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标题: 求助VASP跑分子动力学的均方位移不线性 [打印本页]

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Author: maokun_wu 时间: 2020-11-10 09:13
标题: 求助VASP跑分子动力学的均方位移不线性
请问各位老师，VASP跑分子动力学的均方位移不应该随着时间是线性变化吗？我跑出来怎么这个样？谢谢。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-10 10:24
你跑的该不会是退火吧。。。

作者
Author: maokun_wu 时间: 2020-11-10 10:30

wzkchem5 发表于 2020-11-10 10:24
你跑的该不会是退火吧。。。

感谢您的回答，我是先把体系的温度从100K到350K，用了2ps，然后保持温度350K恒定，跑了10ps，上面的图是10ps的MSD，出来了这样的结果，这是不是扩散原子又回到了原点啊

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-10 10:39

maokun_wu 发表于 2020-11-10 10:30
感谢您的回答，我是先把体系的温度从100K到350K，用了2ps，然后保持温度350K恒定，跑了10ps，上面的图是1 ...

你确定恒定了10ps吗？
如果只是略微下降，可能还有其他解释，你这个几乎刚好下降到0了，感觉除了温度降到了0以外没有其他解释，不然不可能那么巧回到你开始的结构

作者
Author: maokun_wu 时间: 2020-11-10 11:07

wzkchem5 发表于 2020-11-10 10:39
你确定恒定了10ps吗？
如果只是略微下降，可能还有其他解释，你这个几乎刚好下降到0了，感觉除了温度降 ...

再次感谢您的回答，我的参数设置是SMASS=0，TEBEN=350， TEEND=350，
看了OSZICAR中的温度基本在350K附近，

作者
Author: maokun_wu 时间: 2020-11-10 11:17

wzkchem5 发表于 2020-11-10 10:39
你确定恒定了10ps吗？
如果只是略微下降，可能还有其他解释，你这个几乎刚好下降到0了，感觉除了温度降 ...

突然发现，10ps最后结构和初始结构变化有点大，按理说只是扩散粒子在骨架中运动，但是看着骨架变化有点大，有可能是这个原因吗？谢谢。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-10 12:00

maokun_wu 发表于 2020-11-10 11:17
突然发现，10ps最后结构和初始结构变化有点大，按理说只是扩散粒子在骨架中运动，但是看着骨架变化有点大 ...

变化大，MSD应该也大啊，不会反而变小啊
是不是你的MSD计算出了问题

作者
Author: maokun_wu 时间: 2020-11-10 12:07

wzkchem5 发表于 2020-11-10 12:00
变化大，MSD应该也大啊，不会反而变小啊
是不是你的MSD计算出了问题

应该不会，我用的vaspkit，重复过LiGPS的文献，是没有问题的，但是换到自己的体系MSD就这样了，唉，太惆怅了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-10 12:14
本帖最后由 wzkchem5 于 2020-11-10 13:50 编辑

maokun_wu 发表于 2020-11-10 12:07
应该不会，我用的vaspkit，重复过LiGPS的文献，是没有问题的，但是换到自己的体系MSD就这样了，唉，太惆 ...

这样，你试一下，如果跑20ps，MSD仍然是8ps的时候最大吗？

作者
Author: maokun_wu 时间: 2020-11-10 12:21

wzkchem5 发表于 2020-11-10 12:14
这样，你试一下，如果跑5ps或20ps，MSD仍然是8ps的时候最大吗？

多谢多谢，我试试，然后和您说一下结果

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-11-10 13:15
10 ps的data，5 ps之后每个delta t能用到的data是递减的，越往后越不准。过了1/2 t之后的data就不用看了，你这个msd没毛病。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-10 13:18

k64_cc 发表于 2020-11-10 13:15
10 ps的data，5 ps之后每个delta t能用到的data是递减的，越往后越不准。过了1/2 t之后的data就不用看了， ...

