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标题: OpenMPI 3.1.3和ORCA4.1.0安装求助 [打印本页]

作者
Author: 不去重蹈 时间: 2020-11-16 22:19
标题: OpenMPI 3.1.3和ORCA4.1.0安装求助
背景：在18.04.1-Ubuntu系统里，按照sobereva老师在http://sobereva.com/451上的教程安装ORCA4.1版本

结果：在安装openmpi时出现问题
解压后，用以下命令
./configure --prefix=/home/nbm/openmpi313 --disable-builtin-atomics
下面是部分结果

Open MPI configuration:
-----------------------
Version: 3.1.3
Build MPI C bindings: yes
Build MPI C++ bindings (deprecated): no
Build MPI Fortran bindings: mpif.h, use mpi, use mpi_f08
MPI Build Java bindings (experimental): no
Build Open SHMEM support: yes
Debug build: no
Platform file: (none)

Miscellaneous
-----------------------
CUDA support: no
PMIx support: internal

Transports
-----------------------
Cisco usNIC: no
Cray uGNI (Gemini/Aries): no
Intel Omnipath (PSM2): no
Intel SCIF: no
Intel TrueScale (PSM): no
Mellanox MXM: no
Open UCX: no
OpenFabrics Libfabric: no
OpenFabrics Verbs: no
Portals4: no
Shared memory/copy in+copy out: yes
Shared memory/Linux CMA: yes
Shared memory/Linux KNEM: no
Shared memory/XPMEM: no
TCP: yes

Resource Managers
-----------------------
Cray Alps: no
Grid Engine: no
LSF: no
Moab: no
Slurm: yes
ssh/rsh: yes
Torque: no

OMPIO File Systems
-----------------------
Generic Unix FS: yes
Lustre: no
PVFS2/OrangeFS: no

再用以下命令
make all install -j

完成以上步骤后设置环境变量
export PATH=/home/nbm/openmpi313/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/nbm/openmpi313/lib:$LD_LIBRARY_PATH

用mpiexec -V查看版本
mpiexec (OpenRTE) 2.1.1 这个版本没有设置环境变量，也不能注释掉

再安装ORCA

尝试运行，几分钟后报错
/home/nbm/orca410/orca_gtoint_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory

提示没有libmpi.so.40,但是在路径中能找到/home/nbm/4.2.1/openmpi-3.1.4/ompi/.libs/libmpi.so.40

疑问：
1、openmpi怎样才能安装成功？
2、像这中判定、“Build MPI C++ bindings (deprecated): no”有影响吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-16 22:30
调用orca的时候没有用完整的orca路径吧

作者
Author: biogon 时间: 2020-11-16 22:39
先把openmpi2.1.1搞掉

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-11-16 22:40
你确定make那一步是成功的吗，没有报错？

作者
Author: abin 时间: 2020-11-16 23:10
openMPI 3.1.3 ? or openMPI 3.1.4?

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-17 01:45
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“OpenMPI 3.1.3和ORCA4.1.0安装”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-17 01:48
which mpirexec看当前的2.1.1在什么目录，搞掉。并且echo $LD_LIBRARY_PATH检查新装的OpenMPI 3.1.3的路径到底有没有成功加入到环境变量里

作者
Author: monk1077 时间: 2020-11-17 08:27
把源里的卸掉

作者
Author: 不去重蹈 时间: 2020-11-17 15:30

sobereva 发表于 2020-11-17 01:48
which mpirexec看当前的2.1.1在什么目录，搞掉。并且echo $LD_LIBRARY_PATH检查新装的OpenMPI 3.1.3的路径 ...

谢谢老师的提醒，标题以后会明确此贴的内容
echo $LD_LIBRARY_PATH
/home/nbm/openmpi313/lib:/home/nbm/g16/bsd:/home/nbm/g16:/home/nbm/gv/lib:/home/nbm/orca410
应该是加到环境变量里了。
which mpiexec
/usr/bin/mpiexec
根据路径找到文件，备份后删除mpiexec
将OpenMPI 3.1.3压缩包重新解压再安装
./configure --prefix=/home/nbm/openmpi313 --disable-builtin-atomics
make
sudo make all install
‘不加sudo,会显示没有权限删除某个文件’
完成安装后 mpiexec -V
mpiexec (OpenRTE) 3.1.3

作者
Author: 不去重蹈 时间: 2020-11-17 15:33

abin 发表于 2020-11-16 23:10
openMPI 3.1.3 ? or openMPI 3.1.4?

