计算化学公社

标题: gamess并行计算的问题 [打印本页]

作者
Author: po390 时间: 2015-11-5 18:15
标题: gamess并行计算的问题
请教各位，本人初学gamess，已经参考教程（http://sobereva.com/193）在服务器中安装好gamess，但目前只能进行单核计算，无法进行多核并行，我尝试用命令： rungms den.inp 12 4 >& k.log &  时，提示下列错误：

----- GAMESS execution script 'rungms' -----
This job is running on host c01n06
under operating system Linux at Thu Nov 5 17:50:46 CST 2015
Available scratch disk space (Kbyte units) at beginning of the job is
Filesystem          1K-blocks    Used Available Use% Mounted on
/dev/home       23437492224 5748536320 17688955904  25% /home
GAMESS temporary binary files will be written to /home/shen/gamess/scr/shen
GAMESS supplementary output files will be written to /home/shen/gamess/scr
Copying input file den-1.inp to your run's scratch directory...
cp den-1.inp /home/shen/gamess/scr/shen/den.F05
unset echo
I do not know how to run this node in parallel.

这个问题到底是我安装的问题还是机器本身的问题？
先在此万分感谢各位啦！！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-5 18:22
应该是rungms的配置有问题，再仔细参考博文第4节。

作者
Author: po390 时间: 2015-11-5 18:42

sobereva 发表于 2015-11-5 18:22
应该是rungms的配置有问题，再仔细参考博文第4节。

感谢sob的回复，我的rungms文件开头设置是这样的

set TARGET=sockets
set SCR=/home/shen/gamess/scr/shen
set USERSCR=/home/shen/gamess/scr
set GMSPATH=/home/shen/gamess

是按照博文要求改的，是还需要配置其他地方吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-5 19:10

po390 发表于 2015-11-5 18:42
感谢sob的回复，我的rungms文件开头设置是这样的

set TARGET=sockets

光是开头改了没用，后面诸如set HOSTLIST=(`hostname`:cpus=$NCPUS)这些也必须填上，否则程序不知道节点配置情况

作者
Author: po390 时间: 2015-11-5 20:45

sobereva 发表于 2015-11-5 19:10
光是开头改了没用，后面诸如set HOSTLIST=(`hostname`:cpus=$NCPUS)这些也必须填上，否则程序不知道节 ...

实在麻烦sob兄了，刚才是我没说清楚，switch后面我也加了，也无法多核运行
这是我在switch后面添加的情况，只有case hpc：是我添加，其他的我都没改

if ($NCPUS > 1) then
   switch (`hostname`)
   case hpc:
   set NNODES=1
   set HOSTLIST=(`hostname`:cpus=$NCPUS)
   breaksw
      case se.msg.chem.iastate.edu:
      case sb.msg.chem.iastate.edu:
         if ($NCPUS > 2) set NCPUS=2
         set NNODES=1
         set HOSTLIST=(`hostname`:cpus=$NCPUS)
         breaksw
      case br.msg.chem.iastate.edu:
         if ($NCPUS > 8) set NCPUS=8
         set NNODES=1
         set HOSTLIST=(`hostname`:cpus=$NCPUS)
         breaksw
      case cd.msg.chem.iastate.edu:
      case zn.msg.chem.iastate.edu:
      case ni.msg.chem.iastate.edu:
      case co.msg.chem.iastate.edu:
      case pb.msg.chem.iastate.edu:
      case bi.msg.chem.iastate.edu:
      case po.msg.chem.iastate.edu:
      case at.msg.chem.iastate.edu:
      case sc.msg.chem.iastate.edu:
         if ($NCPUS > 4) set NCPUS=4
         set NNODES=1
         set HOSTLIST=(`hostname`:cpus=$NCPUS)
         breaksw
      case ga.msg.chem.iastate.edu:
      case ge.msg.chem.iastate.edu:
      case gd.msg.chem.iastate.edu:
         if ($NCPUS > 6) set NCPUS=6
         set NNODES=1
         set HOSTLIST=(`hostname`:cpus=$NCPUS)
         breaksw
      default:
         echo I do not know how to run this node in parallel.
         exit 20
   endsw
endif

编译gamess的时候是严格按博文中提供的过程编译的，单核运行的效果良好，所有测试例子都可以做出来，只有在并行的时候出问题，搞了好几天还是无法解决，还望sob大神指点！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-6 11:18
你在case hpc:下面加一条随意输出文字的语句，然后运行rungms时看看这条文字是否输出了，以判断到底走没走这个case
当前情况，很明显，走的是这个分支
default:
echo I do not know how to run this node in parallel.
exit 20

作者
Author: po390 时间: 2015-11-6 12:23

sobereva 发表于 2015-11-6 11:18
你在case hpc:下面加一条随意输出文字的语句，然后运行rungms时看看这条文字是否输出了，以判断到底走没走 ...

太感谢sob大神了！！！！！
我试着再调式了下果然可以单机多核运算，问题出在我的自己服务器节点的hostname上，我刚开始只加主服务器的hostname，我把其他节点的hostname加上之后就可以多核运算了。
再次表示感谢！！！！！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)