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标题: gromacs下有四种力场，那么这些力场可以相互转化吗？ [打印本页]

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-11-16 23:18
标题: gromacs下有四种力场，那么这些力场可以相互转化吗？
1.我看到文献，比如他的这个分子使用charmm力场建立的，但是呢，在键角或者键长没有对应的参数，然后从基于gromos力场的文章中引用了参数，我想请教一下，这些力场可以相互转化吗？
2.在文章中pairs是一种怎么样的作用？有时候在top里面有pairs，就会出现很多问题，去点后就没问题了？再算小分子与大分子之间的相互作用，以及小分子对大分子的结构的影响，需要考虑小分子的分子内1,4相互作用吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-17 01:56
1 这种做法莫名其妙，一般情况不要效仿

2 就是指定对哪些原子间计算1-4作用。合理的1-4项去掉了才没问题说明之前的力场参数、电荷等方面就有问题，或者mdp设置不当。显然1-4作用是要考虑的，各种常见力场都是明确考虑1-4作用的，而且和扭转项、原子电荷往往都存在耦合关系，去掉了1-4作用会造成明显不合理。

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-11-18 00:18

sobereva 发表于 2020-11-17 01:56
1 这种做法莫名其妙，一般情况不要效仿

2 就是指定对哪些原子间计算1-4作用。合理的1-4项去掉了才没问题 ...

谢谢老师的回复。
1.也就是说不同的力场之间一般不可以转化吗？
2.老师我还有一点不太明白，这里思路不太清晰，就是由的力场里面的的ffnobond.itp里面有的有非键参数和pairstype，有的只有pairstype，有的都没有，只要forcefield.itp里面gen-pairs为yes就会算分子内的1,4相互作用，还是你的top里面有pairs项就会算？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-18 02:19

努力向上的boy 发表于 2020-11-18 00:18
谢谢老师的回复。
1.也就是说不同的力场之间一般不可以转化吗？
2.老师我还有一点不太明白，这里思路不 ...

1 “转化”指代不明，应当说具体借用什么参数

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2 top里[pairs]里定义的才考虑1-4作用，否则不计算

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作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-11-18 09:05

sobereva 发表于 2020-11-18 02:19
1 “转化”指代不明，应当说具体借用什么参数

谢谢老师的解答。

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