公社群聊Q&A整理：2015.11.03 19 ~ 2015.11.05 00 - 计算化学公社

0000.00.00 00:00:01
Q:
老师，我就是问昨天AIM分析的那个学生，看了你推荐的“Lipkowski氢键AIM简化标准”，想再确认一下，1：对于分析氢键相互作用，一般只分析电子密度，拉普拉斯和电子能量密度就可以了，对么？2：拓扑图的话只显示出BCP就足够了对么？3：还有这三个参数直接读取multiwfn的输出值就行了，不需要经过任何转换（aim2000的某个参数好像要转换的，记不清了）？@Sobereva
A:
1 然
2 y
3 y
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0000.00.00 00:00:01
Q:
[图片]@Sobereva 老师，这列数字是什么数值？
@玛塔额是吸收强度吧你拉拉看超没超过100 freq可以转换为波数 spec就直接帮你拟合曲线了全是按钮多试试
有超过100的
我就是在找spec和这个有什么关系
应该是吸收强度，但是数值不一样，可能是转换了吧
强度为啥有两列值
@玛塔 http://sobereva.com/224看看这个以前别人问的
一看就是单位不一样
老师，您说啊，别哎啊
我有手也有脑
随便你们怎么说，问题弄清楚就行。其他都不在乎。
[表情]老师啊，你理解错了我的意思啊
A:
在Multiwfn里这些都会显示得很清楚
[图片]
理解能力唉
就两个字：动脑
如果这么想，以后就再也不回答了
这句话令我很生气
好好看看这篇文章
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79
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2015.11.03 19:07:40
Q:
谢谢老师，那我如果用高斯的cubegen的功能是需要都优化是吗？
A:
甭用cubegen，用multiwfn，方便得多得多
看博文再说
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2015.11.03 19:08:42
Q:
sob老师，计算过渡态收敛失败[图片]该怎么解决呢
A:
老生常谈
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2015.11.03 19:10:26
Q:
恩，好的谢谢老师，但是刚开始我不知道怎么算，老板给讲了好久怎么用cubegen，所以我打算两种方式都画画，然后对照一下，让他知道Multiwfn更方便，[表情]所以老师是不是用cubegen的话需要优化激发态，因为我单纯优化基态的话，用cubegen找不到CI的信息
A:
不回答关于cubegen的问题
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2015.11.03 19:22:53
Q:
# B3LYP/ugbs scfcyc=200 int=dkh2 nmr
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No NMR with relativistic Hamiltonian.
我用全电子相对论计算NMR，出现这样的提示信息，请问老师怎么解决
用相对论基组怎么算过渡金属的NMR
Sob老师，那我怎么样才能比较准确的算出过渡金属的核磁呢？
相对论不能算核磁，其他基组又不准
A:
提示都写了，不支持DKH2的时候算NMR
@白色罂粟用其它程序算，诸如dirac
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2015.11.03 19:37:54
Q:
[图片]请教一下，@Sobereva 老师，用CDA分析配体和金属原子的轨道相互作用，这是关键词，有错的地方吗？为什么在multiwfn里面，16 // Enter CDA module
2 // We define two fragments，选择选项2之后，multiwfn就自动关闭退出了，谢谢
我的是3.3.7
新版本没有那个问题@Sobereva ，谢谢
A:
@哈恩给我输入文件
前提是用的是最新的Multiwfn版本
用最新的
最新的不行再发给我文件
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2015.11.03 19:58:45
Q:
[Image]老师，为什么我把这个文件保存为.wfn[Image]程序就找不着呢，是我的命令行不对么
A:
别带空格啊啊啊啊啊啊！
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2015.11.03 20:53:43
Q:
求助：
A和B两个分子（片段），A中性，B带2个正电荷。两片段距离很远时候，B应该明显带2个电荷稳定。
但高斯计算时，即使对这两个相距很远的片段分别做电荷初猜测，scf最后结论也是A，B各带一个电荷，分子轨道分析也显示，B原本的虚轨道多了一个电子，这个电子并不是局域在B上，而是B的最低空轨道与A的某个实轨道能量接近，因此在复合物某个能及上，B的成分接近50%，造成了B不是带2个正电荷，而是1个。
