计算化学公社

标题: 求助，pdb格式与残基数据库不匹配 [打印本页]

作者
Author: laide 时间: 2020-11-7 12:30
标题: 求助，pdb格式与残基数据库不匹配
社长好，各位大佬好。我在chemdraw里构建了一个多肽，用chem3D保存为pdb，想用来做gromacs，但该pdb文件与gromacs的残基数据库不匹配，想问下有没有一些转换软件或脚本能解决这个问题啊，愁死了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-7 17:00
chemdraw、chem3D根本就不是构建多肽的
专门构建蛋白质结构的程序多了去了，例如下面几个
gabedit
Avogadro中的build-Insert-Peptide
AmberTools中的leap

pdb里残基名、原子名必须和力场目录下的rtp文件相符

作者
Author: laide 时间: 2020-11-8 00:35

sobereva 发表于 2020-11-7 17:00
chemdraw、chem3D根本就不是构建多肽的
专门构建蛋白质结构的程序多了去了，例如下面几个
gabedit

受教了，谢谢社长！

作者
Author: 头发多多11 时间: 2022-5-16 16:38

laide 发表于 2020-11-8 00:35
受教了，谢谢社长！

您好，我最近在用gromacs做一个配体是多肽的动力学模拟，我使用MOE构建的多肽序列也无法被gromacs识别，想请问下您这个问题是怎么解决的

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-5-17 19:06
Discovery Studio非常好用，还是免费的

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