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标题: 求助关于RDF挂后台脚本 [打印本页]

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2020-11-12 22:27
标题: 求助关于RDF挂后台脚本
请问老师，正常写sh脚本交互式可以通过EOF输入。但是求rdf的命令 gmx rdf 需要三次交互 ref sel 还有一次是 Ctrl + D 运行。这个EOF 应该如何编写呢？

作者
Author: ene 时间: 2020-11-13 02:30
假设你要指定的两个组都是0号组，可以这么写↓

{
echo 0
echo 0
} > comm
gmx rdf -s em.tpr -f em.trr -o test.rdf < comm
rm comm

复制代码

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-13 03:09
假设index.ndx里已经对两个组AA和BB进行了定义，你也可以直接写gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -n index.ndx -ref "group AA" -sel "group BB"

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2020-11-13 07:42
我以前是用过“echo 0 0 | gmx”的方式做聚类分析，但不确定是否适用于RDF计算。你自己试试看。

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2020-11-13 11:05

Daniel_Arndt 发表于 2020-11-13 07:42
我以前是用过“echo 0 0 | gmx”的方式做聚类分析，但不确定是否适用于RDF计算。你自己试试看。

感谢您的建议我试试看!!

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2020-11-13 11:06

ene 发表于 2020-11-13 02:30
假设你要指定的两个组都是0号组，可以这么写↓

感谢您我现在试试

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2020-11-13 11:07

sobereva 发表于 2020-11-13 03:09
假设index.ndx里已经对两个组AA和BB进行了定义，你也可以直接写gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -n index. ...

感谢sob老师的教导！我这就试试

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2020-11-13 11:23

sobereva 发表于 2020-11-13 03:09
假设index.ndx里已经对两个组AA和BB进行了定义，你也可以直接写gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -n index. ...

老师，您这个后面那个Ctrl +D 如何表示呢？我的命令是这样的： nohup gmx rdf -f nvt460_100.xtc -s nvt460_100.tpr -n index.ndx -ref"group C*" -sel"group C*" -b 90000 -e 100000 -o RDFCC460LL &

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2020-11-13 11:28

ene 发表于 2020-11-13 02:30
假设你要指定的两个组都是0号组，可以这么写↓

老师您好，我将如下内容写进rdf.sh文件里：
#！/bin/bash
set -e

{
echo 5
echo 5
} > comm
gmx rdf -s nvt460_100.tpr -f nvt460_100.xtc -o rdf460 -b 90000 -e 100000 < comm
rm comm

exit

然后通过命令： nohup bash rdf460.sh & 调用时出错。您看我哪里出现问题了呢？

作者
Author: ene 时间: 2020-11-13 12:24

少年爱吃地三鲜发表于 2020-11-13 11:28
老师您好，我将如下内容写进rdf.sh文件里：
#！/bin/bash
set -e

我这没问题。你是文件名写错了？

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2020-11-13 15:12

ene 发表于 2020-11-13 12:24
我这没问题。你是文件名写错了？

非常感谢您已经解决了。我忘记加索引文件进去了。

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