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标题: 求助Amber 参数化蛋白原子连接异常问题 [打印本页]

作者
Author: hhhnano 时间: 2020-11-8 11:21
标题: 求助Amber 参数化蛋白原子连接异常问题
本帖最后由 hhhnano 于 2020-11-8 21:14 编辑

我用amber生成了top 和 inpcrd 文件，用VMD检查结构，发现269号HIE残疾中，与269号C原子相连的一个H横穿N原子，如何修改？非常感谢。

作者
Author: chenjinfeng850 时间: 2020-11-8 18:42
tleap 中用先用deleteBond 把这两个键删除，然后用bond把氢和另外的氮连上。
具体查阅AMBER20 Manual 13.6

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-8 18:43
以后上传inpcrd、top等文本型文件前先压缩，以显著节约论坛空间、降低他人下载的耗时

作者
Author: hhhnano 时间: 2020-11-8 21:15
感谢chenjinfeng850的指导，马上去试验一下。
文件已经压缩上传，下不为例。

作者
Author: hhhnano 时间: 2020-11-8 22:54
我仔细看了一下，不是原子连接错误，是269号上的H方向有问题，用TOP和RST文件在VMD中打开后出现这个问题，将这个文件保存为PDB后，用VMD打开，
发现269号上的H方向是对的，我不知道这种结果是否有问题？

作者
Author: chenjinfeng850 时间: 2020-11-9 07:42
有问题的，还是要把top结构改过来

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