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标题: 关于 “计算RESP原子电荷的超级懒人脚本”计算过程中的报错信息求助（换用g16正常） [打印本页]
作者Author: 牧生 时间: 2020-11-16 11:07
标题: 关于 “计算RESP原子电荷的超级懒人脚本”计算过程中的报错信息求助（换用g16正常）
本帖最后由 牧生 于 2020-11-16 16:10 编辑
严格按照http://sobereva.com/476的步骤安装了Multiwfn 和g09
运行环境是虚拟机，centos7.7，设置为2核+2G
有如下几个疑问，
问题1：拷出一个wfn文件，使用 Multiwfn C2H2.wfn命令得到如下的图形，我觉得Multiwfn应该就是安装好了的吧？？？
(, 下载次数 Times of downloads: 84)
第二个，将M$建立的SDS.pdb文件和RESP.sh 放在同一个英文名的目录下，（也试过用高斯建立SDS.pdb文件，都是一样的错误。也试过用H2O.pdb进行计算，一样的错误）
[jing@jing Downloads]$ ./RESP.sh SDS.pdb -11
Net charge = -1
Spin multiplicity = 1
Running optimization task via Gaussian...
Running single point task via Gaussian... 问题2： 能看到这些信息，是不是证明g09和Multiwfn的安装都没错啊？？？？？
The task has failed! Exit the script... 但是这里仍然报错了
[jing@jing Downloads]$
第三个：查看gau.out文件的信息
Entering GaussianSystem, Link 0=g09
Initial command:
/home/jing/g09/l1.exe/home/jing/g09/scratch/Gau-11033.inp -scrdir=/home/jing/g09/scratch/
Default is to use a total of 2 processors:
2 viashared-memory
1 via Linda
Entering Link 1 = /home/jing/g09/l1.exePID= 11035.
Copyright (c)1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009, Gaussian, Inc.
All Rights Reserved.
This is part of the Gaussian(R) 09program. It is based on
theGaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
theGaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
theGaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
theGaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
theGaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
theGaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
theGaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system(copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is afederally registered
trademark of Gaussian, Inc.
Thissoftware contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging toGaussian, Inc.
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used, copied, transmitted, or stored only inaccord with that
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and(c) of the Commercial Computer Software - Restricted
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Gaussian, Inc.
340Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
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Warning -- This program may not be used in anymanner that
competes with the business of Gaussian, Inc.or will provide
assistance to any competitor of Gaussian,Inc. The licensee
ofthis program is prohibited from giving any competitor of
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theuser acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software inthe field of
computational chemistry and represents andwarrants to the
licensee that it is not a competitor ofGaussian, Inc. and that
itwill not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
Citethis work as:
Gaussian09, Revision A.01,
M.J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M.A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G.A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A.F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M.Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y.Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J.E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K.N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand,
K.Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M.Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V.Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev,A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R.L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P.Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O.Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
andD. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009.
******************************************
Gaussian 09: IA32L-G09RevA.01 8-May-2009
15-Nov-2020
******************************************
%chk=gau.chk
----------------------------------------------------------------------
#B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ scrf(solvent=water) pop=MK IOp(6/33=2,6/42=6
) geom=allcheck guess=read
----------------------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in theinput line. 问题3： 显然，报错是在这里发生的，但是这个问题，应该如何解决啊
# B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ scrf(solvent=w
'
Last state="GCL"
TCursr= 1177 LCursr= 8
Error termination via Lnk1e in/home/jing/g09/l1.exe at Sun Nov 15 21:37:24 2020.
Jobcpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 5.0 seconds.
Filelengths (MBytes): RWF= 1 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
作者Author: hebrewsnabla 时间: 2020-11-16 15:07
高斯版本太老，不支持D3
作者Author: 牧生 时间: 2020-11-16 16:05
本帖最后由 牧生 于 2020-11-16 16:53 编辑
已经发现了这个问题，改用g16就可以正常计算了。。
计算了一个Multiwfn自带的苯酚.xyz，都正常进行了，几分钟就出结果了。。
但是现在计算用高斯自己画的SDS.pdb, 就半个小时都还在run
[jing@jing Downloads]$ ./RESP.sh SDS.pdb -11
Net charge = -1
Spin multiplicity = 1
Running optimization task via Gaussian...
