计算化学公社

标题: 请问不同力场的选择对同一个实验的影响 [打印本页]

作者
Author: karme 时间: 2020-11-17 13:23
标题: 请问不同力场的选择对同一个实验的影响
我看的是gromacs的教程，看到蛋白质配体复合物那里，他用的是GROMOS96 43A1联合原子力场，然后用PRODRG网站上传文件，得到gro和itp文件
1.我试了试和他一样用prodrg上传配体坐标，上床了96个原子，C40H56，为什么得到的gro和itp文件中只有40个C原子，H全部都不在
2.后来我看到别人去模拟教程这样做，但是用的是最新的charmm36力场，我想问问这两个力场都是可以用于蛋白的，那对最终的结果影响大吗。哪一个力场会更好呢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-18 02:05
43A1早过时了，距今都20多年了，用这个就算实际结果还不错，也是等着被审稿人批

PRODRG早已过时，对于GROMOS力场应当用ATB，仔细看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

搞清楚什么叫联合原子力场

用新得多得多的CHARMM36对蛋白描述得明显更好。建议用17年提出的最新的CHARMM36m，或者有现成GROMACS力场包的AMBER14SB

PS：别看那么老的教程了，只会让你走弯路...
明年1月的下一届北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里我会系统性地讲授蛋白质和蛋白-配体复合物体系该怎么合理地做模拟

作者
Author: karme 时间: 2020-11-18 08:52

sobereva 发表于 2020-11-18 02:05
43A1早过时了，距今都20多年了，用这个就算实际结果还不错，也是等着被审稿人批

PRODRG早已过时，对于GR ...

谢谢老师，我也想去培训班，希望能抢到机会

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