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标题: cp2k做杂化泛函PBE0的计算内存需要如何调 [打印本页]
作者
Author: DMYYCG    时间: 2020-11-13 15:58
标题: cp2k做杂化泛函PBE0的计算内存需要如何调
在用CP2K做PBE0算单点能时，运行总是进行一天就被自动终止。我查看内存占用发现是内存不够，而后我尝试了两个节点不满核和三个节点不满核都是同样的问题。求问是否有必要继续尝试4个，5个节点，其对应核数设在什么范围会比较合理？我的体系是196个原子但包含72个过渡金属Ti,输入文件的精度如下：EPS_SCF 1.0E-4 ，EPS_SCHWARZ 1.0E-4，EPS_DEFAULT 1.0E-5，不知是否还有再降低精度的空间。（需要什么地方的信息有助于您分析可以让我贴出来，欢迎畅聊，感谢）
作者
Author: mizuchi    时间: 2020-11-13 16:25
What basis sets do you use? How much planewave cutoff is?
作者
Author: DMYYCG    时间: 2020-11-14 10:12
这是我的报错
  1. srun: error: cn13230: task 2: Killed
  2. srun: First task exited 60s ago
  3. srun: tasks 0-1,3-51: running
  4. srun: task 2: exited abnormally
  5. srun: Terminating job step 4146634.0
  6. slurmd[cn13230]: *** STEP 4146634.0 KILLED AT 2020-11-14T09:11:08 WITH SIGNAL 9 ***
  7. srun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish.
  8. slurmd[cn13230]: *** STEP 4146634.0 KILLED AT 2020-11-14T09:11:08 WITH SIGNAL 9 ***
复制代码
作者
Author: DMYYCG    时间: 2020-11-14 10:14
本帖最后由 DMYYCG 于 2020-11-14 10:26 编辑
mizuchi 发表于 2020-11-13 16:25
What basis sets do you use? How much planewave cutoff is?
  1. BASIS_SET_FILE_NAME /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/HFX_BASIS
  2.       BASIS_SET_FILE_NAME /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/BASIS_MOLOPT
  3. <div><div><div><div>      POTENTIAL_FILE_NAME /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/GTH_POTENTIAL</div><div>
  4. </div><div></div><div>                        WFN_RESTART_FILE_NAME TIO2-RESTART-GGA.wfn</div><div>
  5. </div></div></div></div><div>
  6. </div><div>
  7. </div>&KIND Ti
  8.          BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
  9.          POTENTIAL GTH-PBE-q12
  10.       &END KIND
  11.       &KIND O
  12.          BASIS_SET DZVP-GTH
  13.          POTENTIAL GTH-PBE-q6
  14.       &END KIND
复制代码
作者
Author: DMYYCG    时间: 2020-11-14 10:17
mizuchi 发表于 2020-11-13 16:25
What basis sets do you use? How much planewave cutoff is?

I've set the plane wave cutoff to 400
作者
Author: mizuchi    时间: 2020-11-16 02:44
Ok, basis sets are reasonably small. Is reducing the size of your system not an option? Maybe you could employ other periodic boundary conditions along with k-points? Also could you please show the full input file?
作者
Author: DMYYCG    时间: 2020-11-16 09:43
mizuchi 发表于 2020-11-16 02:44
Ok, basis sets are reasonably small. Is reducing the size of your system not an option? Maybe you co ...

Well,the size of my system can not reduce.What exactly do you mean by employing other periodic boundary conditions?
作者
Author: DMYYCG    时间: 2020-11-16 09:49
mizuchi 发表于 2020-11-16 02:44
Ok, basis sets are reasonably small. Is reducing the size of your system not an option? Maybe you co ...

Here is my input file.

  1. &GLOBAL
  2.    
  3.    PROJECT TIO2
  4.   
  5.    RUN_TYPE ENERGY
  6.   
  7.    IOLEVEL  MEDIUM
  8. &END GLOBAL

  10. &FORCE_EVAL
  11.   
  12.    METHOD Quickstep
  13.    &DFT
  14.       ! basis sets and pseudopotential files can be found in cp2k/data
  15.       BASIS_SET_FILE_NAME /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/HFX_BASIS
  16.       BASIS_SET_FILE_NAME /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/BASIS_MOLOPT
  17.       POTENTIAL_FILE_NAME /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/GTH_POTENTIALS
  18.       WFN_RESTART_FILE_NAME TIO2-RESTART-GGA.wfn
  19.      
  20.       CHARGE 0
  21.       MULTIPLICITY 1