希望我说的，大家可以看懂。请问这种现象应该怎样调节，使AB相距很远时，B能够真正带2个正电荷。
试试gaussian的分块，分块定义电荷，然后guessonly 给出一个分块初猜。看看SCF能不能把电荷分离保持住呢
@Sobereva 请问sob老师，您的博文里讲的是NWChem实现约束dft，那高斯可以么
我记得一个例子就是讲了两个Mn，自旋相反。用gaussian做分块初猜，他们用别的迭代方法给保持住了，α跟β正好分布在两个不同Mn上。忘了谁给我讲的了
A:
谈谈约束性DFT (CDFT)
http://sobereva.com/271
几乎一定无效
高斯不行
要不然帖子不可能介绍nwchem而介绍高斯了
不是一码事
那是对称破缺
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
本身就有那样的态，所以放开了SCF也能收敛到那种情况
若那种态本身不是参数空间的极小点，不用约束不可能维持住
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2015.11.03 21:12:34
Q:
请问老师：在分子ABC中，A处的电荷和B处的电荷都是正电荷且A处的电荷<B处的电荷，但是A处的静电势要比B处的静电势更正，请问这是为什么呢？谢谢老师！
mp2/aug-cc-pvdz基组 ADCH电荷
AB是不同的原子
出现上述原因是什么呢？
A:
什么方法算的原子电荷？
@sunshine CHELPG试试。
不好说，所以先尝试对静电势重现性最好的CHELPG，如果也说不通，那就是考查方式可能有问题，或者计算流程可能有问题
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2015.11.03 21:15:48
Q:
[图片]这里的P是代表什么？@Sobereva 老师
A:
不要问我gv做等值线图的事，我只用Multiwfn作这种图
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2015.11.03 21:20:55
Q:
请教Sobereva老师，老师您好，想请教个问题，看文献上说计算正的静电势平方和，请问这各在输出文件中是哪项？
[图片]
另外有没有程序教程？想学习下，谢谢
A:
positive variance
公式在multiwfn手册3.15.1节都有
[图片]
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2015.11.03 21:51:20
Q:
sob老师，您好，用Multiwfn做电子密度拓扑分析，可以分别做出sigma的分子图和pi的分子图吗[图片][图片]就是类似这样
然后再继续进行电子密度拓扑分析吗
A:
可以
主功能6的选项26把pi轨道占据数都清零得到的就是sigma的，反之亦然
对
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2015.11.03 22:08:32
Q:
sob老师，[Image]这个是我用multiwfn画的基态和激发态的轨道密度差，这个[Image]是用高斯cubegen画的同一个分子，但是两个感觉不一样唉，老师他们理应不一样，还是我用的multiwfn操作方法不一样？首先p b3lyp/6-31+G* out=wfn td(root=1,singlet) density命令行算的S1.fchk然后用s1.fchk-s0.fchk
sob老师，[图片]这个是我用multiwfn画的基态和激发态的轨道密度差，这个[图片]是用高斯cubegen画的同一个分子，但是两个感觉不一样唉，老师他们理应不一样，还是我用的multiwfn操作方法不一样？首先p b3lyp/6-31+G* out=wfn td(root=1,singlet) density命令行算的S1.fchk然后用s1.fchk-s0.fchk
t=1,singlet) density命令行算的S1.fchk然后用s1.fchk-s0.fchk
multiwfn操作是对的对不？[Emoticon]
恩
A:
理应一样，操作问题
Multiwfn作密度差时别用fchk。
否则你还得把激发态自然轨道折腾到fch里
除了博文，手册4.18.3节也有激发态和基态密度差的例子，先重复一遍
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2015.11.03 22:25:14
Q:
sob老师，我看CPMD程序里面用的是赝势(如Li_MT-BLYP.psp)代替高斯里面的某个基组，那么这个赝势和哪种基组大小差不多呢，6-31G*，对这种赝势不太熟悉。
原来这样，高斯里面有全电子基组啥的，CPMD这种赝势靠谱不？我看CPMD里面全是赝势
A:
没有可比性
CPMD是平面波，高斯是原子中心高斯函数
平面波计算几乎总离不开赝势
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2015.11.03 22:29:04
Q:
请问，在VMD中，想删除resname MG　10埃以外的原子，并write新的pdb文件，如何实现？多谢（由于不懂TCL语言，请多指教）
file-save coordinate　是灰色的，选不了啊
A:
file-save coordinate的时候可以输入保存哪些，选within 10 of resname MG
[图片]
主窗口里先选中你的体系
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2015.11.03 22:32:39
Q:
Multiwfn作密度差时别用fchk。
老师，关于这个问题再问一下哈，我的文件都是高斯计算产生的，会生成log,chk这两种文件，不用fchk,可以用log么[Emoticon][Emoticon]
那用什么呢[表情]
就只有这两种生成文件
用的是wfn？
A:
log不能
做那种例子没什么意思。振动耦合都体现不出来
说了啊，用wfn最方便
手册都有例子啊
博文也有例子啊
看博文，看手册
that's all
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2015.11.03 22:36:05
Q:
[图片]
老师这种图是aim2000 做的么？ multiwfn能做么
我看过结合vmd做的那个
冒昧的说一句，似乎原子显示不太好
可能是我看球棍图习惯了
那有相关介绍，显示球棍图么
我是说结合vmd时候做出来的图
额(⊙o⊙)…这个我真不会老师
我看看球棍图结合临界点的显示效果
原帖子中好像是通过(3，-3)临界点代替的原子球好像，我用手机上Q看不清了，明天具体做一下对比
对于氢键相互作用分析时，电子密度越大则越强，但对于拉普拉斯特性不怎么了解，老师能简单点播一下么
那我现在准备分析氢键相互作用，文献中提供了8中标准(计算化学公社中aim文献合集上的)，老师你觉得分析哪几种比较靠谱
A:
能啊
手册4.2节
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://sobereva.com/207
完虐aim2000
怎么不好？
分明很好
想显示成球棍就是球棍
主功能0里默认就是显示球棍
拓扑分析界面里你选显示分子就按球棍显示，没计算键径时默认也是这么显示
你自己设个representation按CPK显示不就完了
display-representation-create rep，drawing method选CPK
不是display，是graphics
显示分子结构和显示临界点完全不冲突，不在一个repesentation里
显示分子结构和显示临界点完全不冲突，不在一个repesentation里
电子密度拉普拉斯对氢键分析用处不大
@天堂鸟用简化标准那两条就够了
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2015.11.03 22:59:28
Q:
@Sobereva 老师，MUITIWFN的班的没上，我看您的那个关于NH3和BH3那个电荷密度差图的那个帖子？在网上已经找过，发现了电荷密度差的，但是，并没有NH3和BH3的
请链接
我不是想看密度差，我是在研究一个NH3和BH3间的相互作用
A:
举一反三
密度差本来就是考察相互作用的一种方式
还可以做CDA之类
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2015.11.03 23:17:16
Q:
请问各位amber编译正常结束不报错但是ambertool bin里面为甚没有leap antechamber这些工具。ls结果如下
lhost bin]$ ls
addles MMPBSA.py.MPI ncdump pmemd.amoeba.MPI xparmed.py
cpptraj.MPI mpinab ncgen pmemd.MPI yacc
fftw-wisdom mpinab2c ncgen3 sander.LES.MPI
fftw-wisdom-to-conf nc-config nf-config sander.MPI
mdgx.MPI nccopy parmed.py ucpp
谢谢
A:
ambertools编译有问题，正常编译完了远比这多
貌似你只编译了并行版本
串行也得先编译
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2015.11.04 06:42:07
Q:
@Sobereva 按照multiwfn手册和您帖子中方法，我试了一个pt-cl2-(nh3)2-cis 的CDA分析，其中把pt-cl2-(nh3)2分成2个片段（pt和cl2-(nh3)2）,做出来的图如下[图片]，这跟手册中的图（[图片]）有一些差异，是我做错了吗？
@Sobereva 图的确不一样，我是说生成的图的形式不一样。您提供的图中有bonding 和antibonding 轨道。我生成的图中没有显示这两种轨道
@Sobereva 我的体系是金属与配体，您给的图是共价化合物，是不是配体与金属之间的轨道相互作用都不显示bonding和antibonding 轨道，因为配体和金属是coordinate，而不是bond.