先安装的openMPI 3.1.4 没成功，才装的openMPI 3.1.3，现在已经搞定了，谢谢！！！

作者
Author: 不去重蹈 时间: 2020-11-17 16:01

wzkchem5 发表于 2020-11-16 22:30
调用orca的时候没有用完整的orca路径吧

谢谢您的解答，在环境变量里添加
alias orca=/home/nbm/orca410/orca
调用ORCA即可不输入完整路径

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-17 17:03

不去重蹈发表于 2020-11-17 16:01
谢谢您的解答，在环境变量里添加
alias orca=/home/nbm/orca410/orca
调用ORCA即可不输入完整路径

哦哦看错了，我看成orca_gtoint_mpi自己报错了

作者
Author: lao7 时间: 2020-11-25 10:02
能有orca逐个批量计算的脚本就好了。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-25 10:37
本帖最后由喵星大佬于 2020-11-25 10:46 编辑

lao7 发表于 2020-11-25 10:02
能有orca逐个批量计算的脚本就好了。

好办
先设置一个位置放脚本

mkdir (脚本存放目录)
echo -e 'export PATH=$PATH:(脚本存放目录)' > /etc/profile.d/scripts.sh

复制代码

然后在这里面新建一个脚本

touch (脚本存放位置)/runallorca.sh
echo -e '#!/bin/bash\nexport PATH=$PATH:(openmpi目录)/bin\nexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:(openmpi目录)/lib\nexport PATH=$PATH:(orca目录)\nexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:(orca目录)\nicc=0\nnfile=`ls ./*.inp|wc -l`\nfor inf in *.inp\ndo\n ((icc++))\n echo Running ${inf} ... $$icc of $nfile$\n time (orca目录)/orca ${inf} > ${inf//inp/out}\n echo ${inf} is finished\n echo\ndone\n\nfor inf in *.gbw\ndo\n orca_2mkl ${inf//.gbw/} -molden\ndone' > (脚本存放位置)/runallorca.sh
chmod +x (脚本存放位置)/runallorca.sh

复制代码

上免得所有命令在将括号中中文内容替换为相应路径，直接复制进去就可以产生相应脚本不需要再在其他地方设置orca相关环境变量，用的时候会自己设置
以后把需要运行的orca输入文件放到一个目录，比如叫/home/xxx/orca/run

然后cd到相应目录，然后输入runallorca.sh 就会直接一次运行每一个并将gbw转换为molden文件

作者
Author: lao7 时间: 2020-11-25 14:12

喵星大佬发表于 2020-11-25 10:37
好办
先设置一个位置放脚本

谢谢！echo -e 'export PATH=$PATH:(脚本存放目录)' > /etc/profile.d/scripts.sh这句话是写在哪里？.bashrc上吗？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-25 14:42

lao7 发表于 2020-11-25 14:12
谢谢！echo -e 'export PATH=$PATH:(脚本存放目录)' > /etc/profile.d/scripts.sh这句话是写在哪里？.b ...

就在你的终端里啊
你在记事本里把我给的这串修改好，直接一次头复制粘贴在ssh或者终端里就好了

作者
Author: lao7 时间: 2020-11-25 18:01

喵星大佬发表于 2020-11-25 14:42
就在你的终端里啊
你在记事本里把我给的这串修改好，直接一次头复制粘贴在ssh或者终端里就好了

复制这一段：
echo -e '#!/bin/bash\nexport PATH=$PATH:(openmpi目录)/bin\nexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:(openmpi目录)/lib\nexport PATH=$PATH:(orca目录)\nexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:(orca目录)\nicc=0\nnfile=`ls ./*.inp|wc -l`\nfor inf in *.inp\ndo\n ((icc++))\n echo Running ${inf} ... $$icc of $nfile$\n time (orca目录)/orca ${inf} > ${inf//inp/out}\n echo ${inf} is finished\n echo\ndone\n\nfor inf in *.gbw\ndo\n orca_2mkl ${inf//.gbw/} -molden\ndone' > (脚本存放位置)/runallorca.sh

咋看着这么毫无规律，没有断句或者重启一行吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-25 19:40

lao7 发表于 2020-11-25 18:01
复制这一段：
echo -e '#!/bin/bash\nexport PATH=$PATH:(openmpi目录)/bin\nexport LD_LIBRARY_PATH=$L ...

\n就是断句

作者
Author: lao7 时间: 2020-11-25 20:27

wzkchem5 发表于 2020-11-25 19:40
\n就是断句

能否请您把脚本以附件形式发出来？我觉得这里面还有很多空格，不正常。谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-25 20:44

lao7 发表于 2020-11-25 20:27
能否请您把脚本以附件形式发出来？我觉得这里面还有很多空格，不正常。谢谢！

这个脚本是没有任何问题的，其中连续的空格不是必需的，也可以省略。
你只要知道\n的意思，又知道echo的意思，就能理解为什么会有那些空格了。

作者
Author: lao7 时间: 2020-11-26 16:12

wzkchem5 发表于 2020-11-25 20:44
这个脚本是没有任何问题的，其中连续的空格不是必需的，也可以省略。
你只要知道\n的意思，又知道echo的 ...

谢谢！已经在用了，很好用，效率很高。不用每天来办公室探头探脑的，可以安心睡大觉了。真的十分感激朋友们的多次帮助！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-26 17:11

lao7 发表于 2020-11-26 16:12
谢谢！已经在用了，很好用，效率很高。不用每天来办公室探头探脑的，可以安心睡大觉了。真的十分感激朋友 ...

能摸鱼了当然是坠吼的

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