计算化学公社

标题: 下载了gamess的代码，好难读懂啊 [打印本页]

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-6 20:45
标题: 下载了gamess的代码，好难读懂啊
市场上就只有那本handbook of computational quantum chemistry是描写编程的，听说国内的自主开发的代码基本都是加注到gamess中去编译的，心血来潮去下载了gamess的代码，结果发现量化的代码的确比分子动力学的代码复杂多了，注释还不多，我也有点FORTRAN基础，但是对gamess的代码完全看不懂，再次觉得编程果然是一个累死人的活，吐槽下。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-6 21:32
量化编程和分子动力学编程难度不是一个次元的，即便是编最简单的多原子分子的HF/6-31G*计算的程序也很不容易。而分子动力学稍有一点基础就能写出最基本的模拟代码。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-6 21:41

sobereva 发表于 2015-11-6 21:32
量化编程和分子动力学编程难度不是一个次元的，即便是编最简单的多原子分子的HF/6-31G*计算的程序也很不容 ...

那样的说，现在貌似好多模拟的硕士博士都不算合格啊，大家都是用软件，自己会编程的的确不多。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-11-6 22:08
是啊，我记得一个老师曾经说过，硕士生最好还是多学习学习编程，终端还有高斯计算什么的让博士生完成（当然他默认该博士生的硕士阶段编程已经学习的很好了），所以他让组里的电脑一水的Linux系统。不会用Linux？自己想办法吧，反正你是不能换系统。而我的组里很多的同学只是在那里按力场的那个“！”，博士生还有老师在不断的改代码，改代码，改代码。。。。。。。。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-7 00:12

978142355 发表于 2015-11-6 22:08
是啊，我记得一个老师曾经说过，硕士生最好还是多学习学习编程，终端还有高斯计算什么的让博士生完成（当然 ...

从你个人角度，你认为能够自由潇洒的写出量化代码，需要经过多少磨练？是不是gamess的代码必须得通读，然后还要自己添加自己组里编写的代码，才能算一个合格的量化专业毕业的博士？？？

作者
Author: smutao 时间: 2015-11-7 04:05

zyj19831206 发表于 2015-11-7 00:12
从你个人角度，你认为能够自由潇洒的写出量化代码，需要经过多少磨练？是不是gamess的代码必须得通读，然 ...

对第二个问号，

作者
Author: wbn 时间: 2015-11-7 08:40

zyj19831206 发表于 2015-11-7 00:12
从你个人角度，你认为能够自由潇洒的写出量化代码，需要经过多少磨练？是不是gamess的代码必须得通读，然 ...

哥哥不要这样。吓到弟弟我了

作者
Author: brothers 时间: 2015-11-7 09:11

还好我只是做实验的......争取两年之内能大概看懂代码，我就心满意足了（会不会有点痴人说梦？）

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-7 09:31

brothers 发表于 2015-11-7 09:11
还好我只是做实验的......争取两年之内能大概看懂代码，我就心满意足了（会不会有点痴人说梦？）

这个目标也不小啊，我就是希望以后有高手能讲解代码。

作者
Author: brothers 时间: 2015-11-7 11:48

zyj19831206 发表于 2015-11-7 09:31
这个目标也不小啊，我就是希望以后有高手能讲解代码。

改为看懂部分代码

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-7 11:49

brothers 发表于 2015-11-7 11:48
改为看懂部分代码

关键就是感觉代码注释的不多，这是烦心的问题。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-11-7 13:38

zyj19831206 发表于 2015-11-7 00:12
从你个人角度，你认为能够自由潇洒的写出量化代码，需要经过多少磨练？是不是gamess的代码必须得通读，然 ...