A:
@sh.w.zhang 两个体系特征差异很大，所以图明显不一样。Pt的能级显著比配体的低
就是因为体系特征的原因
CH3NH2那个，一方面是共价键，另一方面是那两个片段轨道都比其它片段轨道能级低而且能量接近，和价层没有什么混合，所以看起来是清清楚楚的一个成键一个反键轨道。
顺铂成键的情况，并没有这种电子结构
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2015.11.04 06:42:07
Q:
[图片]
移动版Xeon是什么鬼
A:
@六只会飞的羊移动版XEON早有了
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2015.11.04 06:57:49
Q:
@Sobereva 对于金属与配体的相互作用，我想作出[图片]这样的图，如何做？（是否可以把复合物分成2个片段，然后根据轨道的对称性来作这样的图；或者检查分子轨道中原子轨道的成份，然后做出这样的图？）
A:
基于CDA的轨道相互作用图，在上面进行调整。金属的能级和配体差异太大时可以适当地整体平移金属的轨道能级。Multiwfn的轨道相互作用图上直接标出了复合物轨道中片段轨道成份，也有选项直接输出这个成份值。
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2015.11.04 07:01:06
Q:
@Sobereva 平移轨道的能级？如何在multiwfn上进行操作？
A:
轨道相互作用图绘制界面选12 Set orbital energy shifting value
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2015.11.04 07:50:21
Q:
各位大神能否推荐一本权威的配位化学有关计算的。
还有权威的量子化学，讲述原理比较透澈和全面的。
A:
看此贴2L
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1372
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2015.11.04 10:01:06
Q:
@Sobereva 老师，我用Multiwfn做了个稀土Er的化合物，Orbital composition analysis,想知道f轨道的贡献，得到：
Basis Type Atom Shell Local Cross term Total
33 Y 1(Er) 18 2.32755% -0.63564% 1.69192%
53 XX 1(Er) 22 0.25525% 0.38017% 0.63542%
54 YY 1(Er) 22 0.26717% 0.38112% 0.64828%
59 XX 1(Er) 23 2.93391% -0.63218% 2.30173%
60 YY 1(Er) 23 2.94491% -0.62675% 2.31816%
但是看手册，应该显示的和高斯是一样的形式啊，如F+3等，那么这里的XX，YY代表什么，要去哪里查呢？
A:
@15137596 那是笛卡尔基函数的形式，见
谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识
http://sobereva.com/51
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2015.11.04 10:01:06
Q:
@Sobereva 老师The nuclear field gradients and electron densities 和Isotropic Fermi Contact Couplings是一样的吗
A:
不一样
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2015.11.04 10:04:57
Q:
咨询一下：在芳香性的帖子中说到，"获得几何中心的X、Y、Z坐标就是把环上重原子的X、Y、Z坐标分别取平均。"
比如说，我要知道苯环的中心，就是把6个c原子的x坐标相加，然后除以6，得到中心处的x坐标，获得y和z坐标类似？高斯view中有没有简便的方式来确定环中心坐标的方式？谢谢指点，
A:
@拿破仑 Multiwfn主功能100里的选项21，可以得到选定原子的一些几何性质，包括几何中心、质心
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2015.11.04 10:06:29
Q:
Sob老师，dmol3里面有Nuclear electric field gradients: When checked, indicates that nuclear electric field gradient, an important component of the nuclear magnetic shift, will be computed.这样一项，不知道怎么样才能得到a值
A:
高斯也能算这个
算超精细耦合中的Fermi contact看的是原子核处的自旋密度，而不是这个
高斯里想算这个的话prop=EFG就能算
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2015.11.04 10:07:36
Q:
大家有谁做过高斯里的oniom计算吗
[图片]
这里的N-N3-0.149300是什么意思
A:
@暖色 N3是原子类型，后面是原子电荷，手册里都有说明
