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标题: 求助：ESP填色的范德华表面输出文件的含义 [打印本页]

作者
Author: liaorongbao 时间: 2020-11-15 21:33
标题: 求助：ESP填色的范德华表面输出文件的含义
本帖最后由 liaorongbao 于 2020-11-15 22:01 编辑

一、这是surfanalysis.pdb文件中删去部分ESP的极值点后留下的极值点数据(极值点编号不连续)
REMARK Unit of B-factor field (i.e. ESP) is kcal/mol
HETATM 2  C MOL A 1    -0.001 2.057  -0.191  1.00114.42       C
HETATM 3  C MOL A 1    0.039 2.066  -0.040  1.00114.43       C
HETATM 1  O MOL A 1    -4.036  -2.236  -0.016  1.00-17.29       O
HETATM 2  O MOL A 1    4.028  -2.241  -0.019  1.00-17.29       O
END
问1：
1.1 每行跟着的连续四个数字前三个是波尔表示的极值点坐标吧？
1.2 最后一个是极值点的亲电亲核能量吧？但最后一个写法理解不了(或者说为什么要写个1.00在114.42kcal/mol的前边，为什么要写个1.00在-17.29kcal/mol的前边？)
1.3 另外，HETATM单词什么意思，符号A和1什么意思？符号C和O什么意思？

二、还有个文件mol.pdb内容如下
REMARK Generated by Multiwfn, Totally       3 atoms
HETATM 1  CD  MOL A 1    0.000 0.202  -0.000  1.00  0.00       CD
HETATM 2  I MOL A 1    2.766  -0.093  -0.000  1.00  0.00          I
HETATM 3  I MOL A 1    -2.766  -0.093 0.000  1.00  0.00          I
END
问2：其中的连续五个数值0.000 0.202  -0.000  1.00  0.00代表什么？前三个代表原子坐标么？后两个代表什么？
三、vtx.pdb文件是包含顶点坐标和顶点处ESP能量的文件
REMARK Generated by Multiwfn, totally 112088 surface vertices
REMARK Unit of B-factor field (i.e. ESP) is kcal/mol
HETATM 1  C MOL A 1    -5.103  -0.682  -0.113  1.00-13.93       C
HETATM 8  C MOL A 1    -5.105  -0.683  -0.035  1.00-13.91       C
HETATM 14  C MOL A 1    -5.105  -0.683 0.044  1.00-13.91       C

问3：为什么顶点编号不连续(此时尚未删去某些顶点)？比如从1号一下子跑到8号再跑到14号

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-16 03:32
一
1 pdb文件里坐标是埃。你直接和Multiwfn在窗口里输出的坐标对照也能知道这点
2 没有什么“亲电亲核能量”，那叫静电势的数值。1.00是占有度，是pdb格式所要求的。查看pdb格式的定义便知
3 heteroatom，在pdb格式规范里用于表示这是杂原子。显然C和O是碳和氧。不同类型极值点在pdb里通过元素来等效地区分

二
上面已经回答了

三
根据我在Journal of Molecular Graphics and Modelling 38 (2012) 314–323中提出的算法，程序自动去除冗余表面顶点，所以不连续。不必关注这个。如果你用4 Advanced option里的2 Toggle if eliminating redundant vertices关了自动去除，导出的vtx.pdb里的序号绝对是连续的。

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