计算化学公社

标题: gromacs计算msd的时候，如何选择特定区域来进行计算？ [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-11-9 09:55
标题: gromacs计算msd的时候，如何选择特定区域来进行计算？
gromacs模拟msd得到的是整个传输过程的平均值，我的体系是离子从体相，到纳米通道，再到体相的传输过程。我只想计算离子在纳米通道中的扩散系数，不想包含通道外的体相部分，请问如何单独选择这块区域来计算？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-10 02:02
顶多是提供个索引文件，把被考虑的原子定义成一个组，要求gmx msd只考虑这部分。没法通过动态选区形式始终只统计某个空间区域

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-11-10 23:37

sobereva 发表于 2020-11-10 02:02
顶多是提供个索引文件，把被考虑的原子定义成一个组，要求gmx msd只考虑这部分。没法通过动态选区形式始终 ...

好的，谢谢卢老师

作者
Author: 吹梦到西洲 时间: 2023-4-22 15:03
你好，请问一下这个问题你的索引文件是怎么写的呢能否让我参考一下我也是做的类似体系

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