计算化学公社

标题: 公社群聊记录Q&A整理概况 [打印本页]
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-11-4 02:06
标题: 公社群聊记录Q&A整理概况
本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-2-23 23:30 编辑

在公社群里呆着看每天收获都不小，但毕竟群里的“信息传递速率”是蛮低的，有时Sob回答了一个问题要往上翻好几页才能找到问题，同时有很多Sob的回答不看就丢失了，也导致了不断的有不同人问同样的问题（比如最高频的“（minimum/TS）优化不收敛怎么解决”，“l9999怎么解决”，“为什么maxcycle=1000了还不收敛”...）。

于是花了大概两三天的闲（shang）暇（ke）时间，写了个充满bug的小程序，去抓Sob的回答并分析哪个记录是问题。有的时候Sob会@提问者，尤其是（在凌晨/清早的某个时刻）批量回复的时候，这些比较简单；如果是实时的回答就比较困难了，尤其是群里比较热闹的时候，遂调用了一个语义分析的库，加上一些简单的参数如时间差付以权重，就可以使程序以一定概率推荐出其对应的问题，辅之以用一个小GUI实现的人为调（教）就可以比较快速的整出记录：

(, 下载次数 Times of downloads: 59)


下面这个问题已修正，见3楼

由于同一人会连续提问多个问题，Sob会连续回答，（虽然其实是为了编程处理方便）。故连续问答的聊天记录都处理成了下面的形式（#这是注释，不在记录中存在），机智的大家一定可以figure out这个对话是怎么回事的（虽然其实只是我懒）：

  1. ----------------------------------------------------
  2. 2015.11.02 17:27:38
  3. Q:
  4. #问题1# 请问用赝势算金属的核磁能准吗
  5. #问题2# 那我想算金属原子的isotropic hyperfine coupling，不是要从NMR中得到吗？如果不能用赝势，拿什么基组算呢
  6. #问题3# VTZ可以吗
  7. #问题4# 我想算Sc Y Lu Ga的核磁，有没有一种基组对这几种金属全部使用呢
  8. #问题5# 不是每一个基组都能包含镧系和锕系的，我要做对照计算，所以需要一个基组能包含我要算的所有金属原子
  9. #问题6# 请问老师，有没有有个确定的基组可以符合要求，谢谢
  10. #问题7# 这个基组要用HF是吧
  11. #问题8# 用B3LYP可以吗
  12. #问题9# 这个计算的时候要加上int=dkh2吗

  14. A:
  15. #回答1# 用赝势的原子不可能算它的核磁
  16. #回答2# 全电子基组，考虑相对论
  17. #回答3# VTZ根本不是一个定义确切的基组，可以指代很多不同基组
  18. #回答3# 常见的全电子基组这里开头都简要说了
  19.    
  20.     在赝势下做波函数分析的一些说明
  21.     http://sobereva.com/156
  22. #回答6# UGBS
  23. #回答6# ANO-RCC
  24. #回答6# 文中都写了啊
  25. #回答7&8# 什么理论方法都行
  26. #回答9# 加

  28. ----------------------------------------------------
复制代码

另外会识别出一些奇怪的东西比如：

(, 下载次数 Times of downloads: 63)

我看见了会点掉，看不见(-_-)就这样吧。


目前有两个硬伤，估计短期内不会解决：
首先：没有图片，带了图片的几个月的聊天记录轻松上几百兆（即使不带图片，光.txt也上10MB了，载入后共277741条记录，光文字的载入和对象初始化就得几十秒（是的我懒得优化算法）），我还没有能力轻松地handle它。图片在聊天记录里会显示为文字：“[图片]”，请自行脑补。

其次：所有的回答只包括Sob老师的回答，这是力所能及的，但没有精力把所有人的回答搜集下来。不过我认为很大程度上足够了。

以及不怎么重要的，目前不记录提问者是谁。这其实很容易加上，但是我觉得增加了很多无用信息。故还是去掉了。
---------------------------------------------
目前最终的测试结果，大概每周的群聊记录需要2~3个小时整理出来，毕竟内容太多了。以及找Sob要来了2013年至今的群聊记录，所以（朝前/朝后）看心情更。



