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标题: 用ONIOM进行QMMM计算时对QM区添加dispersion出错 [打印本页]

作者
Author: sherry3116 时间: 2015-11-6 14:34
标题: 用ONIOM进行QMMM计算时对QM区添加dispersion出错
我试图用高斯的oniom优化一个金属配合物和DNA的相互作用。对于QM区域，因为有弱相互作用，所以希望加上dispersion关键字，但是这样一来就会报l301的错。
输入信息如下：
%chk=test2.chk
%nproc=12
%mem=12GB
#p oniom(PBE1PBE/genecp empiricaldispersion=gd3:amber=Hardfirst) geom=connectivity opt SCRF=(solvent=water)

Title Card Required

-4 1 2 1 2 1
  C-CT--0.006900(PDBName=C5S,ResName=DG,ResNum=4)                0 8.86045015 4.82512912 7.03733107 L
  O-OH--0.631800(PDBName=O5S,ResName=DG,ResNum=4)                0 7.77345015 5.60612912 6.55133107 L
  C-CT-0.162900(PDBName=C4S,ResName=DG,ResNum=4)                0 8.91445015 3.49512912 6.31933107 L
  O-OS--0.369100(PDBName=O4S,ResName=DG,ResNum=4)                0 7.77045015 2.66312912 6.66633107 L
  C-CT-0.071300(PDBName=C3S,ResName=DG,ResNum=4)                0 8.91945015 3.57812912 4.80033107 L
  O-OS--0.523200(PDBName=O3S,ResName=DG,ResNum=4)                0 9.86345015 2.61412912 4.36033107 L
  C-CT--0.085400(PDBName=C2S,ResName=DG,ResNum=4)                0 7.49245015 3.21312912 4.43933107 L
  C-CT-0.035800(PDBName=C1S,ResName=DG,ResNum=4)                0 7.12645015 2.20912912 5.51233107 L
  N-NA--0.505300(PDBName=N1,ResName=DG,ResNum=4)                0 3.19645015 -0.72987088 6.79333107 L
  C-CA-0.743200(PDBName=C2,ResName=DG,ResNum=4)                   0 4.47945015 -1.08287088 6.48733107 L
  N-N2--0.923000(PDBName=N2,ResName=DG,ResNum=4)                0 4.73945015 -2.39187088 6.54333107 L
  N-NC--0.663600(PDBName=N3,ResName=DG,ResNum=4)                0 5.42945015 -0.23887088 6.15933107 L
  C-CB-0.181400(PDBName=C4,ResName=DG,ResNum=4)                   0 4.98745015 1.03712912 6.15933107 L

  ...
  ...
  ...
  H-HC(PDBName=H21B,ResName=UNK,ResNum=1)                0 7.56500000 -4.28800000 0.41700000 H
  H-HC(PDBName=H21C,ResName=UNK,ResNum=1)                0 2.82600000 -7.46300000 1.43200000 H
  H-HC(PDBName=H21C,ResName=UNK,ResNum=1)                0 6.08800000 -4.36600000 -0.10500000 H

1 3 1.0 2 1.0 29 1.0 30 1.0
2 31 1.0
3 4 1.0 5 1.0 28 1.0
  ...
  ...
  ...

340
341
342

HrmStr1 Pt Pt  100.0 1.00
HrmStr1 Pt CB  100.0 1.00
HrmStr1 Pt NC  100.0 1.00
HrmStr1 Pt CY  100.0 1.00
HrmStr1 CB CM  100.0 1.00
HrmStr1 NC CY  100.0 1.00
HrmStr1 NC CT  100.0 1.00
HrmBnd1 Pt Pt CB  100.0 180.00
HrmBnd1 Pt Pt NC  100.0 180.00
HrmBnd1 Pt Pt CY  100.0 180.00
HrmBnd1 Pt CB CM  100.0 180.00
HrmBnd1 Pt CB CB  100.0 180.00
HrmBnd1 Pt NC CB  100.0 180.00
HrmBnd1 Pt NC CA  100.0 180.00
HrmBnd1 Pt CY NC  100.0 180.00
HrmBnd1 CB Pt NC  100.0 180.00
HrmBnd1 CB Pt CY  100.0 180.00
HrmBnd1 CB CM CM  100.0 180.00
HrmBnd1 CB CM HA  100.0 180.00
HrmBnd1 CB CB CM  100.0 180.00
HrmBnd1 CB CB CB  100.0 180.00
HrmBnd1 NC Pt NC  100.0 180.00
HrmBnd1 NC Pt CY  100.0 180.00
HrmBnd1 NC Pt CM  100.0 180.00
HrmBnd1 NC CB CM  100.0 180.00
HrmBnd1 NC CA CA  100.0 180.00
HrmBnd1 NC CA H4  100.0 180.00
HrmBnd1 CM CM CM  100.0 180.00
HrmBnd1 NC CT CT  100.0 180.00
HrmBnd1 CB NC CB  100.0 180.00
HrmBnd1 CM CA HA  100.0 180.00
HrmBnd1 CM CA CA  100.0 180.00
HrmBnd1 CY NC CT  100.0 180.00