我觉得对于一个SDS这样的小分子，不至于一个小时还在这一步，但是又不知道哪里有问题，初步觉得是不是画的分子式有啥问题，但是高斯另存的pdb，看图像也没错啊，单键双键都好好的。。
作者Author: sobereva 时间: 2020-11-17 02:25
检查中间正在跑的Gaussian输出文件，看算到什么程度了，是几何优化难收敛，还是虽然收敛过程顺利但单纯因为机子太慢没算完
作者Author: 牧生 时间: 2020-11-17 07:57
本帖最后由 牧生 于 2020-11-17 09:07 编辑
初步觉得是分子式的问题。
因为对于Multiwfn自带的一个苯酚分子，计算也只需要几分钟，
对于Multiwfn自带的C18，也是几分钟就结束。。
但对于自己建立的SDS，过了一夜，还是停留在
Running optimization task via Gaussian...
重新用Avogadro建立了十二烷基三甲基溴化铵的阳离子结构，在高斯，和Multiwfn都看了一下，没有什么怪异的成键
使用./RESP.sh DTAB.xyz 1 1，过了半个小时，还是Running optimization task via Gaussian...
(, 下载次数 Times of downloads: 48)
机子应该并不慢，6149双路，使用了36核计算。。
请帮忙看一下
(, 下载次数 Times of downloads: 3)
作者Author: wzkchem5 时间: 2020-11-17 13:22
原子坐标的单位（bohr/angstrom）设对了吗？
作者Author: 牧生 时间: 2020-11-17 13:48
本帖最后由 牧生 于 2020-11-17 13:57 编辑
我没有刻意设置什么，但是经过验证，有如下结果
①画了不带电的水分子， ./RESP.sh WATER.pdb 0 1 几分钟计算成功
O -0.000000 0.121147 0.000000 -0.8258486819
H 0.754995 -0.484595 -0.000000 0.4132085644
H -0.754995 -0.484585 -0.000000 0.4126401176
②画个不带电的甲苯分子， ./RESP.sh JB.pdb 0 1 几分钟即可计算成功
C -1.195141 -1.211715 0.000015 -0.1189698696
C -1.907719 -0.006944 -0.000032 -0.1733319869
C -1.209320 1.203744 0.000002 -0.1064599028
C 0.190207 1.208641 0.000023 -0.2816786102
C 0.916964 0.008654 -0.000013 0.3178337796
C 0.202020 -1.201198 0.000020 -0.2643228876
C 2.425636 0.003442 -0.000023 -0.4370989623
H -1.731123 -2.164107 0.000078 0.1330893540
H -3.000221 -0.013136 -0.000124 0.1345901760
H -1.755081 2.150498 0.000045 0.1301508340
H 0.727297 2.160931 0.000082 0.1523500433
H 0.749867 -2.147759 0.000026 0.1513466418
H 2.832340 1.025037 0.000039 0.1208337969
H 2.820541 -0.519642 0.886112 0.1208337969
H 2.820507 -0.519563 -0.886206 0.1208337969
此处有个疑问，我如何确定某个碳原子和氢原子是分子式中的对应原子啊？？
经过这两个计算，证明我的操作，和过程是没有问题的。。
③画带负电十二烷基磺酸根， ./RESP.sh SDS.pdb -1 1 经过好几个小时，仍然在
Running optimization task via Gaussian...
中断任务。。
④画带正电的十二烷基季铵根， ./RESP.sh DTAB.pdb 1 1 数个小时后，任然在
Running optimization task via Gaussian...
中断任务。
⑤ 现在正在进行不带电的十二烷基叔胺的计算， ./RESP.sh D.pdb 0 1，等待结果。但是看起来可能还是会很长很长时间。
作者Author: wzkchem5 时间: 2020-11-17 14:16
用gaussview或者类似的可视化软件打开就可以看到原子的对应关系了。
至于高斯一直在跑的原因，建议看一下高斯的输出文件，而不要只看RESP的输出文件
作者Author: 牧生 时间: 2020-11-17 15:03
本帖最后由 牧生 于 2020-11-17 15:20 编辑
你好，请教一下如何进行对应的观察。。
我计算十二烷基叔胺，大概一个小时计算完成了。。叔胺相关的见附件，
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
（此处有疑惑，不带电的十二烷基叔胺，大约一个小时就完成，但是带正电的十二烷基季铵根，却很久很久都无法完成）
那个，对应的原子，是这样进行对应的吗？？
用notepad++打开得到的chg文件，然后左边的行数的编号，就是对应的分子结构式中的编号吗？？？？
(, 下载次数 Times of downloads: 45)
作者Author: wzkchem5 时间: 2020-11-17 16:20
对
我还是说你应该看一下高斯的输出文件，不要光看RESP.sh的输出，不然你永远不可能知道高斯为什么算得慢
作者Author: 牧生 时间: 2020-11-17 16:28
本帖最后由 牧生 于 2020-11-17 16:59 编辑
谢谢。。
主要是，才开始接触高斯，还不太看得懂gau.out的输出。还要再多学习一下，我会先尝试调整核数和内存来查看是否对计算速度有明显影响。
今天下午进行了如下：
①用chemdraw画了十二烷基季铵根，
②再用chem3d进行了能量最小化，将结果另存为pdb，
③使用./RESP.sh DTAB.pdb 1 1 计算现在看起来计算速度比较正常了。输出也是正常的
N -6.126292 -0.068455 -0.002036 0.2618670933