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2015.11.04 10:11:51
Q:
老师，我现在就是想算一些过度金属的a值，您昨天推荐的dirac我以前没有用过，估计上手也比较慢，我的任务比较着急的，所以想用我现有的软件算，dmol3里面有一个全电子相对论的算法，比较适合过度金属，我看到文献上面算Gd的也用这个方法，但是怎么才能导出a值呢？请指教
但是Gaussian没有合适的基组呢，昨天您说的相对论方法不能算NMr啊
老师，还要再问一下，就整个体系而言是都用ano-rcc 基组还是支队过渡金属用，其他的C原子只用6-31g*就好了
只对
那就是要用gen关键词了吧
A:
你要是算fermi contact直接用高斯最后输出的原子核处的自旋密度就完了
参考
J. Phys. Chem. A, 101, 3174 (1997)
不要着急算出结果，先搞懂理论
算原子核处自旋密度你算NMR干嘛
算个单点就完了
只对
其它的也别用这么小，建议TZVP
本来用ANO-RCC就必须gen
不是内置的
内置只能用UGBS
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2015.11.04 10:22:22
Q:
[图片]老师您好，这是CAS(6,5)的密度矩阵，我看说明书里说，做CASSCF后要验视单电子密度矩阵，来检查是否有数值为2 或者几乎为0，这都表示
没有电子激发进出问题中的分子轨域，这CASSCF 计算可能有误。那么我的问题是矩阵里第2行第1列的数值为0 或者2 ，那是不是意味着CASSCF的第二根轨道选取不当，还是第一根轨道选取不当？【主要想问出现异常值时，怎么判定是哪根轨道选取不当】
@Sobereva 哦那就是如果(2,2)数值不当，就是第二根轨道有问题，这样理解对吧
A:
看的是对角元
@冰释之川比如说2,2对角元特别接近2.0，就说明2号活性轨道纳入活性空间没起到什么效果，对表现出电子相关效应没多大用处。像你当前的图，1,1就是2.0，所以说那个轨道纳入活性空间是多余的。而2,2不那么接近2.0，所以这条轨道有必要存在于活性空间。
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2015.11.04 10:51:26
Q:
老师，这是人家做的实验和理论模拟的光电子能谱的图。不知道Multiwfn 怎么实现？
个人默默认为:
轨道能!=电离能?
A:
若直接把轨道能当电离能，直接做个TDOS图，看看有无可比性
是不等于
这里有专门讨论J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 3414-3420
但为了作图省事可以考虑那个近似，另外DFT轨道能通过ax+b=y这样的校正可以接近实验电离能
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2015.11.04 11:17:15
Q:
金属Bi用什么基组好呢，Gaussian算，谢谢
A:
DFT用lanl08(d)或def2SVP或更好的def2TZVP，后HF用cc-pVnZ-PP系列
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2015.11.04 11:24:06
Q:
sob老师您好，
用multiwfn绘制极化率密度平面图时，您文中说的“绘图步骤和上面一样，唯一不同的是选择实空间函数的时候选100（用户自定义函数）”，
按照您文中给出的操作步骤，可以画出ρ，把settings.ini的iuserfunc设为23后，有了100的选项，有两次机会做这个选择，但不管我怎么弄-zρ的图总是出不来，
想请教该怎么操作，谢谢。
第一次是导入第一个波函数时有100的选项，这时候选，做不出来，可以理解
第二次是选0后，导入第二个波函数，还有100的选项，仍然做不出来，不知咋办
您所说的重新启动，我关了再打开好几次了，还是不中。
不知是不是文件夹没关的原因，我再试试
我说的第一次是选过4以后出现的，[图片]
[图片]选过以后出现这个，这时候还没减第二个波函数呢，做出来的等直线图肯定不对啊
4/0/-.wfn/ 以后出现的[图片]，这时候再选，也做不出来啊
对呀，我觉得也是这样，关键是我就是这样做的做不出来，才问您的
[图片]-Xρ做出来是这样，这不对啊，
ρ的图是这样的：[图片]
[图片] 数值都是0
您文中有5张图，除了最后一张是填色图，前3张都做出来了，就这第4张做不出~~我用的是3.3.8版
谢谢SOB老师，我再仔细搞搞，谢谢！
sob老师，您给的文件可以做出来。
我的文件还是弄不成，我做的是X方向，ρ的图可以做出来，-Xρ做出来的没有曲线，按道理来说要么都做不出来，现在只有一个做不出，不知啥原因，所以一直怀疑是自己操作上的问题，现在看来不是
想麻烦您能不能帮忙看一下文件？，帮我找找原因，谢谢！
A:
@ACharles 设完了得重新启动multiwfn。不知道你说的两次指什么。
第一个100是主菜单的100，和你选择绘图函数的100是两码事
仔细看屏幕提示，不要稀里糊涂
仔细理解每一步操作的含义
选啊
“导入第一个波函数时有100的选项”这样的描述完全不对嘛，和图完全不对应
进4之后先选0，设定自定义操作啊
博文例子很清楚，主功能5也是先设自定义运算再选的作图函数
把这改成100就完事了啊！
[图片]
[图片]
也不能作什么函数图都完整写一遍例子，要举一反三
不可能作不出来
你先严严严严严格格格格格把文中的例子重复一遍
顺带一提，做博文里的例子必须用最新版本Multiwfn
老版本不支持23号自定义函数
