计算化学公社

标题: 请问用GROMACS怎么模拟无限长DNA分子？？？ [打印本页]

作者
Author: 1900 时间: 2020-11-6 16:59
标题: 请问用GROMACS怎么模拟无限长DNA分子？？？
请问怎么利用周期性来建立无限长的DNA模型？文献中有人用gromacs实现DNA分子相互作用的模拟，他们的模拟利用周期性边界条件，实现了不同盒子的DNA分子在边界处的共价键连接。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-7 17:17
恰当建模，然后pdb2gmx构建拓扑文件，恰当手动编辑拓扑文件实现跨盒子的成键项，mdp里加上periodic_molecules = yes

作者
Author: yuyawei 时间: 2021-7-20 11:13
不好意思，借楼提问。
sob老师，请问恰当建模要保证分子长度刚好等于盒子长度，还是小于等于盒子长度？
谢谢~

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-12 04:51

yuyawei 发表于 2021-7-20 11:13
不好意思，借楼提问。
sob老师，请问恰当建模要保证分子长度刚好等于盒子长度，还是小于等于盒子长度？
...

通常是小于等于。关键必须确保平移复制盒子后得到的周期性分子结构是合理的

作者
Author: 一条君 时间: 2022-7-28 11:30

sobereva 发表于 2020-11-7 17:17
恰当建模，然后pdb2gmx构建拓扑文件，恰当手动编辑拓扑文件实现跨盒子的成键项，mdp里加上periodic_molecul ...

老师，请问我的盒子里有一定的组分比例（聚合物建模的时候也按比例来），如果我设置成无限长，（1）那么盒子里的比例会随着聚合物构象变化而改变吗？
（2）感觉平移复制盒子后结构是不是可能两盒子不一样，然后报错
谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-28 20:02

一条君发表于 2022-7-28 11:30
老师，请问我的盒子里有一定的组分比例（聚合物建模的时候也按比例来），如果我设置成无限长，（1）那么 ...

盒子里各种分子的数目是固定的，比例怎么会随着构象变化？构象又不改变各类分子数
直接平移复制盒子显然两个盒子里的组分和结构都是一样的

作者
Author: 一条君 时间: 2022-7-28 21:22

sobereva 发表于 2022-7-28 20:02
盒子里各种分子的数目是固定的，比例怎么会随着构象变化？构象又不改变各类分子数
直接平移复制盒子显然 ...

会不会由于键连了，结构发生收缩，导致原本在第二个盒子里的链单元收缩到此盒子，导致此盒子组分比例变了，（感觉键连后和原来的周期性状态是不一样的）谢谢老师

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