计算化学公社

标题: 求助，计算蛋白质中氨基酸残基能量 [打印本页]

作者
Author: laide 时间: 2020-11-12 19:40
标题: 求助，计算蛋白质中氨基酸残基能量
大佬们，求救，怎么去计算得到蛋白质每一个氨基酸的能量啊，什么软件可以做啊，gromacs行吗？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-11-12 20:49
你先定义一下什么叫“每一个氨基酸的能量”

作者
Author: laide 时间: 2020-11-12 21:09

liyuanhe211 发表于 2020-11-12 20:49
你先定义一下什么叫“每一个氨基酸的能量”

好像是每个氨基酸残基的溶剂化自由能

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-13 02:57

laide 发表于 2020-11-12 21:09
好像是每个氨基酸残基的溶剂化自由能

这和残基的能量在语义上完全是两码事，说残基能量至少得包括残基自身势能以及与外界的相互作用势

对于计算各残基溶解自由能，GROMACS干不了这个。Amber的MMGBSA功能印象中倒是可能能按残基来分解溶解自由能

作者
Author: laide 时间: 2020-11-13 16:21

sobereva 发表于 2020-11-13 02:57
这和残基的能量在语义上完全是两码事，说残基能量至少得包括残基自身势能以及与外界的相互作用势

对于 ...

好的，谢谢大家，谢谢sob老师

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