@ACharles 作图用到的文件，作图过程全都放群共享里了，仔细对照
@ACharles 23对应的是-Z*rho，绘制-Xρ要用21，手册2.7节都写着
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2015.11.04 11:41:31
Q:
大家好，我再看文献时他们做吸收光谱图时用的软件是Gaussian convolution，[图片]想请问下这个软件是什么
做出来的光谱图是这样的[图片]
A:
@烟雨就是指绘图时展宽函数用高斯函数，见此文
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2015.11.04 11:42:30
Q:
@Sobereva 老师，我已经知道一个分子有几种不同结构，而且是共价键和离子键的区别，我就想不同状态下是不是会对于不同的键。但是，我量化计算有办法去验证吗？
A:
@玛塔做AIM、ELF分析。以前群里贴过图表明怎么根据BCP性质判断共价键还是离子键
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2015.11.04 11:47:50
Q:
老师好，小的想问一下Quasi-classical molecular dymamics trajectory是用什么软件跑的啊（看他们用的泛函是b3lyp）/抱拳/抱拳
A:
这个词有含糊性
一问作者便知
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2015.11.04 14:36:32
Q:
请问各位，高斯中有没有哪些新型的交换关联泛函可以相对有效地解决自相互作用误差（SIE）的。
我最近计算了一个体系，两分子相距很远时，出现非物理的电荷离域。有点类似于一个经典的文献，讲H2+解离势能面，使用dft的话就明显受到SIE的影响，而HF就不存在这个问题。然而我的体系，即使用HF，还是有明显非物理电荷离域，比dft到是强多了，但还是会造成势垒偏低。 sob老师讲过约束性dft (即CDFT)，但这种方法只能在NWchem中实现，刚在网上查了下，Q-chem也可以，但高斯不能做的。
发展更好的XC是抵消 SIE 的一个办法，
所以请问各位，是否有这方面经验，哪种，或哪些泛函，在这方面表现比较好的。
谢谢各位。
A:
M06-HF、HF、后HF都没有SIE问题，wB97XD也没有长程SIE问题。
要谨慎谈论电荷离域到底是否是非物理的。
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2015.11.04 14:49:13
Q:
[图片]
各位老师，帮我看下，这样表述正确否？
A:
The orbital isosurfaces were plotted ...
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2015.11.04 14:53:16
Q:
请问Sobereva 老师[图片]
中gn是核的g因子，可以查到，但是βn呢，怎么得到呢
A:
不知道，自行想办法
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2015.11.04 14:57:28
Q:
@Sobereva 老师，还是昨天odd electron density那个问题，我反复试过，还是没做出来，按照文献上说的意思，比如我想做Dy0，那就是把其他的占据轨道都调成0，只保留HONO和LUNO的占据轨道对吧，可是我这样做过之后什么都没有，该怎么办啊，求老师指导
我把用HF算好的fchk文件导入wfn中，然后6,3,26设定好占据数目，然后回到主菜单，用5,5,2，-1这样做对吗
您的意思是让我导入.wfn文件，不是chk文件是吗
那我之前算自然轨道用的是pop=no关键词，这个对吗
A:
不可能没有啊，有占据数，电子密度肯定不为0
Multiwfn不能简写为wfn
用.wfn文件，记录自然轨道省事的多
如果你算的是双自由基，并且用DFT级别，写成类似这样
#p uM062X/6-31G* guess=mix out=wfn pop=no
然后wfn文件里就是无自旋自然轨道，占据数都是非整数的。载入这个再做你的操作。一定要注意检查修改前后的轨道占据数
顺带一提，昨天给multiwfn主功能6的选项26加了个功能，可以一次性对所有选中的轨道取min(2-n,n)，这样做总odd electron density会很方便
BTW：而且我发现，总odd electron density这个量有别的用处，用于衡量体系在什么区域电子相关效应强有用，和grimme在angew上提出的FOD有点异曲同工，但计算更容易。
更新的windows版3.3.8(dev)已经上传到multiwfn主页了
在选项26里选择完轨道范围后，输入odd，就会对这些轨道占据数取min(2-n,n)
到主页上下载3.3.8(dev)
multiwfn主页上更新了手册，增加了4.A.6节，专门介绍了怎么计算odd electron density
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2015.11.04 15:20:21
Q:
老师，什么时候升级到3.3.9
需要什么样的更新才能是3.3.9
A:
闲的时候
把已经跳票两年多的电荷转移积分计算功能加进去的时候
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2015.11.04 15:22:42
Q:
