计算化学公社

标题: 求助长方体盒子两端为膜中间为分子的建模问题？ [打印本页]

作者
Author: freemangran 时间: 2020-11-12 09:48
标题: 求助长方体盒子两端为膜中间为分子的建模问题？
想构建一个长方体盒子，顶端和底端为两层膜分子，然后中间是我另外加入的其他分子，我想问一下有什么方式可以实现这种建模方式？本人软件是用的gromacs，会packmol的基础功能，谢谢大家！

作者
Author: 高朋满座 时间: 2020-11-13 03:10
用Packmol就能实现，请参考下面链接卢老师写的博文中的“4.2 构建水+甲醇混合溶液的气液界面体系”这部分内容。
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-13 03:12
packmol弄膜的缺点是容易搞得比较稀疏或者难收敛
可以用genmixmem，直接就可以设定每层膜的定位原子所在的Z坐标位置，之后再用packmol往里面填充比较好
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245

作者
Author: rpestana94 时间: 2020-11-13 05:05
Charmgui has an option to build a membrane with a lot of options and features.
http://www.charmm-gui.org/?doc=input/membrane.bilayer

作者
Author: freemangran 时间: 2020-11-13 08:53

高朋满座发表于 2020-11-13 03:10
用Packmol就能实现，请参考下面链接卢老师写的博文中的“4.2 构建水+甲醇混合溶液的气液界面体系”这部分内 ...

谢谢回答指导。

作者
Author: freemangran 时间: 2020-11-13 08:53

sobereva 发表于 2020-11-13 03:12
packmol弄膜的缺点是容易搞得比较稀疏或者难收敛
可以用genmixmem，直接就可以设定每层膜的定位原子所在的 ...

谢谢社长指导

作者
Author: freemangran 时间: 2020-11-13 08:54

rpestana94 发表于 2020-11-13 05:05
Charmgui has an option to build a membrane with a lot of options and features.
http://www.charmm-g ...

谢谢，那我先去了解一下这个软件。

作者
Author: freemangran 时间: 2020-11-13 09:00

freemangran 发表于 2020-11-13 08:53
谢谢社长指导

社长我想再问一下，如果我是想用二氧化钛分子层来模拟二氧化钛的表面，可以用这个工具实现吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-15 08:31

freemangran 发表于 2020-11-13 09:00
社长我想再问一下，如果我是想用二氧化钛分子层来模拟二氧化钛的表面，可以用这个工具实现吗？

不属于genmixmem的应用范畴

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