计算化学公社

标题: 一篇从能量角度衡量几何优化误差的文章 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-17 06:14
标题: 一篇从能量角度衡量几何优化误差的文章
Quantifying and Understanding Errors in Molecular Geometries
Stefan Vuckovic and Kieron Burke*
J. Phys. Chem. Lett. 2020, 11, 9957−9964
https://dx.doi.org/10.1021/acs.jpclett.0c03034
(, 下载次数 Times of downloads: 76)

此文定义了GEO指数来从能量角度衡量结构计算误差，并测试了用于有机小分子的情况。
GFN1-xTB是所有半经验方法里精度最好的，甚至超过BLYP，但不如TPSS。可惜此文没测GFN2-xTB。作者鼓励用GFN1-xTB作为预优化用途
纯泛函里TPSS表现最佳，BLYP很烂，PBE一般。可惜没测B97-3c
B3LYP是普通泛函里表现拔尖的，wB97XD和PBE0比之差一些但也都还不错。可惜没测M06-2X
B2PLYP精度比最好的杂化泛函明显更好，且显著强于MP2，可以作为对有机类体系次一点的金标准

注意此文测试的都是小分子，并不代表对可选转键较多的柔性分子诸如瑞德西韦那样的体系有同样结论。

越低越好：
(, 下载次数 Times of downloads: 70)

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-17 06:41
上面那个图表明用MP2优化结构确实8太行

作者
Author: biogon 时间: 2020-11-17 08:59
MP2真是干啥啥不行

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-17 13:08

biogon 发表于 2020-11-17 08:59
MP2真是干啥啥不行

算核磁还可以

作者
Author: granvia 时间: 2020-11-17 21:06
有种测试一下含过渡金属和稀土金属的体系

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-17 21:36

granvia 发表于 2020-11-17 21:06
有种测试一下含过渡金属和稀土金属的体系

这时候就变成，参考方法怎么选的问题了。。。

总不至于都靠MRCI来优化吧

作者
Author: chrinide 时间: 2020-11-17 22:02
如果我老眼没昏花的话，这个图的结果来自只有14个分子的测试集，这样本量太小，从统计学的角度看，这是相当滴不合理。图样图森破

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-17 22:29

chrinide 发表于 2020-11-17 22:02
如果我老眼没昏花的话，这个图的结果来自只有14个分子的测试集，这样本量太小，从统计学的角度看，这是相当 ...

你没老眼昏花，再大的话CCSD(T)就优化不动了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-18 02:23
另外，MP2算超极化率目前还是被很多人视为比DFT高一档的标准，有点类似于CC2相对于TDDFT算激发态的感觉

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-18 10:56

喵星大佬发表于 2020-11-17 22:29
你没老眼昏花，再大的话CCSD(T)就优化不动了

用DLPNO的话还可以续一续

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2020-11-18 11:00

sobereva 发表于 2020-11-18 02:23
另外，MP2算超极化率目前还是被很多人视为比DFT高一档的标准，有点类似于CC2相对于TDDFT算激发态的感觉

借楼请教sob老师，很多人在用Amoeba可极化力场时，在量化级别计算原子极化率大多数时候会采用MP2/带弥散的基组是出于这个原因吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-19 05:30

让你变成回忆发表于 2020-11-18 11:00
借楼请教sob老师，很多人在用Amoeba可极化力场时，在量化级别计算原子极化率大多数时候会采用MP2/带弥散 ...

算极化率基组肯定是要带弥散函数的
算极化率比MP2更好的泛函并不少，MP2只是比较传统思维而已。搞力场的人用的量化方法在一线搞量化的人眼里看来往往是过于守旧或者完全过时的。
一些测试
132个小分子极化率计算横测：PCCP, 20, 19800 (2018)
46个分子偶极矩和极化率横测：JPCA, 118, 3678 (2014)

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2020-11-19 08:36

sobereva 发表于 2020-11-19 05:30
算极化率基组肯定是要带弥散函数的
算极化率比MP2更好的泛函并不少，MP2只是比较传统思维而已。搞力场的 ...

嗯嗯，谢谢sob老师回复

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-11-19 10:04

让你变成回忆发表于 2020-11-18 11:00
借楼请教sob老师，很多人在用Amoeba可极化力场时，在量化级别计算原子极化率大多数时候会采用MP2/带弥散 ...

那是因为AMOEBA教程里是这么写的……你想换一个也行

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