  23.       &MGRID
  24.         
  25.          CUTOFF [Ry] 400
  26.       &END

  28.       &QS
  29.         
  30.          METHOD GPW
  31.         
  32.          EPS_DEFAULT 1.0E-5
  33.          
  34.          EXTRAPOLATION ASPC
  35.        EPS_FILTER_MATRIX    0
  36.        EPS_PGF_ORB          1.000E-30
  37.       &END

  39.       &POISSON
  40.          PERIODIC XYZ
  41.       &END

  43.       &PRINT
  44.         
  45.          &E_DENSITY_CUBE OFF
  46.          &END E_DENSITY_CUBE
  47.          
  48.          &MO_CUBES
  49.             NLUMO 4
  50.             NHOMO 4
  51.             WRITE_CUBE .FALSE.
  52.             &EACH
  53.                MD 10
  54.             &END
  55.          &END
  56.       &END
  57.      
  58.       &SCF
  59.          SCF_GUESS RESTART
  60.          MAX_SCF 30
  61.          EPS_SCF 1.0E-4
  62.          &OT
  63.            
  64.             PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE
  65.             
  66.             MINIMIZER DIIS
  67.          &END OT
  68.          &OUTER_SCF
  69.             MAX_SCF 10
  70.             EPS_SCF 1.0E-4
  71.          &END
  72.          
  73.          &PRINT
  74.             &RESTART ON
  75.             &END
  76.          &END
  77.       &END SCF

