计算化学公社

标题: 求助OH对醇的氢提取反应对IRC末端做优化得到的复合物 [打印本页]

作者
Author: jing-quan63 时间: 2020-11-16 10:15
标题: 求助OH对醇的氢提取反应对IRC末端做优化得到的复合物
大家好：
  最近在计算OH对醇的氢提取反应，IRC按照默认步长跑完两百步后正常结束，取端点进行优化后遇到如下问题：
  1：位点1，离醇羟基相对较远，但是IRC反应物一侧优化后出现复合物，具有明显的氢键
  2：位点2，离醇羟基相对较近，IRC反应物一侧优化后OH远离醇羟基，但是那体系能量比反应物低1kcal左右，这种情况是否意味着存在复合物，复合物是可能是由氢键外什么作用导致的呢？
  谢谢大家的拨冗回复

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-16 10:24
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“复合物判断”改了，以后务必注意，下次将扣分处理。

作者
Author: jing-quan63 时间: 2020-11-16 14:01

sobereva 发表于 2020-11-16 10:24
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反 ...

好的，谢谢老师，请问这个问题如何解决呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-16 14:54
判断是否存在复合物，应该按Gibbs自由能判断，而不是按能量判断

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-17 02:33
画个RDG图就知道是什么作用导致的复合
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
使用Multiwfn做NCI分析展现分子内和分子间弱相互作用
https://www.bilibili.com/video/av71561024

你没给出截图，凭空不好猜，八成是色散吸引作用。

作者
Author: jing-quan63 时间: 2020-11-17 14:56
本帖最后由 jing-quan63 于 2020-11-17 17:15 编辑

sobereva 发表于 2020-11-17 02:33
画个RDG图就知道是什么作用导致的复合
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

如果是色散作用，在计算速率常数时需要当作RC处理吗，或者是否有必要计算BSSE?谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-18 02:38

jing-quan63 发表于 2020-11-17 14:56
如果是色散作用，在计算速率常数时需要当作RC处理吗，或者是否有必要计算BSSE?谢谢老师

这就是个反应复合物
没必要管BSSE

作者
Author: jing-quan63 时间: 2020-11-18 09:14

sobereva 发表于 2020-11-18 02:38
这就是个反应复合物
没必要管BSSE

谢谢老师，那请问这是因为氢键形成的么，感觉不像啊

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-18 10:47

jing-quan63 发表于 2020-11-18 09:14
谢谢老师，那请问这是因为氢键形成的么，感觉不像啊

你指的是哪个原子和哪个原子之间可能是氢键？标出来

作者
Author: jing-quan63 时间: 2020-11-18 10:50

wzkchem5 发表于 2020-11-18 10:47
你指的是哪个原子和哪个原子之间可能是氢键？标出来

我理解的氢键就是醇羟基的O和OH的H形成的

作者
Author: jing-quan63 时间: 2020-11-18 10:56

jing-quan63 发表于 2020-11-18 10:50
我理解的氢键就是醇羟基的O和OH的H形成的

我理解的氢键就是醇羟基的O和OH的H形成的，但是这个地方明显离得太远了，不具备这样的条件

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-18 11:02

jing-quan63 发表于 2020-11-18 10:50
我理解的氢键就是醇羟基的O和OH的H形成的

哦，你贴的图是没有氢键的那个是吧，我还以为你指的是C-H…O弱氢键
你把另一个结构也贴出来看看，可能是另一个结构有不稳定因素，而不是这个结构有稳定因素

作者
Author: jing-quan63 时间: 2020-11-18 11:08

wzkchem5 发表于 2020-11-18 11:02
哦，你贴的图是没有氢键的那个是吧，我还以为你指的是C-H…O弱氢键
你把另一个结构也贴出来看看，可能是 ...

我就这一个结构，发现能量比A+B低1kcal，然后sober老师说是复合物

作者
Author: jing-quan63 时间: 2020-11-18 11:09

jing-quan63 发表于 2020-11-18 11:08
我就这一个结构，发现能量比A+B低1kcal，然后sober老师说是复合物

我就这一个结构，发现能量比A+B低1kcal，然后sober老师说是复合物，我也想知道这个结构是不是C-H-O形成了弱3氢键，但是没底

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-18 11:44

jing-quan63 发表于 2020-11-18 11:09
我就这一个结构，发现能量比A+B低1kcal，然后sober老师说是复合物，我也想知道这个结构是不是C-H-O形成了 ...

这个用sob老师贴的链接里的方法就能知道了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)