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标题: top文件中的ga、gd、gb、gi怎么理解 [打印本页]

作者
Author: karme 时间: 2020-11-16 19:13
标题: top文件中的ga、gd、gb、gi怎么理解
我将top文件中全部参数都一个个看过去，有几个疑惑，然后查了google也没找到答案
1.bond中的gb_2是什么意思
2.angle中的ga_10是什么意思
3.ga，gb，gd，gi有什么关联吗
4.同样是dihedrals，为什么会分成两个区域，一个是gd，一个是gi
希望各位大神，可以解答一下，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-17 02:09
gb_2可以理解为GROMOS力场里第2号bond项，具体对应的数值去看力场目录下的ffbonded.itp。a=angle d=dihedral i=improper，在ffbondedi.itp里都有
dihredral是描述二面角的周期势，improper通常是用来维持共轭区域平面性的，用处不同，势函数形式也不同

作者
Author: karme 时间: 2020-11-17 08:44

sobereva 发表于 2020-11-17 02:09
gb_2可以理解为GROMOS力场里第2号bond项，具体对应的数值去看力场目录下的ffbonded.itp。a=angle d=dihedra ...

谢谢老师

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