计算化学公社

标题: 关于npt模拟报错，以及力场拟合和混合使用的问题？ [打印本页]

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-11-7 21:43
标题: 关于npt模拟报错，以及力场拟合和混合使用的问题？
问题1：自己的体系有四种物质，聚合物a，物质b，物质c，以及水，我想放在一起做动力学模拟。a和b和水做动力学可以跑的通，a和c和水也能行的通，但是四种物质放在一起能量最小化不能最小话到自己的值和npt模拟就会出现如下报错，会生成好多step开头的pdb文件，打开文件发现小分子的结构形变严重，甚至出现了断键。
Step 344, time 0.688 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.035973, max 0.162876 (between atoms 5083 and 5078)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
5634 5636 60.7 0.0960 0.0960    0.0960
5085 5081 30.0 0.0960 0.0960    0.0960
5083 5078 90.0 0.0960 0.1116    0.0960
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Wrote pdb files with previous and current coordinates

Fatal error:
1 particles communicated to PME rank 4 are more than 2/3 times the cut-off out
of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated.
问题二：物质b的参数是根据文献修改的，而文献是在水环境下拟合出来的，我想请教下这种引用参数如果在没有水的情况下使用可以吗？还是说只要是同一个力场例如都是opls力场，就可以一起用？关于物质力场参数拟合的环境和实际模拟的环境有什么关系？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-11-8 15:46
1.直接跑npt很容易崩, 可以先用nvt跑一段时间再换npt, 能量最小化可以steep法然后换成cg法,
2.同一力场下一般都是可以一起混合的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-8 18:51
1 分子的结构形变严重一定是拓扑文件有问题

自己一点点耐心检查、反复测试。并且模拟初期用尽可能稳妥的模拟设置，诸如很小步长、很缓慢升温。并且确保体系初始结构合理

2 如果参数包含原子电荷的话，水环境下弄的对于真空的模拟不完全理想，毕竟很多人在搞固定电荷力场的原子电荷的时候会考虑水环境导致的等效的极化作用，而在真空中没这种作用。非要在真空下模拟的话自行重新算电荷。

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-11-8 20:50

Lacrimosa 发表于 2020-11-8 15:46
1.直接跑npt很容易崩, 可以先用nvt跑一段时间再换npt, 能量最小化可以steep法然后换成cg法,
2.同一力场下 ...

1，改用cg之后，就会出现报错，这样的：An atom moved too far between two domain decomposition steps
This usually means that your system is not well equilibrated
2，不用考虑拟合的方法和环境吗？只需要是同一力场的就可以吗？

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-11-8 21:01

sobereva 发表于 2020-11-8 18:51
1 分子的结构形变严重一定是拓扑文件有问题

自己一点点耐心检查、反复测试。并且模拟初期用尽可能稳妥的 ...

1.请问老师很小步长可以小于1fs吗？如果设置了1fs，那么是不是就不用lincs方法对键进行设置了？
2，就是说拟合的环境我们不用考虑，无论自己的模拟里有没有水，还有有其他的有机无机或者离子，文章中拟合的同一力场的参数都可以拿来用？只需要考虑电荷就可以了吗？
3.如果物质a使用的环境是有机酸和无机酸，那我应该再什么环境下拟合电荷？如果是有机酸无机酸和水，又是再什么环境下拟合电荷？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-10 03:17

努力向上的boy 发表于 2020-11-8 21:01
1.请问老师很小步长可以小于1fs吗？如果设置了1fs，那么是不是就不用lincs方法对键进行设置了？
2，就是 ...

1 可以。如果0.5 fs还不行，就不要再试更小了，肯定其它方面硬伤严重。不需要LINCS
2 实际上电荷和其它参数也存在一定耦合，真空和溶剂下最恰当的成键参数也会有所不同。不过外环境相对于对电荷的影响来说，其它部分的影响可以暂且忽略。
3 RESP2，根据实际环境的介电常数恰当定义溶剂模型
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-11-14 19:19

sobereva 发表于 2020-11-10 03:17
1 可以。如果0.5 fs还不行，就不要再试更小了，肯定其它方面硬伤严重。不需要LINCS
2 实际上电荷和其它 ...

1，老师修改步长依旧不能解决问题，还是会出现上述的错误。

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