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标题: 求助卟啉分子吸附在平面的表面增强拉曼光谱的计算问题 [打印本页]

作者
Author: NicoleJiao 时间: 2020-11-6 13:36
标题: 求助卟啉分子吸附在平面的表面增强拉曼光谱的计算问题
老师们好，算表面增强拉曼光谱，卟啉分子吸附在一个平面上，固定平面算出来的卟啉的拉曼光谱竟然比单卟啉的拉曼光谱还弱很多，用的b3lyp/def2svp，第一次算表面增强，大家遇到过这种其概况吗？我应该怀疑的计算出错了？

作者
Author: NicoleJiao 时间: 2020-11-6 13:44
# opt freq=raman b3lyp def2svp em=gd3bj

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-6 15:25
你的表面是什么？

作者
Author: zkc0422 时间: 2020-11-6 17:04
1.用的什么金属作为平面
2.卟啉分子接触位点和平面的距离

作者
Author: Markmahao 时间: 2020-11-6 18:17
用普通DFT计算表面增强拉曼，一般来说明确的化学吸附算起来意义大一些，而且和你用什么、多大的簇关系很大。算SERS的方法很多，用DFT直接算并不明智。

作者
Author: NicoleJiao 时间: 2020-11-6 21:56

wzkchem5 发表于 2020-11-6 15:25
你的表面是什么？

老师，表面不是金属体系，是类似石墨烯的苯环和碳碳三键相连的平面。

作者
Author: NicoleJiao 时间: 2020-11-6 21:57

zkc0422 发表于 2020-11-6 17:04
1.用的什么金属作为平面
2.卟啉分子接触位点和平面的距离

老师，不是金属体系，距离3.25埃

作者
Author: NicoleJiao 时间: 2020-11-6 21:58

Markmahao 发表于 2020-11-6 18:17
用普通DFT计算表面增强拉曼，一般来说明确的化学吸附算起来意义大一些，而且和你用什么、多大的簇关系很大 ...

学习了，谢谢老师

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-6 22:41

NicoleJiao 发表于 2020-11-6 21:56
老师，表面不是金属体系，是类似石墨烯的苯环和碳碳三键相连的平面。

那不就是石墨炔嘛

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-6 23:15

NicoleJiao 发表于 2020-11-6 21:56
老师，表面不是金属体系，是类似石墨烯的苯环和碳碳三键相连的平面。

基底是半导体吧？
半导体不一定有明显的SERS，SERS主要是金属有

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-7 17:30
怀疑计算结果之前，你先提供证据卟啉吸附在此类表面上确实有SERS现象

作者
Author: NicoleJiao 时间: 2020-11-7 18:36

喵星大佬发表于 2020-11-6 22:41
那不就是石墨炔嘛

是的老师

作者
Author: NicoleJiao 时间: 2020-11-7 18:39

wzkchem5 发表于 2020-11-6 23:15
基底是半导体吧？
半导体不一定有明显的SERS，SERS主要是金属有

好的老师，有一个问题请教您，卟啉吸附在石墨炔上，距离大约2.3埃，我对复合物进行优化的时候，要加em=gd3bj吗？我测试了一下，加上它和不加的能量差为0.4（log的输出结果直接做差）

作者
Author: NicoleJiao 时间: 2020-11-7 18:44

sobereva 发表于 2020-11-7 17:30
怀疑计算结果之前，你先提供证据卟啉吸附在此类表面上确实有SERS现象

嗯嗯好的老师，是给别人算的课题，我去详细了解下。
老师，还有一个问题：算吸附能，氧化石墨烯吸附在磷脂上，步骤：
1.在优化复合体系的时候必须要加em=gd3bj
2.然后分别单独算两个单体的单点能的时候，去掉em=gd3bj
3.最后根据吸附能的计算公式做差
这样理解对吗？我在分别算单体的单点能时忘记去掉em=gd3bj，之后又去掉计算了一遍单点能，发现差别还挺大。

