计算化学公社

标题: gmx_mmpbsa可以在超算上算吗，脚本还和原来一样吗？ [打印本页]

作者
Author: 计算小菜鸡 时间: 2020-11-10 16:30
标题: gmx_mmpbsa可以在超算上算吗，脚本还和原来一样吗？
求助帖，sob老师，你的那个gmx_mmpbsa可以在超算上算吗，脚本还和原来一样吗？我在自己电脑上面算，比如说50ns,有40多ns都是正常的，我用电脑做点什么东西，就会报错说内存不足？

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-11-10 16:34
更正一点，sob并没有写过你说的这个脚本，是别的老师写的。直接调用的是gmx和apbs，因此超算上只要安装了这两个东西就可以算。

作者
Author: 计算小菜鸡 时间: 2020-11-10 16:43

liuyuje714 发表于 2020-11-10 16:34
更正一点，sob并没有写过你说的这个脚本，是别的老师写的。直接调用的是gmx和apbs，因此超算上只要安装了这 ...

gromacs超算上有安装，我是不是只需要上传一个linux版本的APBS，配置一下环境变量就可以啦，提交任务的脚本，直接把那个gmx_mmpbsa拷贝过去就行了吧

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-10 20:10
你的原标题“求助帖，sob老师，你的那个gmx_mmpbsa可以在超算上算吗，脚本还和原来一样吗”严重不当，极具误导性，给你改了。我根本就没写过什么gmx_mmpbsa，提问、表述时候谨慎点。要算MMPBSA可以用g_mmpbsa（http://rashmikumari.github.io/g_mmpbsa/）、GMXPBSA（https://groups.google.com/forum/#!forum/gmxpbsa）

作者
Author: wmu-lyg 时间: 2020-12-29 11:04
请问下，你用gmx_mmpbsa进行计算结合能是否有成功？这个脚本可以从哪下载呢@计算小菜鸡

作者
Author: karme 时间: 2021-4-13 16:09

wmu-lyg 发表于 2020-12-29 11:04
请问下，你用gmx_mmpbsa进行计算结合能是否有成功？这个脚本可以从哪下载呢@计算小菜鸡

请问一下，你找到了gmx_mmpbsa吗，我找了好久都没找到

作者
Author: karme 时间: 2021-4-13 16:10
请问一下，你的gmx_mmpbsa找到的吗，我找了好久都没有

作者
Author: 计算小菜鸡 时间: 2021-4-27 20:19

karme 发表于 2021-4-13 16:10
请问一下，你的gmx_mmpbsa找到的吗，我找了好久都没有

找到啦，你还需要吗

作者
Author: karme 时间: 2021-4-27 21:04

计算小菜鸡发表于 2021-4-27 20:19
找到啦，你还需要吗

不用了，谢谢，我也找到了

作者
Author: 阿木爱吃鱼 时间: 2021-7-14 21:02

计算小菜鸡发表于 2021-4-27 20:19
找到啦，你还需要吗

你好，脚本可以发我一下吗，谢谢。

作者
Author: onlyking 时间: 2021-9-9 16:20

计算小菜鸡发表于 2021-4-27 20:19
找到啦，你还需要吗

您好，脚本可以发我一下么，我需要，非常感谢

作者
Author: snljty 时间: 2021-9-9 18:40

onlyking 发表于 2021-9-9 16:20
您好，脚本可以发我一下么，我需要，非常感谢

用个正经的搜索引擎比如Google或者Bing，搜这个名字，点开第一个链接就是官网。里面写的很清楚怎么用Python的PyPi安装。

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