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标题: 求助：orca优化金属离子簇+有机分子 配合物，结构变化奇怪 [打印本页]
作者Author: qmlearner 时间: 2020-11-17 10:52
标题: 求助：orca优化金属离子簇+有机分子 配合物，结构变化奇怪
本帖最后由 qmlearner 于 2020-11-17 11:01 编辑
体系是一个带12个正电荷的过渡金属离子簇和一个带2个负电荷的有机阴离子的配合物。结构是直接从晶体里面切出来的。优化参数如下：溶剂模型是用的甲酸和DMF的混合溶剂（按体积比1:9混合），阴离子部分加了弥散，辅助基组用autoaux。
! PBE0 D3 def2-SVP autoaux RIJCOSX grid4 gridx4 noautostart miniprint nopop OPT
%maxcore 2000
%pal nprocs 28 end
%cpcm
epsilon 39.58
refrac 1.33
end
* xyz 10 1
Zr 6.60728000 9.09774000 8.71357000
O 7.58171000 10.48100000 10.03170000
Zr 8.71880000 6.60687000 9.10215000
O 10.03570000 7.58619000 10.48310000
Zr 9.10261000 8.71419000 6.60652000
O 10.48180000 10.03510000 7.58307000
Zr 11.22620000 8.73428000 9.11736000
O 10.26400000 7.33665000 7.78896000
Zr 9.11471000 11.22550000 8.72957000
O 7.78749000 10.25870000 7.33408000
Zr 8.73054000 9.11834000 11.22480000
O 7.33702000 7.78711000 10.26060000
O 7.56798000 7.56219000 7.56470000
O 10.27800000 10.28210000 10.27890000
H 10.56650000 6.95506000 11.22590000
H 6.92827000 6.92045000 6.92361000
H 11.22440000 10.56570000 6.95155000
H 6.94902000 11.22350000 10.56140000
O 8.55088000 7.32616000 12.54190000 newgto "ma-def2-svp" end
C 8.44378000 6.11609000 12.23650000 newgto "ma-def2-svp" end
C 8.27141000 5.11878000 13.37010000 newgto "ma-def2-svp" end
H 8.22041000 4.06512000 13.09500000 newgto "ma-def2-svp" end
O 7.96877000 3.22229000 15.49750000 newgto "ma-def2-svp" end
C 7.97698000 4.43944000 15.79340000 newgto "ma-def2-svp" end
C 8.16822000 5.43540000 14.66160000 newgto "ma-def2-svp" end
H 8.21466000 6.48939000 14.93630000 newgto "ma-def2-svp" end
O 7.84202000 4.95110000 16.93120000 newgto "ma-def2-svp" end
O 8.45903000 5.61301000 11.08700000 newgto "ma-def2-svp" end
*
默认优化步数内收敛了，但是金属离子簇的结构和有机分子的结构都不合理了：离子簇变形，有机分子一端的COO-严重变形。如下图 1.jpg：
还有另一个类似的体系，只是有机分子不一样，默认步数内没收敛，出来的结构也不合理：离子簇变形，有机分子中本来H应该在O1上，优化后跑到了O2上。如下图 2.jpg：
麻烦各位朋友帮忙看看，有没有啥建议呢，谢谢！
作者Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-17 11:09
结构显然不能这么整
12个正电荷也太离谱了
这个簇外外面本来肯定有东西的
作者Author: qmlearner 时间: 2020-11-17 11:33
本帖最后由 qmlearner 于 2020-11-17 13:50 编辑
晶体里面这个簇外面是12个相同的有机阴离子，阴离子的另一端又接另一个离子簇。这个计算的研究目的就是要看这两种有机配体跟离子簇反应的难易。我开始想的是放一个配体，做个离子簇-配体距离的扫描，再做一下其他的波函数分析。
在甲酸+DMF的混合溶剂中这两种有机分子配体都带2个负电荷，即使离子簇周围放12个配体，整个模型还是带12个负电荷。感觉还是不太行。关于建模方面老师您有什么建议么？
或者我能否这样设计模型：其中11个配体，把他们远离离子簇的那一端的羧基换成甲基，这样整个体系就带1个负电荷。
作者Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-17 11:48
这就是个MOF咯
MOF的话不建议用团簇哦，描述不好，头尾不能兼顾
有VASP版权可以用VASP扣个元胞，各种分析有VASPKIT/p4vasp这些
没有可以用QE，自己有pp.x可以做些分析
作者Author: qmlearner 时间: 2020-11-17 11:57
是MOF。实验那边合作者说他们实验上其中一个配体跟离子簇的反应能垒比另一个高。用vasp的话怎么考察配体和离子簇反应的难易呢？怎么体现反应这个过程，可以做哪些分析呢？
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