C -6.281324 -0.913766 -1.231671 -0.3559329972
C -7.198163 0.983310 0.002131 -0.4172238248
C -6.284420 -0.927173 1.217907 -0.3556898694
C -4.778218 0.639134 0.003328 -0.1643400395
C -3.553642 -0.261652 0.002035 0.0885203618
C -2.272411 0.578776 0.003899 0.0217035869
C -1.006176 -0.277581 0.003915 0.0327851869
C 0.283539 0.542766 0.003257 0.0648886460
C 1.550522 -0.312763 0.003683 0.0468333101
C 2.844097 0.501922 0.001342 0.0475336801
C 4.109942 -0.355382 0.002142 0.1047815299
C 5.405155 0.456850 -0.001277 0.0136706809
C 6.670232 -0.401458 -0.000138 0.0191645424
C 7.967048 0.409734 -0.004141 0.2038484559
C 9.225060 -0.457484 -0.002757 -0.2469147662
H -5.546584 -1.723974 -1.210644 0.1765604072
H -6.126848 -0.284899 -2.115795 0.1765604072
H -7.293279 -1.333322 -1.239524 0.1765604072
H -8.177208 0.491257 -0.002327 0.1914160435
H -7.085150 1.606088 -0.892028 0.1914160435
H -7.088182 1.595941 0.903604 0.1914160435
H -5.549556 -1.737106 1.189949 0.1764825114
H -7.296348 -1.346938 1.218639 0.1764825114
H -6.132315 -0.307972 2.109285 0.1764825114
H -4.781406 1.289947 -0.881551 0.1198829210
H -4.784493 1.283007 0.893258 0.1198829210
H -3.551980 -0.916909 0.886775 0.0112924401
H -3.551138 -0.913667 -0.885100 0.0112924401
H -2.267786 1.242887 -0.878389 0.0021314843
H -2.268984 1.241270 0.887409 0.0021314843
H -1.016700 -0.943053 0.886107 -0.0139181781
H -1.017082 -0.943566 -0.877889 -0.0139181781
H 0.292189 1.208675 -0.879106 -0.0254274633
H 0.292423 1.209999 0.884615 -0.0254274633
H 1.540252 -0.978549 0.886314 -0.0249735903
H 1.538933 -0.981315 -0.876839 -0.0249735903
H 2.854509 1.167419 -0.881584 -0.0254557495
H 2.855668 1.170827 0.881674 -0.0254557495
H 4.098941 -1.020566 0.885346 -0.0374038816
H 4.097090 -1.024920 -0.877741 -0.0374038816
H 5.416160 1.121722 -0.884752 -0.0235807724
H 5.417844 1.126562 0.878511 -0.0235807724
H 6.659366 -1.066333 0.883590 -0.0157169338
H 6.657314 -1.071704 -0.879772 -0.0157169338
H 7.975364 1.073635 -0.887603 -0.0408143803
H 7.977308 1.079273 0.875035 -0.0408143803
H 10.141347 0.154200 -0.005821 0.0496985814
H 9.259496 -1.107157 0.887946 0.0496985814
H 9.257436 -1.112978 -0.889264 0.0496985814
作者Author: 牧生 时间: 2020-11-17 16:52
还有一个问题需请教下，如果含有双键结构的物质，但是Multiwfn看起来没有双键，这个就是不对的吗？？
比如对苯乙烯磺酸根
(, 下载次数 Times of downloads: 59)
没有显示双键，这个对不对，如果不对，该怎么办
作者Author: wzkchem5 时间: 2020-11-17 17:05
这个是对的，multiwfn不显示键级
键级可以从高斯的输出里读出来，或者用multiwfn单独做键级分析
作者Author: 牧生 时间: 2020-11-17 17:16
非常感谢，近期的问题得以解决。
作者Author: sobereva 时间: 2020-11-18 02:55
“算得慢”这种描述不提供任何有效信息，光关注是快是慢只会把你蒙在鼓里
Gaussian用户都知道，几何优化过程应当监控优化过程，看是否往期望的结构移动、是否出现了震荡之类，免得白算。仔细看此文
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
作者Author: sobereva 时间: 2020-11-18 02:56
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）
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