C H N -O 0
6-31G*
****
Pt 0
lanL2DZ
****

Pt 0
lanL2DZ

由于体系太大，输入文件中省略了关于坐标和成键的一部分信息。

报错信息如下：
Integral buffers will be 131072 words long.
Raffenetti 1 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
R6DS8: Unable to choose the S8 parameter, IExCor= 0 IXCFnc=  0 ScaHFX=  1.000000 IDFTD=3
Error termination via Lnk1e in /share1/g09/g09d01/l301.exe at Fri Nov  6 14:24:08 2015.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  1.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    96 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

我很困惑到底应该如何在oniom中加入dispersion关键字？多谢指教。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-6 15:29
你就直接用本身自带色散校正的泛函，诸如wB97XD、B97D，或者用M062X这样本身描述色散作用好的泛函，这样绝对没问题。

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-6 18:42

sobereva 发表于 2015-11-6 15:29
你就直接用本身自带色散校正的泛函，诸如wB97XD、B97D，或者用M062X这样本身描述色散作用好的泛函，这样绝 ...

请假sob老师，我用oniom计算分层时层与层之间没有链接原子，输入文件是oniom=embedcharge，我计算能量的应该怎么算

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-6 19:34

那年·时光飞发表于 2015-11-6 18:42
请假sob老师，我用oniom计算分层时层与层之间没有链接原子，输入文件是oniom=embedcharge，我计算能量的 ...

如果你在gv里，原子之间都有键连着，直接保存出来的输入文件里那些成键原子间应该有链接信息。

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-6 20:36

sobereva 发表于 2015-11-6 19:34
如果你在gv里，原子之间都有键连着，直接保存出来的输入文件里那些成键原子间应该有链接信息。

我分层是分三层，比如:内层是两个分子，中层是两个分子，外层是一个分子，这样分子之间是不存在链接原子的，我不知道在输入文件中写oniom=embedcharge 对不对

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-6 21:34
这你就不用管链接原子了。这根写不写embedcharge完全没关系。

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-7 15:06

sobereva 发表于 2015-11-6 21:34
这你就不用管链接原子了。这根写不写embedcharge完全没关系。

sob老师，我是自己摸索的oniom，有很多不懂的地方，在写输入文件的时候，不写oniom=ebedcharge，直接是101错误，加上的话还能算出来，但是我不知道这个embedcharge加上有什么影响，会不会影响到计算的结果

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-7 15:30

那年·时光飞发表于 2015-11-7 15:06
sob老师，我是自己摸索的oniom，有很多不懂的地方，在写输入文件的时候，不写oniom=ebedcharge，直接是10 ...

应该看具体错误提示判断。

embedcharge这只不过是让程序使用电子嵌入方法，也就是允许MM区域的原子电荷极化QM部分，使描述更合理。

作者
Author: planet5460 时间: 2015-11-7 20:26
貌似你后面的配体没有电荷，建议你先用antechamber处理小分子配体，gaussian里面的amber力场也比较旧，自己添加吧

作者
Author: sherry3116 时间: 2015-11-8 14:13

sobereva 发表于 2015-11-6 15:29
你就直接用本身自带色散校正的泛函，诸如wB97XD、B97D，或者用M062X这样本身描述色散作用好的泛函，这样绝 ...

