计算化学公社

标题: 关于gmx_mpi版的mdrun参数设置问题 [打印本页]

作者
Author: huangfuxin 时间: 2020-11-11 17:24
标题: 关于gmx_mpi版的mdrun参数设置问题
初用mpi版本的gmx，计算平台为64核超算；
模拟体系盒子大小3.888*3.29*7.92（nm）；
；；；；；；；；；；；；；；；；；；；；；；；；；；；
不设置dd和npme时报错信息为：
Program: gmx mdrun, version 2020.3
Source file: src/gromacs/domdec/domdec.cpp (line 2277)
MPI rank: 0 (out of 64)

Fatal error:
There is no domain decomposition for 48 ranks that is compatible with the
given box and a minimum cell size of 1.885 nm
Change the number of ranks or mdrun option -rdd or -dds
Look in the log file for details on the domain decomposition

；；；；；；；；；；；；；；；；；；；；；；；；；
如果设置dd，为了满足大于1.885nm，则会出现dd设置的过小，npme设置过大的报错；

想请教一下：
在尽可能的提高计算速度的情况下，我改调整哪些参数呢（我看手册对dds和rdd的概念没太理解..）?
dd与npme的和一定是要满足64吗？
或者直接不用mpi版本的gmx？

作者
Author: huangfuxin 时间: 2020-11-11 17:50
附上我的mdp内容，不知是否有用；

integrator = md ; leap-frog integrator
nsteps = 7500000 ; 1 fs * 100000 = 100 ps 15ns
dt = 0.002 ; 1 fs

; Output control
nstxout = 10000 ; save coordinates every 1 ps
nstvout = 10000 ; save velocities every 1 ps
nstxtcout = 10000 ; xtc compressed trajectory output every 1 ps
nstenergy = 10000 ; save energies every 1 ps
nstlog = 10000 ; update log file every 1 ps

; Bond parameters
constraints = none ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained

; Neighborsearching
cutoff-scheme          = Verlet ; search neighboring grid cels
ns-type                = Grid
nstlist = 10 ; 10 fs
rlist = 1.2 ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb = 1.2 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw = 1.2 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)

; Electrostatics
coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics

; Temperature coupling is on
tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat
tc-grps = System ; two coupling groups - more accurate
tau_t = 0.1 ; time constant, in ps
ref_t = 300 ; reference temperature, one for each group, in K

; Pressure coupling is on
; Pressure coupling is on
pcoupl                = Berendsen ;Berendsen or Parrinello-Rahman
pcoupltype             = Isotropic          ; uniform scaling of box vectors
tau_p                = 2.0                ; time constant, in ps
ref_p                = 1.0                ; reference pressure, in bar
compressibility       = 4.5e-5             ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling       = com

; Periodic boundary conditions
pbc = xyz ; 3-D PBC

; Velocity generation
gen_vel = yes ; Velocity generation is on
gen_temp = 300 ;

freezegrps = MMT_NOOH
freezedim = Y Y Y

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-11 20:59
适当减小thread-mpi数，增加OpenMP并行线程数

作者
Author: huangfuxin 时间: 2020-11-12 15:45

sobereva 发表于 2020-11-11 20:59
适当减小thread-mpi数，增加OpenMP并行线程数

谢谢老师，但是遗憾的是超算编译的这个版本-npmpi不可用啊.. 提示not compatible with thread-MPI；
仅仅使用-npomp起不到任何效果，尝试过只设置-npomp，从16到48，都是出现和不加npomp时候一样的报错

是他们安装的问题吗，有什么好的意见可以让我去尝试呢？
再次感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-13 09:21

huangfuxin 发表于 2020-11-12 15:45
谢谢老师，但是遗憾的是超算编译的这个版本-npmpi不可用啊.. 提示not compatible with thread-MPI；
仅 ...

没有npmpi，那是ntmpi
如果是基于MPI并行的，修改mpirun -np对应的并行进程数

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