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标题: 含过渡金属大分子体系结构优化求助 [打印本页]

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Author: hdhxx123 时间: 2020-11-17 15:05
标题: 含过渡金属大分子体系结构优化求助
分子共126个原子，含过渡金属，Cs点群对称性，用ORCA计算不收敛，inp和log文件在附件中，看了Sob老师的博文想用gaussian先进行结构优化[attach]30264[/attach] ，但是不知道是选择PM6-D3半经验方法优化还是应该用b3lyp def2sv(p)的DFT优化，只有4核3.9GHz，目的也只是给ORCA做初猜让ORCA能够收敛，想向大家请教一下该怎么办，有没有什么其他办法能让ORCA收敛还是有推荐的高斯优化方案都可以，谢谢大家！

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Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-17 15:30
本帖最后由喵星大佬于 2020-11-17 15:33 编辑

硝酸根变成角锥然后N配位在Sc上？？？？

我化学学得不好，不过这个结构要是能收敛可是真的奇了怪了
然后B97-3c不要写RI和AUTOAUX，自动会用RI和对应的辅助基组

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Author: hdhxx123 时间: 2020-11-17 15:34

喵星大佬发表于 2020-11-17 15:30
硝酸根变成角锥然后N配位在Sc上？？？？

我化学学得不好

对不起dalao我画错了

应该是O配位，角锥结构是因为想凑Cs点群

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Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-17 15:37

hdhxx123 发表于 2020-11-17 15:34
对不起dalao我画错了应该是O配位，角锥结构是因为想凑Cs点群

结构都没画对考虑对称性干啥

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Author: hdhxx123 时间: 2020-11-17 15:44

喵星大佬发表于 2020-11-17 15:37
结构都没画对考虑对称性干啥

对不起dalao我现在改一下结构再算，还想问您一个基础的问题，就是如果算NO3-结构的话电荷和自旋多重度怎么写才能代表是阴离子而不是阳离子

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Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-17 15:47

hdhxx123 发表于 2020-11-17 15:44
对不起dalao我现在改一下结构再算，还想问您一个基础的问题，就是如果算NO3-结构的话电荷和自旋多重度怎 ...

只需要考虑整体的电荷和自旋，你又不是要做约束性DFT，何况ORCA也做不了CDFT

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Author: hdhxx123 时间: 2020-11-17 16:01

喵星大佬发表于 2020-11-17 15:47
只需要考虑整体的电荷和自旋，你又不是要做约束性DFT，何况ORCA也做不了CDFT

dalao，因为我后边想计算这个结构跟稀土元素结合的情况，如果我用B97-3c然后给Sc单独加SDD贋式基组可以吗，还是说用B97-c本身自带的贋式就够计算Sc和其他稀土元素了

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-17 16:05

hdhxx123 发表于 2020-11-17 16:01
dalao，因为我后边想计算这个结构跟稀土元素结合的情况，如果我用B97-3c然后给Sc单独加SDD贋式基组可以吗 ...

B97-3c已经指定基组了，就是修改过的tzvp，再指定基组就是莫名其妙了。

不需要加赝势，B97-3c指定的Sc是全电子基组

作者
Author: hdhxx123 时间: 2020-11-17 17:15

喵星大佬发表于 2020-11-17 16:05
B97-3c已经指定基组了，就是修改过的tzvp，再指定基组就是莫名其妙了。

不需要加赝势，B97-3c指定的Sc ...

谢谢dalao，加了slowconv和
%scf
DirectResetFreq=1
end
之后成功收敛了，感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-18 02:14
“PM6-D3半经验方法优化”根本连想都不用想
这个体系又没多大，根本轮不到半经验，就算用半经验层面的方法预优化，也不是用PM6/7的场合，该用的是GFN2-xTB

作者
Author: hdhxx123 时间: 2020-11-18 20:40

sobereva 发表于 2020-11-18 02:14
“PM6-D3半经验方法优化”根本连想都不用想
这个体系又没多大，根本轮不到半经验，就算用半经验层面的方法 ...

好的，谢谢Sob老师指导，我今天用ORCA-B97-3c优化Cs点群结构（200个原子）发现优化了九个小时，猜想应该是ORCA没有对称优化速度，不知道有没有几何优化的加速方法，我先学着试试您说的GFN2-xTB优化

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-18 21:07

hdhxx123 发表于 2020-11-18 20:40
好的，谢谢Sob老师指导，我今天用ORCA-B97-3c优化Cs点群结构（200个原子）发现优化了九个小时，猜想应该 ...

优化为啥要考虑对称性。。。。。那么长的柔性链优化时间长点也很正常

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-18 21:11

hdhxx123 发表于 2020-11-18 20:40
好的，谢谢Sob老师指导，我今天用ORCA-B97-3c优化Cs点群结构（200个原子）发现优化了九个小时，猜想应该 ...

9个小时优化这么大体系已经算够快的了
对称性没那么重要，别总是想着提高体系对称性加快计算速度，有的时候对于本来能摆成高对称性的分子，反而要故意扭转一下，变成没有对称性的分子来优化，以此减少优化后的结构有虚频的概率

作者
Author: hdhxx123 时间: 2020-11-18 21:26
哦哦是我想岔了，我以为ORCA里面加快几何优化速度的最好方法就是初始结构对称性高，dalao们这么说我就放心了，谢谢大佬们的解答

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-19 05:46

hdhxx123 发表于 2020-11-18 21:26
哦哦是我想岔了，我以为ORCA里面加快几何优化速度的最好方法就是初始结构对称性高，dalao们这么说我就放心 ...

ORCA根本就不能像Gaussian一样通过对称性加速计算，做这种事是多余的。至多是对于确实有对称性的体系可能优化达到收敛的步数少一点。

作者
Author: hdhxx123 时间: 2020-11-19 07:48
明白了，谢谢社长

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