计算化学公社

标题: 求助：蛋白质活性中心的水分子交换速度如何表征。 [打印本页]

作者
Author: yxp212121 时间: 2020-11-14 22:33
标题: 求助：蛋白质活性中心的水分子交换速度如何表征。
请问各位老师，请问gromacs动力学模拟后，蛋白质特定区域内（比如活性中心）的水分子流速如何表征？
我查到的方法大概三种：扩散常数，水分子净化时间（purge time），和水分子滞留时间（survival time）。
1.扩散常数似乎只能反映盒子中所有水分子的扩散常数性质，而具体到某一特定区域内则失去了意思。因为此时只是计算在活性中心的初始水分子在整个模拟过程中的扩散常数，而且随着模拟时间的延长，最初在活性中心的水分子早就离开了，但还是考虑这些水分子来计算活性中心的水分子扩散常数。这似乎有点不合理，而且仅计算初始在活性中心的水分子，不够全面。
2.水分子净化时间，目前我只会用gmx select -olt命令计算初始结构活性中心的水分子的净化时间,但这似乎不能体现整个模拟过程中活性中心水分子的流速，不够全面。
3.水分子滞留时间，之前有看到一篇博文，用gmx select 动态选择甲烷分子第一水合层内的水分子，对mask.dat进行分析处理就可以计算平均滞留时间。但我不知道这种方法能不能套用到，分析蛋白质活性中心内的水分子的平均滞留时间，从而来表征水流速度。

请问各位老师有没有什么建议或解决方法，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-14 23:30
在我看来平均滞留时间和流速不是一个概念。

统计平均滞留时间自行用VMD脚本实现并不复杂，循环每一帧，利用within选择语句记录这一帧里在蛋白质特定距离内水的数目（可以用氧原子的序号来记录），比较这一帧和上一帧的情况，如果某个水在上一帧的时候也在列表里，就把这个水的滞留时间+dt。以类似这种思想统计，再取个平均就完了

作者
Author: yxp212121 时间: 2020-11-15 11:40

sobereva 发表于 2020-11-14 23:30
在我看来平均滞留时间和流速不是一个概念。

统计平均滞留时间自行用VMD脚本实现并不复杂，循环每一帧， ...

嗯嗯，谢谢卢天老师！我还想问一下，扩散常数和净化时间能不能表征一定区域内的水分子流速，如果能，该如何表征呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-16 03:37

yxp212121 发表于 2020-11-15 11:40
嗯嗯，谢谢卢天老师！我还想问一下，扩散常数和净化时间能不能表征一定区域内的水分子流速，如果能，该如 ...

没听说过净化世间。
用扩散常数来体现不合适。

作者
Author: yxp212121 时间: 2020-11-16 11:16

sobereva 发表于 2020-11-16 03:37
没听说过净化世间。
用扩散常数来体现不合适。

奥好的，谢谢老师。

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