先从低温升到目标温度

你好sob老师，想就这个问题继续请教一下您！我的体系是小分子的水溶液（体系一共几千个原子），想用Einstein方程（就是mean square deviation对时间t的斜率）算溶质的扩散率。因为溶质分子个数很少，想多次模拟后算扩散率的平均值以及方差。升温平衡后有两种跑成品模拟的温度设置方法：1.从0K开始升温到室温，再保持室温进行模拟 2. 直接设定初始温度为室温（每次使用不同的random-seed）进行模拟。
如果使用方法1，不知道大概需要多少ns升温298K比较稳妥？2，初始温度都是0K的话，会不会因为初始状态都一样，多次模拟sample的相空间实际上是同一区域，因而不能达到代表性取样？
使用方法2，每次初始速度（各原子坐标已经过升温-平衡过程）都不一样的话，每次模拟sample的相空间肯定很不一样，代表性强；体系简单只有几千原子的话，5ns应该也足够平衡（不知成品模拟用nose-hoover还是v-rescale好？我们尝试过，两者算的扩散率没有显著差异）。但您的意思“正常的模拟方式就是先从低温升到目标温度”？不知道我们想到的方法1、2，哪个更好呢？多谢提点~

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-6 00:44

bobosiji 发表于 2022-1-5 22:05
你好sob老师，想就这个问题继续请教一下您！我的体系是小分子的水溶液（体系一共几千个原子），想用Einst ...

没必要纠结哪种方式升温。这种体系只要在最终目标温度下跑过一阵达到平衡，之后就能算扩散系数了。前期怎么升温都一样。只不过通过退火设置要求线性升温往往更为稳妥一些，避免可能由于升温太快导致体系崩了。

怎么判断平衡下文说了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

热浴始终都用V-rescale。

作者
Author: 一条君 时间: 2023-12-16 17:46
本帖最后由一条君于 2023-12-17 20:27 编辑

请删帖，谢谢

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