计算化学公社

标题: 求助：使用molclus 1.9.9的isostat对xtb6.3.3产生的crest_ensemble.xyz能量排序报错 [打印本页]

作者
Author: hlma_ustc 时间: 2020-11-12 21:40
标题: 求助：使用molclus 1.9.9的isostat对xtb6.3.3产生的crest_ensemble.xyz能量排序报错
使用molclus 1.9.9的isostat对xtb6.3.3产生的crest_ensemble.xyz能量排序报错
操作流程：
1. 使用crest调用xtb6.3.3,产生crest_ensemble.xyz文件
2. 利用molclus 1.9.9的isostat对crest_ensemble.xyz进行能量排序
具体如下：
[sc31592@ln6%cstc9 molclus]$ ./isostat
Isostat: A statistical analysis tool for a batch of isomers (64 bit)
Released as a component of Molclus, last update of isostat: 2020-Oct-27
Developed by Tian Lu, contact: sobereva@sina.com
Beijing Kein Research Center for Natural Sciences (http://www.keinsci.com)

Number of CPU cores to be used: 12

Input the path of input file, e.g. C:\sob\lovelive\nico.xyz
If press ENTER button directly, isomers.xyz in current folder will be loaded
To change number of cores used in calculation, input value now, e.g. 18
./crest_ensemble.xyz
Note: This file will be regarded as generated by crest program because the filename contains "crest"

Input the energy threshold for distinguishing different clusters
e.g. 0.5  (in kcal/mol)
If press ENTER button directly, 0.25 kcal/mol will be used
0.5

Input the geometry threshold for distinguishing different clusters
e.g. 0.25  (in Angstrom)
If press ENTER button directly, 0.1 Angstrom will be used
0.25

Analyzing...

There are 339 atoms
There are 20 isomers

forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -5, file Internal List-Directed Read
Image             PC             Routine          Line       Source
isostat          000000000041CF4B  Unknown             Unknown  Unknown
isostat          000000000044212E  Unknown             Unknown  Unknown
isostat          0000000000417955  Unknown             Unknown  Unknown
isostat          0000000000412C22  Unknown             Unknown  Unknown
libc-2.17.so    00002B18F5F11555  __libc_start_main    Unknown  Unknown
isostat          0000000000412B29  Unknown             Unknown  Unknown

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-12 21:52
错误信息写得很清楚了，end-of-file during read。
说明读某个文件的时候，一直读到末尾还没读到需要的信息。
仔细检查每个文件的格式，是否少写了什么东西，或者是否因为之前计算报错导致程序少往文件里写了什么东西

作者
Author: winnerwill 时间: 2020-11-13 00:15
你得到的crest_ensemble.xyz第二行的格式不符合isostat要求。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-13 02:58
你的crest_ensemble.xyz根本就不是crest直接产生的，不要试图欺骗molclus

crest产生的xyz文件长这样
  45
energy: -72.215807383204 gnorm: 0.000080138154 xtb: 6.3.3 (5b13467)
N       5.2231534724    -0.6469424480       0.2967947252
C       6.1920041866       0.2403781243       0.4420176595
C       6.5473966412       1.1677435894    -0.5299917041
...

作者
Author: hlma_ustc 时间: 2020-11-13 09:47
谢谢楼上各位老师同学

作者
Author: snljty 时间: 2020-11-13 10:18

sobereva 发表于 2020-11-13 02:58
你的crest_ensemble.xyz根本就不是crest直接产生的，不要试图欺骗molclus

crest产生的xyz文件长这样

sob老师，我有个想法。在有些条件下可能把多个文件拆开算，再把结果合并成多帧xyz，给isostat处理。自己提取各个计算结果的结构和能量倒是不难，但是往往会忘记isostat默认读取的xyz注释行的格式，生成这行就比较麻烦。
请问您看能不能给isostat加一个功能，用参数a和b指定读取xyz文件的注释行第a到第b的字符之间的浮点数为能量？感觉这样就可以很方便地把大量自己计算的结果转换成isostat能读取的格式，可以扩大isostat的适用范围。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-13 10:38

snljty 发表于 2020-11-13 10:18
sob老师，我有个想法。在有些条件下可能把多个文件拆开算，再把结果合并成多帧xyz，给isostat处理。自己 ...

记a和b岂不是也挺麻烦的。。。
生成注释行的方式只要写成脚本就不会忘记了啊

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-13 10:51

snljty 发表于 2020-11-13 10:18
sob老师，我有个想法。在有些条件下可能把多个文件拆开算，再把结果合并成多帧xyz，给isostat处理。自己 ...

