计算化学公社

标题: 如何使得蛋白以20°C/ns速率升温 [打印本页]

作者
Author: karme 时间: 2020-11-11 18:39
标题: 如何使得蛋白以20°C/ns速率升温
题目是乳清蛋白溶于水中，然后研究温度对它的影响
1.使用Velocity-rescale的控温方式，
2.温度以20°C/ns速率从初始值25°C逐渐升至45、70、100和120°C，达到目标温度后系统保持在此温度下进行剩余的模拟。模拟步长为2fs，每4ps储存一次数据，每个温度平行模拟2次

我想知道20°C/ns，应该如何表现呢，怎么样才能使得蛋白升温。还请各位老师指导下我，谢谢。
是先做nvt，npt，然后在md的mdp文件中表现出来吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-11 21:02
mdp里设置退火，让参考温度按照期望的方式线性变化

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若无特殊原因甭做NVT，纯属多余

作者
Author: karme 时间: 2020-11-11 23:31

sobereva 发表于 2020-11-11 21:02
mdp里设置退火，让参考温度按照期望的方式线性变化

谢谢老师

作者
Author: karme 时间: 2020-11-11 23:50

sobereva 发表于 2020-11-11 21:02
mdp里设置退火，让参考温度按照期望的方式线性变化

老师，我想问问。我分成两个组进行模拟退火了，然后gmx energy看它的温度曲线，发现只有一条曲线，而且并没有像我所设定的温度那样走，大概是出现了什么问题呢。

1.题目是温度以20°C/ns速率从初始值25°C逐渐升至45、70、100和120°C，达到目标温度后系统保持在此温度下进行剩余的模拟,每个温度平行模拟2次

2：mdp中有关模拟退火那里，老师可以帮我看看吗，谢谢
tc_grps =group A
annealing = single
annealing-npoints = 5
annealing-time = 0 1000 2250 3750 4750
annealing-temp= 298 318 343 373 393
对于这种蛋白升温，需要两个控温组吗

3.每个温度平行模拟，难道就是做两次模拟退火吗，做两个组吗？

老师，我可能蠢了点，请见谅

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-12 06:12

karme 发表于 2020-11-11 23:50
老师，我想问问。我分成两个组进行模拟退火了，然后gmx energy看它的温度曲线，发现只有一条曲线，而且并 ...

蛋白和非蛋白定义成两个组（避免冷溶质热溶剂现象），设置成相同的退火设置。之后gmx energy从edr中提取蛋白质那个组的温度。平行模拟两次就是跑两次相同的任务，看此文了解MD重现性问题：
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

作者
Author: karme 时间: 2020-11-12 09:16

sobereva 发表于 2020-11-12 06:12
蛋白和非蛋白定义成两个组（避免冷溶质热溶剂现象），设置成相同的退火设置。之后gmx energy从edr中提取 ...

谢谢老师

作者
Author: karme 时间: 2020-11-12 09:46

sobereva 发表于 2020-11-12 06:12
蛋白和非蛋白定义成两个组（避免冷溶质热溶剂现象），设置成相同的退火设置。之后gmx energy从edr中提取 ...

老师，为什么我让 tc_gropu = Protein non-Protein ，程序会报错，说没有定义。但是我看gmx energy的时候，不都直接有Protein和non-protein这两个组。

作者
Author: karme 时间: 2020-11-12 15:18

karme 发表于 2020-11-12 09:46
老师，为什么我让 tc_gropu = Protein non-Protein ，程序会报错，说没有定义。但是我看gmx energy的时候 ...

gmx energy，选择了温度后，直接就出来了xvg文件，好像不能选择蛋白组，那应该怎么办

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-13 03:18

karme 发表于 2020-11-12 09:46
老师，为什么我让 tc_gropu = Protein non-Protein ，程序会报错，说没有定义。但是我看gmx energy的时候 ...

根本没有 tc_gropu 写法
两个控温组正确定义了，gmx energy的时候自然就能选择提取哪个组的温度

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作者
Author: karme 时间: 2020-11-13 09:37

sobereva 发表于 2020-11-13 03:18
根本没有 tc_gropu 写法
两个控温组正确定义了，gmx energy的时候自然就能选择提取哪个组的温度

谢谢老师

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