还有承诺的实现对平面波波函数的分析的功能，可以升级4.0.0啦
[表情]平面波有啥用，感觉就算是在材料里，也有好多用AO做的例子
[表情]好极了，这样老板就不会让我在VASP的海洋里淹死了
A:
支持平面波是有生之年
毕竟目前支持的高斯函数在第一性原理领域里知名的主要也就crystal再用
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2015.11.04 15:32:20
Q:
各位大神，linux下g09批处理的命令什么呀，
A:
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258
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2015.11.04 15:33:11
Q:
[图片]sob老师，ELF二维图可以改变X的范围吗
A:
两个端点是你在作图前自己设的
用两个原子定义时，嫌范围不够广就把延展距离加大
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2015.11.04 16:04:33
Q:
老师为什么要4个 A'' 和一个A‘
[图片]
计算三重态丙烯醛
A:
结合轨道图形考察
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2015.11.04 16:26:45
Q:
高斯里test关键词说不自动产生归档项目，那具体的归档项目是什么呢？和不加TEST *.log少了内容还是*.chk少了内容呢？
A:
归档项目(archive)就是指末尾的那一坨
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2015.11.04 16:29:54
Q:
@Sobereva 老师，我刚刚查到β和βn都是常数
β= 9.274 009 49(80) × 10-24 J·T-1
βn=5.5078324× 10-24 J·T-1
乘上这些常数无论如何也和1594.9这样的值沾不上边，这篇文章到底取了什么量纲您能指点一下吗[图片]
我们实验室只有我一个人做计算，又问题只能在网上问了，想向您
谢谢您
[表情]我是真的想不到还能用什么量纲了
您能给点提示吗
A:
量纲问题自行想办法转换，我也没转过
才想了几个小时，想一周想不出来我再回答
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2015.11.04 16:32:12
Q:
[图片]
A:
都可以，第一个形式上严格，但如果对某些体系发现数值过小，取mixed的
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2015.11.04 16:34:01
Q:
@Sobereva 老师，其实这个问题我从上个月就开始考虑了，自己一直在做点能做的，比如换各种方法算Isotropic Fermi Contact Couplings，至于磁学这部分以前是在没算过，请您给点提示吧
[图片]
A:
我比你更忙
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2015.11.04 16:55:50
Q:
[图片]@Sobereva 老师，我在做拓扑分析时，发现能量密度计算数据有点问题，您怎么看？
我反复检查了数据，没有统计错，那么这里用能量密度来判断键的强弱是不是就不太合适了？
那就再从8个标准里选一个用来讨论强弱，去掉能量密度？老师你觉得除了能量密度，常规下哪一个比较合适？
这个在表中已经有了
[图片]
A:
如果数据没取错，就那样
y
密度，势能密度
我知道有
有便有
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2015.11.04 17:04:38
Q:
@Sobereva 以前有个做计算的攒机推荐的帖子，我找不到了
@Sobereva 5000感觉有点低啊预算在15k左右还要做docking的老师有什么推荐么
@Sobereva 那其他的显卡主板呢我小白
A:
单路计算化学攒机配置推荐
http://sobereva.com/243
15k自行攒双路的，诸如E5 2*2630 v2
intel S2600CP2
显卡集成
用超微的板子也行，价格相仿佛
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2015.11.04 17:08:12
Q:
@Sobereva老师怎样计算一个分子中的各个碳原子的碳正性啊
A:
原子电荷
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2015.11.04 17:08:28
Q:
[图片]其中括号中的2,3表示什么？
这是nbo的CMO结果
A:
相同两个原子间的BD的编号
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2015.11.04 17:13:48
Q:
老师好，做吸收光谱时第一激发态振子强度为0，是不是意味着此处没有发射呢？要做荧光光谱，能选择振子强度为0的第一激发态做发射光谱吗？谢谢老师
A:
群聊记录搜kasha
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2015.11.04 17:20:28
Q:
老师我想问一下 cam-b3lyp 的计算结果有多大可信度？这个方法基組计算精度是中等？
只是算能量
只是对团簇进行优化比较能量高低