聊天记录整理结果持续另贴发布，目录见二楼，不定期更新。
由于Sob给开了专门的板块（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=forumdisplay&fid=103&filter=typeid&typeid=224），目录不再更新


作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-11-18 00:46
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-5-15 18:33 编辑


由于Sob给开了专门的板块（http://bbs.keinsci.com/forum.php ... peid&typeid=224），目录不再更新

目录：
  1. 2015.10.22 17 ~ 2015.10.24 21        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2244
  2. 2015.10.24 20 ~ 2015.10.28 15        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2062
  3. 2015.10.28 15 ~ 2015.10.30 20        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2046
  4. 2015.10.30 20 ~ 2015.11.02 18        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2023
  5. 2015.11.02 18 ~ 2015.11.03 18        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2045
  6. 2015.11.03 19 ~ 2015.11.05 00        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2031
  7. 2015.11.05 10 ~ 2015.11.07 15        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2061
  8. 2015.11.06 12 ~ 2015.11.10 17        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2203
  9. 2015.11.10 17 ~ 2015.11.13 16        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2187
  10. 2015.11.13 08 ~ 2015.11.15 20        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2170
  11. 2015.11.15 20 ~ 2015.11.17 12        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2165
  12. 2015.11.17 22 ~ 2015.11.19 23        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2225
  13. 2015.11.19 20 ~ 2015.11.22 19        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2218
  14. 2015.11.23 03 ~ 2015.11.25 10        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2243
  15. 2015.11.28 16 ~ 2015.12.01 14        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2282&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D224
  16. 2015.11.25 10 ~ 2015.11.26 15        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2281&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D224
  17. 2015.11.26 15 ~ 2015.11.28 14        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2291&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D224
  18. 2015.12.01 14 ~ 2015.12.02 18        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2303&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D224
  19. 2015.10.21 20 ~ 2015.10.22 21        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2310&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D224
  20. 2015.12.02 18 ~ 2015.12.05 00        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2311&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D224
复制代码



（注意到上面的时间不一定是完整衔接的，这是因为程序自动生成的文件名是以某次问答的最初一条时间为本次问答的时间，如 23:00提问，Sob 次日 8:00回答本提问；下一条 11:00提问，而消息记录正好在这两个问答间分割，则第一篇Q&A只会显示记录至前一天23:00，后一篇将显示 11:00开始，但其实中间并没有中断。这一中断时间不会超过：在取3条连续的sob回复时，这3条记录所能覆盖的最长时间，程序输出时已做检查，但注意这一检查通过是连续的必要不充分条件。）



作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-11-27 07:17
## Update ##
考虑到冗长的多回合问答越来越多：
改善了之前（其实比较蛋疼的）问题堆一起、回答堆一起的模式，由：
  1. ----------------------------------------------------
  2. 2015.11.02 17:27:38
  3. Q:
  4. #问题1# 请问用赝势算金属的核磁能准吗
  5. #问题2# 那我想算金属原子的isotropic hyperfine coupling，不是要从NMR中得到吗？如果不能用赝势，拿什么基组算呢
  6. #问题3# VTZ可以吗
  7. #问题4# 我想算Sc Y Lu Ga的核磁，有没有一种基组对这几种金属全部使用呢
  8. #问题5# 不是每一个基组都能包含镧系和锕系的，我要做对照计算，所以需要一个基组能包含我要算的所有金属原子
  9. #问题6# 请问老师，有没有有个确定的基组可以符合要求，谢谢
  10. #问题7# 这个基组要用HF是吧
  11. #问题8# 用B3LYP可以吗
  12. #问题9# 这个计算的时候要加上int=dkh2吗

  14. A:
  15. #回答1# 用赝势的原子不可能算它的核磁
  16. #回答2# 全电子基组，考虑相对论
  17. #回答3# VTZ根本不是一个定义确切的基组，可以指代很多不同基组
  18. #回答3# 常见的全电子基组这里开头都简要说了
  19.    
  20.     在赝势下做波函数分析的一些说明
  21.     http://sobereva.com/156
  22. #回答6# UGBS
  23. #回答6# ANO-RCC
  24. #回答6# 文中都写了啊
  25. #回答7&8# 什么理论方法都行
  26. #回答9# 加

