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标题: gromacs 如何查看体系的密度 [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-11-8 16:59
标题: gromacs 如何查看体系的密度
请问如何查看体系的密度？我用了gmx energy 命令好像没有看到可以查看密度的选项

作者
Author: xiaowu759 时间: 2020-11-8 17:16
你用的是NVT系综吧，这样的密度只能通过m和V计算。只有用NPT系综，才能用gmx energy得到密度。

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-11-8 17:50

xiaowu759 发表于 2020-11-8 17:16
你用的是NVT系综吧，这样的密度只能通过m和V计算。只有用NPT系综，才能用gmx energy得到密度。

原来如此。谢谢你！

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2020-11-9 08:08

xiaowu759 发表于 2020-11-8 17:16
你用的是NVT系综吧，这样的密度只能通过m和V计算。只有用NPT系综，才能用gmx energy得到密度。

我也想请教一下，我想计算体系的粘度，但是gmx energy也是找不到选项，也是要在NPT系综下计算吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-10 01:54

晓滨MD 发表于 2020-11-9 08:08
我也想请教一下，我想计算体系的粘度，但是gmx energy也是找不到选项，也是要在NPT系综下计算吗？

说清楚用什么方法算的
周期扰动法在直接在edr文件里有相关信息。和用什么系综完全无关

作者
Author: 霍元甲 时间: 2023-8-4 11:33

xiaowu759 发表于 2020-11-8 17:16
你用的是NVT系综吧，这样的密度只能通过m和V计算。只有用NPT系综，才能用gmx energy得到密度。

请问你的V是什么算的？用ssasa吗？

作者
Author: 霍元甲 时间: 2023-8-4 11:33

邱美佳发表于 2020-11-8 17:50
原来如此。谢谢你！

请问你的V是什么算的？用sasa吗？

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