A:
看你算什么，诸如算弱相互作用、化学反应是个渣
不是能量的问题
是什么性质的问题
甭用它
除了算（超）极化率、电子激发相关问题外甭考虑
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2015.11.04 17:25:06
Q:
[图片]@Sobereva 老师，那个less favorable要怎么理解？
@Sobereva 我的问题是不是超出了你的管辖域？
老师，帮我解读一下那句，因为我理解得跟前后文感觉不符合
所以，才来确认
按我的理解后，会跟下问矛盾
你们慢点刷屏，把我的问题都挤没了
/撇嘴
我理解正好反的
谢谢老师
哦，这样啊。谢谢指点
A:
sob!=万事屋
后者高于前者2.3kcal/mol
这种问题可以问你导师或者英语老师
等以后这种问题就不亲自回答了
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2015.11.04 18:52:22
Q:
Sob老师，您的文章：Multiwfn：多功能波函数分析程序，在知网上不完整，能不能给我发一个完整版的，我想拜读一下，可以不@Sobereva
A:
别看那个，看这个，这是权威完整的介绍
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
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2015.11.04 19:15:29
Q:
老师，我现在遇到一个问题：氢键1在CP处的电子密度大于氢键2，但是势能密度（也可以说氢键能=V/2）小于氢键2@Sobereva
氢键1：ρ=0.04012 ▽2ρ=0.3526 V=-0.07703
氢键1：ρ=0.07065 ▽2ρ=0.1549 V=-0.06820
第二个是氢键2
优化过
是的，只不过改变的事氢键另一侧的侧链长度而已
A:
列出具体数值
结构优化过么？
是同种类型的氢键么？
没结构不好说
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2015.11.04 19:16:13
Q:
[图片]老师，请问这个怎么解决？貌似搜了关键词没有类似的问题
[图片]这是对应的 link1 输入文件
A:
你人为指定的让6和13交换，当然会有那个提示
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2015.11.04 19:20:32
Q:
@Sobereva 老师，可是接下来报错就了。。。 Unexpected end-of-file while reading orbital switches.
Error termination via Lnk1e in /home/yjy/Software/g09/l401.exe at Wed Nov 4 19:00:18 2015.
A:
6 13后面再多空一行
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2015.11.04 19:23:20
Q:
@Sobereva 谢谢 sob老师，另外是不是高斯不太建议用 link1啊我看网上说不建议这么做
A:
可以用
但我不爱用
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2015.11.04 21:59:55
Q:
请问一下我从whltiwfn导出的DOS数据，发现横坐标和以前不一样，这是怎么回事
说错了sob老师
我的数据怎么和以前导出的不一样了，这是怎么回事
[图片]以前有homo和lumo，现在找不到这样的峰值
[图片]现在怎么这样了
怎么减小
一点图就没有了
就是先点10进入到dos界面
缩到多少呢大概
好的，谢谢sob老师
A:
哪来的Multiwfn山寨版
怎么不一样？完全没描述清楚
怎么看不到？完全没描述清楚
图上看不到，说明被其它峰掩盖了
减小FWHM
点spectrum
界面上有选项，仔细看
操作不对
[图片]
选，然后输入数值
反复尝试找到觉得曲线合适的
当前情况肯定要设成比默认的小
FWHM越小peak越尖，无限小就是离散的竖线
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2015.11.04 22:04:15
Q:
[图片]
@Sobereva 老师您好我优化了一个结构，最后出现l9999能量震荡了，这个该怎么办啊
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2015.11.05 00:27:43
Q:
请问约化密度梯度函数的原始文献是是什么？
J. Am. Chem. Soc., 132, 6498？？？
那应该怎么引用RDG？如果做了RDG分析
就引用杨伟涛的？
A:
很难考证
老早了，从GGA时代就开始有
y
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2015.11.03 19:06:35
Q:
问一个简单的问题哈，我想计算基态和激发态的密度差，是不是需要对基态和激发态都进行结构优化，然后分别用两个的fchk文件就可以？[Emoticon]
不需要分别优化
那?
A:
只能优化其一
用wfn文件最方便
这里都有例子
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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