计算化学公社

标题: xtb 如何在隐式水溶剂下跑md [打印本页]

作者
Author: CYQ@ 时间: 2020-11-11 21:57
标题: xtb 如何在隐式水溶剂下跑md
各位老师，我想请教下，如果水对我要筛选的结构影响很重要，那我一开始跑md时可以通过xtb ***.xyz --input md.inp --omd --gfn 2 --gbsa h2o 命令生成一批在隐式水溶剂下的初始构象吗，然后在进行优化

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-11 22:06
可以是可以，但是GBSA非常粗糙，对于之后结合molclus做构象搜索目的未必就比在真空下跑一定更好

作者
Author: CYQ@ 时间: 2020-11-11 22:10

sobereva 发表于 2020-11-11 22:06
可以是可以，但是GBSA非常粗糙，对于之后结合molclus做构象搜索目的未必就比在真空下跑一定更好

好的，谢谢sob老师

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-11 23:22

sobereva 发表于 2020-11-11 22:06
可以是可以，但是GBSA非常粗糙，对于之后结合molclus做构象搜索目的未必就比在真空下跑一定更好

6.3版本新加的ALPB溶剂模型比GBSA精度会更好嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-12 05:57

喵星大佬发表于 2020-11-11 23:22
6.3版本新加的ALPB溶剂模型比GBSA精度会更好嘛

原理上是如此

作者
Author: 函数与激情 时间: 2020-12-26 22:51

sobereva 发表于 2020-11-12 05:57
原理上是如此

sob老师，请问xtb现在是可以在隐式溶剂模型下跑MD了是吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-27 06:35

函数与激情发表于 2020-12-26 22:51
sob老师，请问xtb现在是可以在隐式溶剂模型下跑MD了是吗？

GBSA下一直都可以

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)