  79.       
  80.      
  81.     &XC
  82.      
  83.       &XC_FUNCTIONAL
  84.        &PBE
  85.       
  86.          SCALE_X 0.75
  87.       
  88.          SCALE_C 1.0
  89.        &END PBE
  90.       &END XC_FUNCTIONAL
  91.       &HF
  92.       
  93.         FRACTION 0.25
  94.       
  95.         &SCREENING        
  96.          
  97.           EPS_SCHWARZ 1.0E-4
  98.          
  99.           SCREEN_ON_INITIAL_P TRUE
  100.         &END
  101.         &INTERACTION_POTENTIAL
  102.          
  103.           POTENTIAL_TYPE TRUNCATED
  104.          
  105.           CUTOFF_RADIUS  4.0
  106.          
  107.           T_C_G_DATA /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/t_c_g.dat
  108.         &END
  109.         &MEMORY
  110.          
  111.           MAX_MEMORY 4000
  112.           EPS_STORAGE_SCALING 0.1
  113.         &END
  114.       &END
  115.      
  116.       &VDW_POTENTIAL
  117.          POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
  118.          &PAIR_POTENTIAL
  119.             PARAMETER_FILE_NAME /PARA/app/cp2k/6.1/cp2k-6.1-paratera/data/dftd3.dat
  120.             TYPE DFTD3
  121.             REFERENCE_FUNCTIONAL PBE0
  122.             R_CUTOFF [angstrom] 16
  123.          &END
  124.       &END VDW_POTENTIAL
  125.     &END XC
  126.    &END DFT
  127.    
  128.    &SUBSYS
  129.       &CELL
  130.          
  131.          ABC [angstrom] 8.871   19.548   41.526
  132.       ALPHA_BETA_GAMMA  90.0000   90.0000   90.0000
  133.        PERIODIC  XYZ
  134.        MULTIPLE_UNIT_CELL  1  1  1
  135.         &END CELL
  136.      &COORD
  137. Ti   0.000   0.000   2.032
  138. Ti   1.479   3.258   2.032
  139. Ti   2.957   0.000   2.032
  140. Ti   4.436   3.258   2.032
  141. Ti   5.914   0.000   2.032
  142. Ti   7.393   3.258   2.032
  143. Ti   0.000   6.516   2.032
  144. Ti   1.479   9.774   2.032
  145. Ti   2.957   6.516   2.032
  146. Ti   4.436   9.774   2.032
  147. Ti   5.914   6.516   2.032
  148. Ti   7.393   9.774   2.032
  149. Ti   0.000  13.032   2.032
  150. Ti   1.479  16.290   2.032
  151. Ti   2.957  13.032   2.032
  152. Ti   4.436  16.290   2.032
  153. Ti   5.914  13.032   2.032
  154. Ti   7.393  16.290   2.032
  155. Ti   0.000   3.258   5.290
  156. Ti   1.479   0.000   5.290
  157. Ti   2.957   3.258   5.290
  158. Ti   4.436   0.000   5.290
  159. Ti   5.914   3.258   5.290
  160. Ti   7.393   0.000   5.290
  161. Ti   0.000   9.774   5.290
  162. Ti   1.479   6.516   5.290
  163. Ti   2.957   9.774   5.290
  164. Ti   4.436   6.516   5.290
  165. Ti   5.914   9.774   5.290
  166. Ti   7.393   6.516   5.290
  167. Ti   0.000  16.290   5.290
  168. Ti   1.479  13.032   5.290
  169. Ti   2.957  16.290   5.290
  170. Ti   4.436  13.032   5.290
  171. Ti   5.914  16.290   5.290
  172. Ti   7.393  13.032   5.290
  173. Ti   1.478   9.822   8.475
  174. Ti   4.436   3.305   8.475
  175. Ti   7.393   3.305   8.475
  176. Ti   4.436  16.336   8.475
  177. Ti   7.393  16.336   8.475
  178. Ti   1.479   3.305   8.475
  179. Ti   1.479  16.337   8.475
  180. Ti   7.392   9.820   8.476
  181. Ti   4.436   9.821   8.476
  182. Ti   0.001   6.554   8.709
  183. Ti   2.958   6.554   8.708
  184. Ti   5.915   6.553   8.709
  185. Ti   0.001  13.070   8.709
  186. Ti   2.958  13.069   8.709
  187. Ti   5.915  13.069   8.710
  188. Ti   5.915   0.037   8.710
  189. Ti   0.001   0.038   8.710
  190. Ti   2.957   0.038   8.710
  191. Ti   2.960   9.774  11.687
  192. Ti   0.003   9.774  11.687
  193. Ti   5.916  16.289  11.687
  194. Ti   5.917   3.260  11.687
  195. Ti   2.958  16.291  11.687
  196. Ti   0.001  16.291  11.687
  197. Ti   0.002   3.258  11.687
  198. Ti   2.960   3.257  11.687
  199. Ti   5.917   9.776  11.689
  200. Ti   7.398   6.516  12.080
  201. Ti   4.441   6.516  12.079
  202. Ti   1.484   6.515  12.079
  203. Ti   4.438  13.031  12.080
  204. Ti   7.396  13.031  12.079
  205. Ti   1.482  13.031  12.079
  206. Ti   4.438  -0.001  12.080
  207. Ti   1.481  -0.000  12.080
  208. Ti   7.395  -0.001  12.080
  209. O   0.000   3.258   0.752
  210. O   2.957   3.258   0.752
  211. O   5.914   3.258   0.752
  212. O   0.000   9.774   0.752
  213. O   2.957   9.774   0.752
  214. O   5.914   9.774   0.752
  215. O   0.000  16.290   0.752
  216. O   2.957  16.290   0.752
  217. O   5.914  16.290   0.752
  218. O   1.479   1.280   2.032
  219. O   1.479   5.236   2.032
  220. O   4.436   1.280   2.032
  221. O   4.436   5.236   2.032
  222. O   7.393   1.280   2.032
  223. O   7.393   5.236   2.032
  224. O   1.479   7.796   2.032
