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标题: UFF力场下水的拓扑求助 [打印本页]

作者
Author: sun666 时间: 2020-11-9 22:55
标题: UFF力场下水的拓扑求助
请问老师，我对小分子使用的UFF力场，现在没有办法使用水模型该怎么办。怎么让已有的水模型使用到UFF力场下，或者有其他解决办法。（对水的描述不需要很精确，是否可以水分子也直接用UFF力场）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-10 02:39
直接用一般的水模型就完了。搞懂GROMACS拓扑文件的规则，并理解UFF用的是几何平均混合LJ参数，自然就知道怎么用。（UFF和GROMOS力场在非键作用处理形式上是相同的，参考GROMOS的情况）

作者
Author: sun666 时间: 2020-11-15 22:48

sobereva 发表于 2020-11-10 02:39
直接用一般的水模型就完了。搞懂GROMACS拓扑文件的规则，并理解UFF用的是几何平均混合LJ参数，自然就知道怎 ...

请问老师，我看UFF力场中范德华项也是用σ和ε表示，那我找一个comb-rule也是用σ和ε表示的水的spc.itp文件就可以吧？还有我看amber力场的ffnonbonded.itp中HW的σ和ε都为0这是正常的吗？

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Author: sobereva 时间: 2020-11-16 03:42

sun666 发表于 2020-11-15 22:48
请问老师，我看UFF力场中范德华项也是用σ和ε表示，那我找一个comb-rule也是用σ和ε表示的水的spc.itp ...

这是两回事。spc.itp里利用了原子类型，但并不定义原子类型，自带力场的原子类型的范德华参数是在ffnonbonded.itp的[atomtypes]里体现的

大多数水模型中，只考虑氢的静电作用，不考虑氢的范德华作用。

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