目前用的是这种读取注释行的格式
if (icrest==0) read(infoline,*) c200tmp,c200tmp,ene

用两个字符串占位置，后面带上能量值就行了，比如a b 0.05这样的行用isostat就可以把0.05当能量。

作者
Author: snljty 时间: 2020-11-13 11:13

sobereva 发表于 2020-11-13 10:51
目前用的是这种读取注释行的格式
if (icrest==0) read(infoline,*) c200tmp,c200tmp,ene

了解了，谢谢老师！

作者
Author: snljty 时间: 2020-11-13 11:15

wzkchem5 发表于 2020-11-13 10:38
记a和b岂不是也挺麻烦的。。。
生成注释行的方式只要写成脚本就不会忘记了啊

是因为我之前不太了解isostat的读取规则，如果之后版本又换了，可能还得先试一下能不能用...现在既然知道了读取格式就方便啦~

作者
Author: hlma_ustc 时间: 2020-11-13 11:25

sobereva 发表于 2020-11-13 02:58
你的crest_ensemble.xyz根本就不是crest直接产生的，不要试图欺骗molclus

crest产生的xyz文件长这样

谢谢社长，我参照的是社长写的这篇帖子（使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html）。
步骤：1. 先对分子做分子动力学;
      2. 将md得到的轨迹xtb.trj改为traj.xyz;
      3. 然后利用crest调用xtb批量优化结构，绝对路径/crest -mdopt traj.xyz -gfn0 -opt normal -niceprint
      4. 优化完之后，输出crest_ensemble.xyz，第二行只有能量一项。其格式跟社长提到的不一样。
不知道哪里没有考虑到，社长有什么建议吗？谢谢。

PS： crest调用xtb结束后无报错，如下：
......
Command line input:
> /public1/home/sc31592/program/infochem/xtb/6.3.3/crest -mdopt traj.xyz -gfn0 -opt normal -niceprint

  -gfn0 : Use of GFN0-xTB requested.
  -opt 0
=============================
  # threads =       24
=============================
-------------------------
xTB Geometry Optimization
-------------------------
Geometry successfully optimized.

   =======================================
   |             M D O P T          |
   =======================================
   Optimization along trajectory (or ensemble).

Input file: <traj.xyz>
Containing 2 structures.
Optimizing all 2 structures from file "traj.xyz" ...
^M[#########################-------------------------] 50.00% finished.^M[##################################################]  100.00% finished.

Optimized ensemble on file <crest_ensemble.xyz>

-----------------
Wall Time Summary
-----------------
            MDOPT wall time :       0h : 1m : 7s
--------------------
Overall wall time  : 0h : 1m : 7s

CREST terminated normally.

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-14 02:35

hlma_ustc 发表于 2020-11-13 11:25
谢谢社长，我参照的是社长写的这篇帖子（使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象 ...

怀疑是你的crest版本太老。我这里用Version 2.10.2, Tue 9. Jun的crest不存在问题，产生的crest_ensemble.xyz每行的注释的格式都是诸如energy: -4.323149997283 gnorm: 0.000679857310 xtb: 6.3.3 (5b13467)

作者
Author: lyj714 时间: 2021-4-8 08:13

hlma_ustc 发表于 2020-11-13 11:25
谢谢社长，我参照的是社长写的这篇帖子（使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象 ...

遇到同样的问题，请问一下你是如何解决的？

作者
Author: chrinide 时间: 2022-3-31 08:22

sobereva 发表于 2020-11-14 02:35
怀疑是你的crest版本太老。我这里用Version 2.10.2, Tue 9. Jun的crest不存在问题，产生的crest_ensemble ...

最近一版的crest version 2.11.2输出格式简化了，xyz格式comment行就只有单一项能量，类似下面

  48
   -188.20606434
F       4.6195872353    -1.0073983143    -1.7662520570
F       2.4165143092       3.0884084864       0.4623465724
.......

要用脚本处理一下才能被isostat识别，用的是最新的Molclus1.9.9.9

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 01:00

chrinide 发表于 2022-3-31 08:22
最近一版的crest version 2.11.2输出格式简化了，xyz格式comment行就只有单一项能量，类似下面

48
...

3月24号更新过一次molclus 1.9.9.9，对这种情况应当是兼容的

作者
Author: chrinide 时间: 2022-4-1 09:21

sobereva 发表于 2022-4-1 01:00
3月24号更新过一次molclus 1.9.9.9，对这种情况应当是兼容的

上一次下载的1.9.9.9版本的isostat是2021-4-15最后更新的。刚才下载测试了，完美兼容，感谢sobereva更新

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