计算化学公社

标题: 求助关于RDF的程序理解问题。 [打印本页]

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2020-11-15 11:16
标题: 求助关于RDF的程序理解问题。
各位老师好，最近想编写一个RDF的程序，关于RDF我的理解就是，区域密度/全局密度（比值），如图，这个dr 是不是每次计算的增量。如果是这个dr应该如何选择？另外，正方体盒子。有多少个球层是不是可以理解为边长/dr。还是说我可以先求出定义中心原子与每一个原子的距离然后进行分类再求rdf。针对该问题有些混淆。麻烦各位老师教导！PS： http://isaacs.sourceforge.net/phys/rdfs.html#gr-fig

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2020-11-15 22:05
就告诉我这个dr怎么定义就行。这个增量应该怎么选择呢

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-11-15 23:13
dr自己设定，比如gmx默认用的0.002 nm。其实我觉得楼主如果考虑自己写程序，单单看公式不一定能明白其含义，我建议你多看看一些成熟的动力学相关源代码，比如gromacs，又或者是mdanalysis等。

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2020-11-16 08:05

liuyuje714 发表于 2020-11-15 23:13
dr自己设定，比如gmx默认用的0.002 nm。其实我觉得楼主如果考虑自己写程序，单单看公式不一定能明白其含义 ...

好的，感谢您的建议! 请问gromacs的源代码在哪里能看呢？MDAnalysis的我能找到 gromacs的手册里有吗？谢谢您

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-11-16 09:18

少年爱吃地三鲜发表于 2020-11-16 08:05
好的，感谢您的建议! 请问gromacs的源代码在哪里能看呢？MDAnalysis的我能找到 gromacs的手册里有吗？谢 ...

github上都有相关的源，直接就可以找到。看手册那是给用软件的人，而你写程序，当然必须看源代码，gromacs的c/c++文件，mdanalysis的python源文件

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2020-11-16 10:01

liuyuje714 发表于 2020-11-16 09:18
github上都有相关的源，直接就可以找到。看手册那是给用软件的人，而你写程序，当然必须看源代码，gromac ...

感谢您！我去看看！

作者
Author: Graphite 时间: 2020-11-16 11:45
本帖最后由 Graphite 于 2020-11-16 11:46 编辑

可以算每个原子对距离的同时进行计数。
我写的RDF代码（python）的其中一段，self.pcf是个字典，键是距离r（1 dr ～ 10.0，间隔为dr），值是距离落在r ～r+dr的原子对的计数。

      if periodic:
         p_vectors = list()
         for xmulti in (0, -1, 1):
            for ymulti in (0, -1, 1):
                  for zmulti in (0, -1, 1):
                     p_vector = np.array([xmulti * self.xlength, ymulti * self.ylength, zmulti * self.zlength])
                     p_vectors.append(p_vector)

         for ref in self.atomtypedict[str(refatomtype)]:
            for target in self.atomtypedict[str(targetatomtype)]:
                  r_ref = np.array(self.atomdict[ref][3:6])
                  r_target = np.array(self.atomdict[target][3:6])

                  for p_vector in p_vectors:
                     dist = np.linalg.norm(r_ref - r_target - p_vector)

                     for r in self.pcf.keys():
                        if dist > r and dist < r + dr:
                              self.pcf[r] += 1

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2020-11-16 14:30

Graphite 发表于 2020-11-16 11:45
可以算每个原子对距离的同时进行计数。
我写的RDF代码（python）的其中一段，self.pcf是个字典，键是距离r ...

感谢您的帮助!

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)