计算化学公社

标题: gromacs有可以得到蛋白的哪些残基和分子间形成氢键的命令吗 [打印本页]

作者
Author: wzj1234 时间: 2020-11-10 15:13
标题: gromacs有可以得到蛋白的哪些残基和分子间形成氢键的命令吗
如果有的话麻烦老师指点一下

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-10 20:08
gmx hbond，两个组分别选小分子和protein

作者
Author: lao7 时间: 2020-11-10 21:29
本帖最后由 lao7 于 2020-11-10 21:36 编辑

1、gmx hbond -s md.tpr -f md-whole.xtc -num hbond.xvg （会提示选择两组分子）
2、xmgrace hbond.xvg （绘图）

作者
Author: wzj1234 时间: 2020-11-13 10:27

sobereva 发表于 2020-11-10 20:08
gmx hbond，两个组分别选小分子和protein

感谢老师指点，想细问一下怎么能得到可以和小分子形成氢键的残基的序号呢

作者
Author: wzj1234 时间: 2020-11-13 10:28

lao7 发表于 2020-11-10 21:29
1、gmx hbond -s md.tpr -f md-whole.xtc -num hbond.xvg （会提示选择两组分子）
2、xmgrace hbond.xvg ...

感谢指点，您说的这个是氢键数目吗，我想得到能和小分子形成氢键的残基序号可以操作吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-13 10:53

wzj1234 发表于 2020-11-13 10:27
感谢老师指点，想细问一下怎么能得到可以和小分子形成氢键的残基的序号呢

(, 下载次数 Times of downloads: 57)
(, 下载次数 Times of downloads: 49)

作者
Author: wzj1234 时间: 2020-12-14 15:56

sobereva 发表于 2020-11-13 10:53

感谢老师指点，请问老师VMD中小分子断开了是什么原因呢，怎么能显示完整的小分子结构吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-15 02:28

wzj1234 发表于 2020-12-14 15:56
感谢老师指点，请问老师VMD中小分子断开了是什么原因呢，怎么能显示完整的小分子结构吗

谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)