作者
Author: NicoleJiao 时间: 2020-11-7 18:45

wzkchem5 发表于 2020-11-6 23:15
基底是半导体吧？
半导体不一定有明显的SERS，SERS主要是金属有

老师，这种体系，算opt和freq=raman的时候，都得加上em=gd3bj？

作者
Author: NicoleJiao 时间: 2020-11-7 18:51

wzkchem5 发表于 2020-11-6 23:15
基底是半导体吧？
半导体不一定有明显的SERS，SERS主要是金属有

老师，再请教您一个问题：对卟啉和石墨炔复合物，我计算opt和freq=raman的时候都加上了em=gd3bj，后来单独对卟啉做opt和freq=raman（比较拉曼是否增强），两者这样比较合适吗？毕竟前者加了em=gd3bj，后者没有加。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-7 20:18

NicoleJiao 发表于 2020-11-7 18:39
好的老师，有一个问题请教您，卟啉吸附在石墨炔上，距离大约2.3埃，我对复合物进行优化的时候，要加em=gd ...

要加。单点能的差别倒看不出什么，因为只有吸附前后的能量差是重要的，不过对于这种非共价吸附体系，肯定是要加色散校正的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-7 20:20

NicoleJiao 发表于 2020-11-7 18:44
嗯嗯好的老师，是给别人算的课题，我去详细了解下。
老师，还有一个问题：算吸附能，氧化石墨烯吸附在磷 ...

必须始终加em=gd3bj，即使单体也要加，因为em=gd3bj不仅包括分子间色散，也包括分子内色散，所以如果复合物加色散校正而单体没加，等于分子内色散没有减掉，你得到的就不止是你需要的分子间色散能了。
极端一点说，即使你研究的是氢气在基底上的吸附，氢气也要加em=gd3bj，因为两个氢原子之间有一点色散。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-7 20:22

NicoleJiao 发表于 2020-11-7 18:45
老师，这种体系，算opt和freq=raman的时候，都得加上em=gd3bj？

对，必须都加。
opt必须加，否则不能准确得到卟啉和基底之间的距离；色散校正对freq的直接影响倒不大，但是freq的理论级别必须和opt严格一致，而opt必须加，所以freq也必须加

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-8 19:25

NicoleJiao 发表于 2020-11-7 18:39
好的老师，有一个问题请教您，卟啉吸附在石墨炔上，距离大约2.3埃，我对复合物进行优化的时候，要加em=gd ...

谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

作者
Author: NicoleJiao 时间: 2020-11-9 11:33

sobereva 发表于 2020-11-8 19:25
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.kei ...

明白，谢谢老师。

作者
Author: NicoleJiao 时间: 2020-11-9 11:33

wzkchem5 发表于 2020-11-7 20:22
对，必须都加。
opt必须加，否则不能准确得到卟啉和基底之间的距离；色散校正对freq的直接影响倒不大， ...

受益良多，谢谢老师

作者
Author: Yaqi 时间: 2020-11-9 11:58

NicoleJiao 发表于 2020-11-7 18:44
嗯嗯好的老师，是给别人算的课题，我去详细了解下。
老师，还有一个问题：算吸附能，氧化石墨烯吸附在磷 ...

你这个吸附过程涉及弱相互作用的话，要加D3矫正。
理论上计算结合能，计算复合物与两个片段的单点能时，计算级别和方法应保持完全一致，这样求差才有意义。
我一般的做法是：编辑好复合物单点能的输入文件后，直接复制两份，相应地删除两个片段的坐标信息，关键词保持不变，注意调整对应的电荷与自旋多重度，就可以得到两个片段单点能的输入文件了，然后一起提交计算即可。

作者
Author: NicoleJiao 时间: 2020-11-10 09:29

Yaqi 发表于 2020-11-9 11:58
你这个吸附过程涉及弱相互作用的话，要加D3矫正。
理论上计算结合能，计算复合物与两个片段的单点能时， ...

学到了，谢谢您。

作者
Author: Yaqi 时间: 2020-11-11 17:12

NicoleJiao 发表于 2020-11-10 09:29
学到了，谢谢您。

补充一点：不要忘记基组重叠误差，参看：谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)