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标题: 求助SMD反应路径计算问题 [打印本页]

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Author: hhhnano 时间: 2020-11-12 22:30
标题: 求助SMD反应路径计算问题
  我相用SMD计算质子传递路径，如图，假设LYS78残基上的2号质子传递到3号氧，请问path值为原子2与1之间的距离之差，以及原子3与原子2之间的距离只差吗？

variable
   type = LCOD ! Linear Combination of Distances
   i = (1,2,3,2)
   r = (1.0,-1.0)
   path = (4.3,-3.3)（这两个数值计算方法对吗？）
   harm = (1000.0)
end variable

非常感谢。

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