  225. O   1.479  11.752   2.032
  226. O   4.436   7.796   2.032
  227. O   4.436  11.752   2.032
  228. O   7.393   7.796   2.032
  229. O   7.393  11.752   2.032
  230. O   1.479  14.312   2.032
  231. O   1.479  18.268   2.032
  232. O   4.436  14.312   2.032
  233. O   4.436  18.268   2.032
  234. O   7.393  14.312   2.032
  235. O   7.393  18.268   2.032
  236. O   0.000   3.258   3.312
  237. O   2.957   3.258   3.312
  238. O   5.914   3.258   3.312
  239. O   0.000   9.774   3.312
  240. O   2.957   9.774   3.312
  241. O   5.914   9.774   3.312
  242. O   0.000  16.290   3.312
  243. O   2.957  16.290   3.312
  244. O   5.914  16.290   3.312
  245. O   0.000   0.000   4.010
  246. O   2.957   0.000   4.010
  247. O   5.914   0.000   4.010
  248. O   0.000   6.516   4.010
  249. O   2.957   6.516   4.010
  250. O   5.914   6.516   4.010
  251. O   0.000  13.032   4.010
  252. O   2.957  13.032   4.010
  253. O   5.914  13.032   4.010
  254. O   1.479   4.538   5.290
  255. O   1.479   1.978   5.290
  256. O   4.436   4.538   5.290
  257. O   4.436   1.978   5.290
  258. O   7.393   4.538   5.290
  259. O   7.393   1.978   5.290
  260. O   1.479  11.054   5.290
  261. O   1.479   8.494   5.290
  262. O   4.436  11.054   5.290
  263. O   4.436   8.494   5.290
  264. O   7.393  11.054   5.290
  265. O   7.393   8.494   5.290
  266. O   1.479  17.570   5.290
  267. O   1.479  15.010   5.290
  268. O   4.436  17.570   5.290
  269. O   4.436  15.010   5.290
  270. O   7.393  17.570   5.290
  271. O   7.393  15.010   5.290
  272. O   0.000   0.000   6.570
  273. O   2.957   0.000   6.570
  274. O   5.914   0.000   6.570
  275. O   0.000   6.516   6.570
  276. O   2.957   6.516   6.570
  277. O   5.914   6.516   6.570
  278. O   0.000  13.032   6.570
  279. O   2.957  13.032   6.570
  280. O   5.914  13.032   6.570
  281. O   0.000   3.258   7.268
  282. O   2.957   3.258   7.268
  283. O   5.914   3.258   7.268
  284. O   0.000   9.774   7.268
  285. O   2.957   9.774   7.268
  286. O   5.914   9.774   7.268
  287. O   0.000  16.290   7.268
  288. O   2.957  16.290   7.268
  289. O   5.914  16.290   7.268
  290. O   1.479   5.220   8.579
  291. O   7.394   5.220   8.580
  292. O   4.436   5.220   8.579
  293. O   1.479  11.735   8.581
  294. O   4.436  14.335   8.584
  295. O   7.393  14.335   8.584
  296. O   7.394  11.735   8.579
  297. O   1.479  14.335   8.583
  298. O   1.479  18.251   8.580
  299. O   4.436  18.251   8.581
  300. O   7.393  18.251   8.581
  301. O   4.436  11.735   8.578
  302. O   1.479   7.820   8.584
  303. O   7.393   1.303   8.585
  304. O   4.436   1.303   8.584
  305. O   1.479   1.303   8.584
  306. O   7.394   7.819   8.583
  307. O   4.437   7.819   8.583
  308. O   0.001   9.773   9.857
  309. O   2.958   9.773   9.857
  310. O   0.001  16.289   9.857
  311. O   2.957  16.289   9.857
  312. O   5.915  16.288   9.857
  313. O   5.915   3.259   9.857
  314. O   0.001   3.258   9.857
  315. O   2.958   3.258   9.857
  316. O   5.915   9.775   9.859
  317. O   5.916   6.522  10.585
  318. O   0.001   6.519  10.585
  319. O   2.960   6.520  10.585
  320. O   2.959  13.036  10.585
  321. O   5.915  13.033  10.585
  322. O   0.001  13.037  10.585
  323. O   5.915   0.004  10.585
  324. O   0.001   0.004  10.585
  325. O   2.958   0.004  10.585
  326. O   4.440   8.552  12.037
  327. O   7.395   8.552  12.037
  328. O   4.438  11.000  12.038
  329. O   7.396  11.000  12.036
  330. O   1.481   8.551  12.033
  331. O   1.481  10.999  12.035
  332. O   1.481   2.036  12.035
  333. O   1.480  17.517  12.035
  334. O   4.439   2.035  12.033
  335. O   4.438  17.516  12.035
  336. O   7.395   2.036  12.034
  337. O   7.394  17.516  12.035
  338. O   4.436  15.068  12.035
  339. O   1.480  15.068  12.035
  340. O   7.395  15.067  12.034
  341. O   4.437   4.484  12.035
  342. O   7.397   4.485  12.035
  343. O   1.482   4.484  12.035
  344. O   0.005   6.520  13.182
  345. O   2.961   6.520  13.182
  346. O   5.917  13.036  13.182
  347. O   2.959  13.035  13.182
  348. O   0.003  13.034  13.182
  349. O   5.919   6.514  13.182
  350. O   5.916   0.002  13.183
  351. O   0.002   0.002  13.183
  352. O   2.959   0.003  13.182
  353.       &END
  354.       
  355.       &KIND Ti
  356.          BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
  357.          POTENTIAL GTH-PBE-q12
  358.       &END KIND
  359.       &KIND O
  360.          BASIS_SET DZVP-GTH
  361.          POTENTIAL GTH-PBE-q6
  362.       &END KIND
  363.    &END SUBSYS
  364. &END FORCE_EVAL
复制代码