那请问一下，MSD过了1/2 t以后只是均值漂移，噪音并没有增大，也是正常的吗？
如果只是因为可用的数据点变少，噪音应该也变大才对吧

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-11-10 13:27
本帖最后由 k64_cc 于 2020-11-10 13:28 编辑

wzkchem5 发表于 2020-11-10 13:18
那请问一下，MSD过了1/2 t以后只是均值漂移，噪音并没有增大，也是正常的吗？
如果只是因为可用的数据点 ...

dt>8 ps的部分其实只是开头2 ps和最后2 ps的位移差，data也过分少了，万一他体系里有个什么行为需要2 ps完成，那MSD长这样就完全不奇怪；或者他体系是个cage，粒子在8ps的时候撞墙弹回来，也可能搞成这样。说实话拿10 ps算MSD本身就不太稳当，小分子弛豫时间搞不好也就是这个量级，说不定10 ps全跑完都没能independent，多跑点吧还是……

作者
Author: maokun_wu 时间: 2020-11-10 14:08

k64_cc 发表于 2020-11-10 13:27
dt>8 ps的部分其实只是开头2 ps和最后2 ps的位移差，data也过分少了，万一他体系里有个什么行为需要2 ps ...

感谢您的回答，看到过莫一非老师关于AIMD的文献，基本时间超过70%由于统计误差就不准了，我先算一下20ps的，然后把结果贴出来大家看看，感谢感谢

作者
Author: maokun_wu 时间: 2020-11-10 14:37

k64_cc 发表于 2020-11-10 13:27
dt>8 ps的部分其实只是开头2 ps和最后2 ps的位移差，data也过分少了，万一他体系里有个什么行为需要2 ps ...

我刚看了下10ps下跑的结构，基本过了5ps骨架就发生了较大变化，但是本征骨架下也就是没有扩散离子的时候结构是没问题的，想请问一下，这种情况是MD跑的问题还是说可能有了扩散粒子骨架不稳定？

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-11-10 15:27

maokun_wu 发表于 2020-11-10 14:37
我刚看了下10ps下跑的结构，基本过了5ps骨架就发生了较大变化，但是本征骨架下也就是没有扩散离子的时候 ...

听起来有点危险……你确定你体系尺寸设计的没问题吗？

等会，我也不知道你跑的是啥体系啊。

作者
Author: maokun_wu 时间: 2020-11-10 15:48

k64_cc 发表于 2020-11-10 15:27
听起来有点危险……你确定你体系尺寸设计的没问题吗？

等会，我也不知道你跑的是啥体系啊。

我也觉得很危险，跑出来都不知道对不对，我模拟的是一个原子在4*4的二维材料表面上的迁移，体系一共40多个原子，我看网上跑MD要100多个原子，但是也有文献拿五六十个原子来跑的，我的体系是不是太小了？刚才您说的这个体系尺寸设计什么意思啊？方便解释一下么？感谢感谢

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-11-10 16:02

maokun_wu 发表于 2020-11-10 15:48
我也觉得很危险，跑出来都不知道对不对，我模拟的是一个原子在4*4的二维材料表面上的迁移，体系一共40多 ...

cell太小，周期性影响很大，就很危险。你的体系我也不太了解，不过加尺寸会不会负担不起？

作者
Author: maokun_wu 时间: 2020-11-10 16:09

k64_cc 发表于 2020-11-10 16:02
cell太小，周期性影响很大，就很危险。你的体系我也不太了解，不过加尺寸会不会负担不起？

对，体系一大就很费劲了，唉，我先把20ps的跑出来我们瞅瞅，要是还不行就得想办法扩胞试试，就是太费时间了，有点耗不起，感谢大佬回答

作者
Author: 老八蜜汁小憨包 时间: 2020-12-17 11:03
您好，请问如何得到均方位移啊，用什么软件呢？我用的vaspkit报错了

作者
Author: maokun_wu 时间: 2021-5-28 15:21

老八蜜汁小憨包发表于 2020-12-17 11:03
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vaspkit做的没问题啊

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