计算化学公社

标题: 如何仅通过分子的原子间距求出各原子坐标？ [打印本页]

作者
Author: QH崔 时间: 2020-11-13 16:24
标题: 如何仅通过分子的原子间距求出各原子坐标？
求助,如题,如何仅通过通过分子的原子间距求出各原子坐标,或者有什么软件可以直接得到吗?萌新首问,十分感谢!

作者
Author: biogon 时间: 2020-11-13 16:45
只有距离怎么得到坐标，方向都没有

作者
Author: QH崔 时间: 2020-11-13 17:06

biogon 发表于 2020-11-13 16:45
只有距离怎么得到坐标，方向都没有

抱歉，表述可能有问题，是有距离矩阵，不知道您说的方向是不是指相对的方向这样？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-11-13 17:45
这是个很有意思的问题，我以前也考虑过。假设第一个原子位于原点，第二个原子位于z轴上，给出完整的距离矩阵是有可能求出三维坐标的，但是会丢失手性R, S之类的信息，因为它们可以具有相同的距离矩阵。假定不考虑手性等问题，对于四五个原子，很容易手推出(与内坐标类似)每个原子的坐标，对于一般的分子，如何设计一个高效的算法，这好像还是个挺难的数学问题。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-13 18:22

QH崔发表于 2020-11-13 17:06
抱歉，表述可能有问题，是有距离矩阵，不知道您说的方向是不是指相对的方向这样？

有这样的方法，你可以搜一下distance geometry，好像叫这个

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-11-13 19:38
我以前也搜过distance geometry的教材，然后发现有点难就放弃了

加油题主

作者
Author: biogon 时间: 2020-11-13 20:15

QH崔发表于 2020-11-13 17:06
抱歉，表述可能有问题，是有距离矩阵，不知道您说的方向是不是指相对的方向这样？

有距离矩阵似乎是可以的，MEGA应该就是整这个的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-14 02:02
Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)对geometry distance方法有介绍，先把这书这部分看了

作者
Author: QH崔 时间: 2020-11-14 07:49

zjxitcc 发表于 2020-11-13 19:38
我以前也搜过distance geometry的教材，然后发现有点难就放弃了加油题主

好的，十分感谢

作者
Author: QH崔 时间: 2020-11-14 07:49

biogon 发表于 2020-11-13 20:15
有距离矩阵似乎是可以的，MEGA应该就是整这个的

好的，十分感谢！

作者
Author: QH崔 时间: 2020-11-14 07:50

sobereva 发表于 2020-11-14 02:02
Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)对geometry distance方法有介绍，先把这 ...

收到，感谢sob老师！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)