多谢回复。我测试了一下B97D和M062X，感觉和PBE0+G3比起来，高估了弱相互作用，和实验结果相比，还是偏差有些大，不知道还有没有可以取代PBE0+G3的泛函。

作者
Author: sherry3116 时间: 2015-11-8 14:16

planet5460 发表于 2015-11-7 20:26
貌似你后面的配体没有电荷，建议你先用antechamber处理小分子配体，gaussian里面的amber力场也比较旧，自己 ...

配体是用QM处理的，没有加电荷应该没有关系吧。根据我的其它作业的经验，不对QM区域加电荷应该不会影响结果的。我的MM区域是DNA，amber力场应该是现成的，不需要另行添加。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-8 15:45

sherry3116 发表于 2015-11-8 14:13
多谢回复。我测试了一下B97D和M062X，感觉和PBE0+G3比起来，高估了弱相互作用，和实验结果相比，还是偏差 ...

PBE0本身没法描述色散作用。
G3不知道你具体指什么，热力学组合方法原理上是没法混合进ONIOM来用的。

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-8 16:19

sobereva 发表于 2015-11-7 15:30
应该看具体错误提示判断。

embedcharge这只不过是让程序使用电子嵌入方法，也就是允许MM区域的原子 ...

如果不加embedcharge的话，直接是101错误，输入文件的问题，我觉得是我分层没有链接原子，但是加入embedcharge就能继续往下算，有时候构型好的话还能normal，愈加不理解为什么会出现这种问题了，麻烦sob老师了，非常感谢

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-8 16:24

sobereva 发表于 2015-11-7 15:30
应该看具体错误提示判断。

embedcharge这只不过是让程序使用电子嵌入方法，也就是允许MM区域的原子 ...

sob老师您那有关于oniom分层，没有链接原子的输入文件吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-8 19:46

那年·时光飞发表于 2015-11-8 16:24
sob老师您那有关于oniom分层，没有链接原子的输入文件吗？

自己弄一个就行了。没有连接原子的话两层之间肯定得是非共价相互作用，比如你算个分子包在几个水分子中央，水用低层，溶质分子用高层。

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-9 18:17

sobereva 发表于 2015-11-8 19:46
自己弄一个就行了。没有连接原子的话两层之间肯定得是非共价相互作用，比如你算个分子包在几个水分子中 ...

谢谢sob老师

作者
Author: laoman 时间: 2018-7-26 17:56

那年·时光飞发表于 2015-11-8 16:19
如果不加embedcharge的话，直接是101错误，输入文件的问题，我觉得是我分层没有链接原子，但是加入embedc ...

G09 manual上推荐的就是先用mechanical embeding优化了再继续用electronic embeding（额外关键词embedcharge）优化。

作者
Author: laoman 时间: 2018-7-30 04:00
本帖最后由 laoman 于 2018-7-30 04:23 编辑

sobereva 发表于 2015-11-6 15:29
你就直接用本身自带色散校正的泛函，诸如wB97XD、B97D，或者用M062X这样本身描述色散作用好的泛函，这样绝 ...

我今天算单点能的时候也遇到类似的问题了，但我的geometry和freq是用b3lyp算的，换一个自带色散校正的泛函来算单点的话感觉不大妥（看到一些文献说的就是b3lyp优化的geometry，b3lyp+D3算的SP）。

一开始试的下面这个链接提供了加external关键词的方法：
https://www.researchgate.net/pos ... rsiongd3_Gaussian09
然而怎么试都不成功。(提示缺少中间的什么xch文件，还有QM区域的中间文件（Gau-job.EIn）根本就吓死人，键长全都被放大了好几倍）

后来才想起那个TAO工具有个oniomresp的命令可以提取带有link原子的QM区域，拿出来用DFT（#p b3lyp/genecp int=ultrafine nosymm scf(novaracc,noincfock)
Integral=(Acc2e=12)）算了一下，不加D3的SP和原来ONIOM SP（#p oniom(b3lyp/genecp:amber=hardfirst) int=ultrafine nosymm
scf(novaracc,noincfock) Integral=(Acc2e=12) geom=connectivity）的model energy是一样的（小数点第八位才不同）。感觉可以拿这个提取出来的QM区做一个加了色散校正的SP计算，得到的能量替换没有校正的ONIOM model能量再去推算总的ONIOM energy，似乎就搞定了往ONIOM的QM区域加色散校正的问题。

说了那么多废话，要是一开始就用的M062X之类的泛函做优化就不用那么麻烦了。。。

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