计算化学公社

标题: xtb程序报错：段错误（ segmentation fault occurred） [打印本页]

作者
Author: CYQ@ 时间: 2020-11-15 20:11
标题: xtb程序报错：段错误（ segmentation fault occurred）
各位老师，我想请教一下，我用xtb ***.xyz --input md.inp --omd --gfn 1 --alpb water命令跑md,在双系统的电脑上可以正常运行，但是在wsl(子系统)的电脑上出现报错，报错如下图

md.inp 文件如下：$md
temp= 400
time= 100.0
dump= 50.0
step= 1.0
hmass=1
shake=1
$end
$constrain
atoms:1-11,14,17,19-23,26,29,32,34-38,41,44,46-50,52,54-58
force constant=1.0
$end

我安装xtb的时候，已经设置过 ulimit -s unlimited了，子系统运行时如果用gfn1和gfn2就会报错，但是用gfn0就能正常运行，而在双系统下，用gfn1是可以运行的，这是什么原因呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-15 23:23
确保ulimit的设置已经生效了

不会弄就甭用WSL，装个VMware虚拟机跑xtb极度理想。要么尝试论坛上别人发的windows版xtb

作者
Author: snljty 时间: 2020-11-15 23:41
本帖最后由 snljty 于 2020-11-15 23:46 编辑

WSL下普通用户直接ulimit -s unlimited会失效。
需要

su -
ulimit -s unlimited
su - 你的用户名

复制代码

才可以。详见https://github.com/Microsoft/WSL/issues/633。
卢老师提到的windows版本的xtb在这里。http://bbs.keinsci.com/thread-18116-2-1.html
Windows版毕竟只是为了熟悉软件等目的，用最方便的方式好了。

作者
Author: CYQ@ 时间: 2020-11-16 09:22

sobereva 发表于 2020-11-15 23:23
确保ulimit的设置已经生效了

不会弄就甭用WSL，装个VMware虚拟机跑xtb极度理想。要么尝试论坛上别人发的 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: CYQ@ 时间: 2020-11-16 09:23

snljty 发表于 2020-11-15 23:41
WSL下普通用户直接ulimit -s unlimited会失效。
需要才可以。详见https://github.com/Microsoft/WSL/issue ...

好的，谢谢指导

作者
Author: 付之一生 时间: 2022-8-29 16:53

snljty 发表于 2020-11-15 23:41
WSL下普通用户直接ulimit -s unlimited会失效。
需要才可以。详见https://github.com/Microsoft/WSL/issue ...

您好，需要把这段代码写进bashrc文件中吗

作者
Author: 付之一生 时间: 2022-8-30 18:08

snljty 发表于 2020-11-15 23:41
WSL下普通用户直接ulimit -s unlimited会失效。
需要才可以。详见https://github.com/Microsoft/WSL/issue ...

w11 的wsl也会这样吗

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)