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标题: xtb6.3.3几何优化带正电荷体系失败的问题 [打印本页]

作者
Author: cyan1024 时间: 2020-11-7 15:48
标题: xtb6.3.3几何优化带正电荷体系失败的问题
本帖最后由 cyan1024 于 2020-11-7 15:53 编辑

新人求助，下载了xtb6.3.3，跑过25原子中性体系的优化，成功。但是用相同的命令（已经修改了电荷）跑94原子，含Ni，带+1电荷，自旋多重度为0的的体系，超算任务总是提示失败。整个过程得到的文件只有out文件，在out里，没有报错提示，显示的输出方框只有calculation setup、GFN2-xTB和setup。

想问一下有人遇到相同的情况吗？这是软件的问题还是我设置的问题？

提交的命令是：

xtb Ni.xyz --gfn 2 --chrg 1 --uhf 0 --ohess normal > Ni.out

复制代码

out文件在附件里

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-7 16:52
没有有效信息，无法判断，要么程序bug，要么输入文件有问题。反复多测试弄清楚怎么回事。或者把xyz上传

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-7 18:37
检查一下是不是scf不收敛

作者
Author: cyan1024 时间: 2020-11-7 20:13

sobereva 发表于 2020-11-7 16:52
没有有效信息，无法判断，要么程序bug，要么输入文件有问题。反复多测试弄清楚怎么回事。或者把xyz上传

这是我的xyz，能麻烦您看看吗？

作者
Author: cyan1024 时间: 2020-11-7 20:19

wzkchem5 发表于 2020-11-7 18:37
检查一下是不是scf不收敛

结构之前用高斯优化过，应该不会有收敛问题？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-7 20:25

cyan1024 发表于 2020-11-7 20:19
结构之前用高斯优化过，应该不会有收敛问题？

不一定，半经验计算的初始猜测一般比DFT计算的初始猜测差得多（比如常常用extended Huckel初始猜测），所以DFT能收敛的体系半经验计算不一定能收敛。

作者
Author: cyan1024 时间: 2020-11-7 20:38

wzkchem5 发表于 2020-11-7 20:25
不一定，半经验计算的初始猜测一般比DFT计算的初始猜测差得多（比如常常用extended Huckel初始猜测），所 ...

我去看看，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-8 19:15
至少我这里6.3.2能正常跑完（没装6.3.3）
(, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: cyan1024 时间: 2020-11-9 09:53

sobereva 发表于 2020-11-8 19:15
至少我这里6.3.2能正常跑完（没装6.3.3）

那我试试换个版本，非常感谢！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-9 11:48
本帖最后由喵星大佬于 2020-11-9 11:56 编辑

用6.3.3，通过高斯调用
没有任何问题

链接：https://pan.baidu.com/s/1GS8sIVv6llauItmToYbQTg
提取码：3s77
输出文件是高斯的.out

直接运行一样没有问题，结果见附件

作者
Author: cyan1024 时间: 2020-11-9 14:30

喵星大佬发表于 2020-11-9 11:48
用6.3.3，通过高斯调用
没有任何问题

收到！非常感谢！请问高斯调用的脚本可以使用sob的gau_xtb吗？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-9 16:02
本帖最后由喵星大佬于 2020-11-9 16:06 编辑

cyan1024 发表于 2020-11-9 14:30
收到！非常感谢！请问高斯调用的脚本可以使用sob的gau_xtb吗？

本来就是用的那个
不过我猜你可能是在环境变量里没写"ulimit -s unlimited"所以栈不够用

作者
Author: cyan1024 时间: 2020-11-9 16:19

喵星大佬发表于 2020-11-9 16:02
本来就是用的那个
不过我猜你可能是在环境变量里没写"ulimit -s unlimited"所以栈不够用

好哒，我去试试！

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