我自己现在也是在自学代码，要想自己能够自由潇洒的写出，第一得看书，第二反复的写，反复的想，就算是自己曾经写过的代码也要不断的复习重复。gamess不敢多说，因为我连基本的还没完全学会，不过我实验室的一个师兄，就是用了1个月的时间，真的把那个gamess代码基本看懂了，他对我说，那个代码很好，就是注释少，子程序多，他是本科学物理，硕士博士学化学，所以我想一些理论的东西他可能很快就熟悉了，加上自身好学，所以无论多难，只要有耐心，勤思考，总会有所解决的。
一个合格的量化专业博士，我认为是能把自己的领域涉及的东西弄的很专业很精通，那就好了，别想着都像sob老师那样，毕竟像sob老师那样博学的人确实很少，也确实很难做到，退而求其次，我们将自己的东西做好就好。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-7 13:42

978142355 发表于 2015-11-7 13:38
我自己现在也是在自学代码，要想自己能够自由潇洒的写出，第一得看书，第二反复的写，反复的想，就算是自 ...

兄台的观点很有见地，我也是跟你有类似想法，做到面面俱到真的太难了。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-7 13:50

978142355 发表于 2015-11-7 13:38
我自己现在也是在自学代码，要想自己能够自由潇洒的写出，第一得看书，第二反复的写，反复的想，就算是自 ...

“基本看懂gamess代码”这话应当谨慎去说。很多人喜欢吹牛。如果只是把程序架构、子程序都干嘛、怎么相互调用的搞懂，这还远称不上“看懂”的层面。看懂得真正理解每个子程序的逻辑、理论。
gamess模块繁多，涉及的理论复杂，一个月别提代码了，光是把程序所有涉及的理论方法搞懂都不可能，更不可能到达代码层次全都看懂。看一年也都只能真正把一部分琢磨透。很多人太低估量化代码的难度了。我认识一个很聪明的人，参加高斯的从头算动力学那部分的开发，跟我说没其他人帮助，花了几个月还没把先前的高斯的AIMD这部分的代码彻底啃明白并能在上面扩展新功能。
这种大程序都有百万行级别的代码，别说去理解了，光是肉眼去扫代码，也得每秒钟扫一行才能一个月把代码扫完，更谈何基本看懂？
一个月，对于之前没深入学过理论化学、没写过从头算量化程序的人来说，至多也就是把HF、DFT、MP2的单点计算的代码真正搞懂，但这点代码量和GAMESS全部代码量比也就是九牛一毛。

作者
Author: greatzdk 时间: 2015-11-7 14:06

zyj19831206 发表于 2015-11-6 21:41
那样的说，现在貌似好多模拟的硕士博士都不算合格啊，大家都是用软件，自己会编程的的确不多。

为什么会写程序才算合格呢？

作者
Author: greatzdk 时间: 2015-11-7 14:10

sobereva 发表于 2015-11-7 13:50
“基本看懂gamess代码”这话应当谨慎去说。很多人喜欢吹牛。如果只是把程序架构、子程序都干嘛、怎么相 ...

大神确实很客观。
事实上好多人不是很清楚，但喜欢说点夸张的话

作者
Author: 978142355 时间: 2015-11-7 15:49
本帖最后由 978142355 于 2015-11-7 15:58 编辑

sobereva 发表于 2015-11-7 13:50
“基本看懂gamess代码”这话应当谨慎去说。很多人喜欢吹牛。如果只是把程序架构、子程序都干嘛、怎么相 ...

哦，那或许师兄真的只是“看得懂”的层面，只不过我感觉很神奇，他说了一大堆反正我是听不懂。。。。。。。。看来我也需谨慎之判断，谢谢sob老师提醒。（后续报道：sob老师事实原来是这样的，组里原来有一位师姐（已经毕业），横跨数学、物理、化学、计算机四大专业，据组里其他博士说是个天才，弄清楚，教的我师兄。。。。。。。。。。）

作者
Author: 978142355 时间: 2015-11-7 15:53

zyj19831206 发表于 2015-11-7 13:42
兄台的观点很有见地，我也是跟你有类似想法，做到面面俱到真的太难了。

反正写代码真的得反反复复的写，我1个月之前写的一个动态数组的东西写了3遍，默写真的会写了，前天又写了一遍，运行竟然没通，回去查发现，有一行完全是写错了，故我认为真的还得复习自己认为没问题的代码。关于gamess不评论了，sob老师也说了，师兄的事我心里知道就好了。。。。。。gamess代码自己加油吧。。。。。。

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