作者
Author: DMYYCG    时间: 2020-11-16 10:11
计算半小时是写到这里，计算了一天还是写到这里，直到作业结束还是写到这里这个且.out文件无报错，日志文件在计算一天的时间无输出。直到作业被停止告知作业被停掉。


(, 下载次数 Times of downloads: 44)

作者
Author: haibeih    时间: 2020-11-17 08:57
兄弟，你用PBE0，不用ADMM加速是算不动滴，体系太大了。谁用谁知道，特别好使。我估计你的输出文件如果往下跑，肯定有个非常大的ERI on-the-fly。所以内存是大问题，杂化泛函太消耗内存。

参考以下内容，应该问题不大：
（1）https://zhuanlan.zhihu.com/p/30030239
（2）https://www.cp2k.org/exercises:2017_uzh_cp2k-tutorial:hybrid
作者
Author: DMYYCG    时间: 2020-11-17 10:18
haibeih 发表于 2020-11-17 08:57
兄弟，你用PBE0，不用ADMM加速是算不动滴，体系太大了。谁用谁知道，特别好使。我估计你的输出文件如果往下 ...

好的我加上ADMM试试。内存方面的话有好的经验建议么？
作者
Author: haibeih    时间: 2020-11-17 10:56
像你这种大体系，人家一般条件好的课题组，都是128个核，内存当然越大越好啦。建议在不影响其他用户的基础上，用上最大的内存和节点
作者
Author: DMYYCG    时间: 2020-11-17 11:33
haibeih 发表于 2020-11-17 10:56
像你这种大体系，人家一般条件好的课题组，都是128个核，内存当然越大越好啦。建议在不影响其他用户的基础 ...

好的我试试
作者
Author: DMYYCG    时间: 2020-11-17 16:50
haibeih 发表于 2020-11-17 10:56
像你这种大体系，人家一般条件好的课题组，都是128个核，内存当然越大越好啦。建议在不影响其他用户的基础 ...

已成功写出，感谢
作者
Author: haibeih    时间: 2020-11-17 17:29
DMYYCG 发表于 2020-11-17 16:50
已成功写出，感谢

注意时刻跟踪检测结果，以防出错~其实如果有条件的话，你也可以试试直接用PBE0优化，虽然慢一点，但是有时候真比PBE这种纯泛函好得多。
作者
Author: DMYYCG    时间: 2020-11-17 21:41
haibeih 发表于 2020-11-17 17:29
注意时刻跟踪检测结果，以防出错~其实如果有条件的话，你也可以试试直接用PBE0优化，虽然慢一点，但是有 ...

好的，PBE0直接优化之前试了 实在太慢放弃了、
作者
Author: haibeih    时间: 2020-11-18 08:38
DMYYCG 发表于 2020-11-17 21:41
好的，PBE0直接优化之前试了 实在太慢放弃了、

也是，你这金属原子太多了，哈哈。

还有，色散我觉得用DFTD3（BJ）也行，不会增加计算量，结果按理说会更加精确。
作者
Author: DMYYCG    时间: 2020-11-18 14:19
haibeih 发表于 2020-11-18 08:38
也是，你这金属原子太多了，哈哈。

还有，色散我觉得用DFTD3（BJ）也行，不会增加计算量，结果按理说 ...

色散我用的是DFTD3。那如果我不用ADMM怎么能推进这个算下去呢，我今天算的体系增加了N元素，由于最外层是5个电子需要用到LDS，但用LDS就不能用OT算法，而ADMM需要OT算法，这两个矛盾了，可怎么办才好

作者
Author: haibeih    时间: 2020-11-18 14:58
DMYYCG 发表于 2020-11-18 14:19
色散我用的是DFTD3。那如果我不用ADMM怎么能推进这个算下去呢，我今天算的体系增加了N元素，由于最外层是 ...

LDS是啥？你说的是LSD吧，就是打开自旋呗，可以用OT呀，我都一直用啊。

ADMM必须用，否则算不动~

最好把输入文件关键部分贴出来
作者
Author: DMYYCG    时间: 2020-11-18 15:53
haibeih 发表于 2020-11-18 14:58
LDS是啥？你说的是LSD吧，就是打开自旋呗，可以用OT呀，我都一直用啊。

ADMM必须用，否则算不动~

确实可以用[赞],我之前查到说做自旋的非限制计算必须要使用对角算法不能用OT，就一直没有尝试用OT,刚刚试了一下确实可以用
作者
Author: zgl    时间: 2023-7-12 21:17
刚入门不久，一直很想知道，libxc库里边的
HYB_GGA_XC_PBEH (id=406): PBEH (PBE0)
C. Adamo and V. Barone., J. Chem. Phys. 110, 6158 (1999) (doi: 10.1063/1.478522)
M. Ernzerhof and G. E. Scuseria., J. Chem. Phys. 110, 5029 (1999) (doi: 10.1063/1.478401)
是不是PBE0，为什么都不用这个啊，使用这个就不需要加admm也能算的很快啊



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