  28. ----------------------------------------------------
复制代码


变成了：
  1. ----------------------------------------------------
  2.     2015.11.13 17:44:53
  3. Q:
  4.     我想问一下，群里有谁做过AMBER的MM-PBSA教程么？？？我刚第一步下载pdb文件就显示：The file contained 3862 atoms not in residue templates。然后我运行saveamberparm com ras-raf.prmtop ras-raf.inpcrd这一步，总是显示：FATAL:  Atom .R<LEU 242>.A<O 19> does not have a type.
  5.     FATAL:  Atom .R<LEU 242>.A<OXT 20> does not have a type.
  6.     Failed to generate parameters
  7.     Parameter file was not saved.  这个问题怎么破？？？跪谢大神指点
  8.    
  9. A:
  10.     可能leap里没有载入力场库
  11.    
  12. Q:
  13.     啊。。。那要怎么添加呢？？？
  14.    
  15. A:
  16.     教程里应该有，就是source leaprc.ff??  那一句，??对应所用的力场
  17.    
  18. Q:
  19.     /可爱我实在搞不清楚啦
  20.    
  21. A:
  22.     或者leap后面-f接的那个参数
  23.     仔细看教程，仔仔细细地看
  24.    
  25. Q:
  26.     tleap -f oldff/leaprc.ff99SB
  27.     source leaprc.gaff 之后得到：
  28.     $ tleap -f oldff/leaprc.ff99SB
  29.     -I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/prep to search path.
  30.     -I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/闪电b to search path.
  31.     -I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/parm to search path.
  32.     -I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/cmd to search path.
  33.     -f: Source oldff/leaprc.ff99SB.
  34.    
  35.     Welcome to LEaP!
  36.     (no leaprc in search path)
  37.     Could not open file oldff/leaprc.ff99SB: not found
  38.     > source leaprc.gaff
  39.     ----- Source: /public/software/傲慢
  40.     [表情]教程里面没说这个
  41.     额。。。我把我的记录复制过来给老师看看的，我也不种地怎么回事。。。
  42.    
  43. A:
  44.     提示很清楚
  45.     Could not open file oldff/leaprc.ff99SB: not found
  46.    
  47. Q:
  48.     [图片]
  49.    
  50. A:
  51.     load蛋白pdb之前必须先把力场库加载好，要不然才不认你的蛋白呢
  52.     [图片]
  53.    
  54. Q:
  55.     [表情]
  56.    
  57. A:
  58.     这些都是，source自己合适的
  59.    
  60. Q:
  61.     我想问一下，那我这个命令：tleap -f oldff/leaprc.ff99SB
  62.     source leaprc.gaff
  63.     不是已经添加上合适的力场了吗？
  64.    
  65. A:
  66.     提示都写了没找到leaprc.ff99SB啊
  67.     你-f或者source个能找到的就完了
  68.     近来的amber版本力场库文件的名字老变，用户要随机应变
  69.    
  70. Q:
  71.     哦哦，我试试
  72.     就是先source leaprc.gaff找到合适的力场了，再tleap -f 合适的力场对吧？
  73.     /糗大了之前没用过amber，搞不清楚。、。。。
  74.    
  75. A:
  76.     -f是linux命令行启动leap时用的，source是进leap后用的，都是等价的
  77.    
  78.     你得先加载一个蛋白的力场，比如leaprc.ff14SB，然后再加载一个小分子力场leaprc.gaff
  79.    
  80.    
  81. ----------------------------------------------------
复制代码


好像好些了
作者
Author: yopoxia    时间: 2015-12-5 14:11
yuanhe前辈，这个软件也是用Python写的么？
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-12-5 16:05
yopoxia 发表于 2015-12-5 14:11
yuanhe前辈，这个软件也是用Python写的么？

是
作者
Author: yopoxia    时间: 2015-12-5 20:49
liyuanhe211 发表于 2015-12-5 16:05
是

wow！ Python也太强大了！
不知道FORTRAN能不能这样？
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-12-5 22:37
yopoxia 发表于 2015-12-5 20:49
wow！ Python也太强大了！
不知道FORTRAN能不能这样？

不同语言是干不同事情的，问fortran能不能干这事就好像问Microsoft word什么时候打公式能像LaTeX一样方便一样。
用python写个Gaussian看不慢死



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