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标题: 求助：gromacs伞形采样计算PMF可否对不同点设置不同的力？ [打印本页]

作者
Author: SpongeBob 时间: 2020-11-12 15:19
标题: 求助：gromacs伞形采样计算PMF可否对不同点设置不同的力？
在gromacs中用伞形采样计算PMF过程中，一些构型需要设置pull_coord1_k = 10000 ，比较大。但是如果其他构型也如此设置的话需要采样的构型就会很多，可否对不同构型设置不同的pull_coord1_k 呢？

作者
Author: 雷阵雨 时间: 2025-9-6 14:46
可以，参考如下片段：
pull                         = yes
pull-ngroups                = 2
pull-group1-name             = refO2
pull-group2-name             = refz
pull-ncoords                = 1

pull-coord1-type             = umbrella
pull-coord1-geometry          = direction-periodic ; 关键：z 投影
pull-coord1-dim             = N N Y
pull_coord1-vec             = 0 0 1
pull_coord1_groups          = 2 1
pull-coord1-k                = KZ
pull-coord1-rate             = 0.0                ; 静态窗
pull-coord1-init             = DIST                ; 本窗中心 (nm)
pull-coord1-start             = no
pull-group1-pbcatom          = 34473                   ; 或者填实际原子编号
pull-group2-pbcatom          = 2811
然后写个脚本，根据窗的位置来调整KZ的大小即可实现不同区域使用不同的k，参考脚本片段：
for W in windows/win_*; do
  DIST=$(cat $W/DIST.txt)
  in_range() {
awk -v x="$1" -v a="$2" -v b="$3" 'BEGIN{exit (x>a && x<b)?0:1 }'
  }

  if in_range "$DIST" -3.2  0.0 ; then
KZ=1200
  elif in_range "$DIST" -9.7  -6.8 ; then
KZ=1000; LABEL=GAS
  elif in_range "$DIST" -6.6 -3.4 ; then
KZ=1200; LABEL=PLATEAU
  else
KZ=1500; LABEL=Interface
  fi
  sed -e "s/DIST/${DIST}/g" -e "s/KZ/${KZ}/g"  us.mdp > $W/us.mdp

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