计算化学公社

标题: AMBER跑动力学，水盒子缺了几块 [打印本页]

作者
Author: 978142355 时间: 2015-11-6 20:50
标题: AMBER跑动力学，水盒子缺了几块
本人利用AMBER力场跑动力学，将一个蛋白质分子放入水盒子中，利用NVT系综跑了1ps的时候，水盒子就呈现出了缺水的情况，各位有什么方法能够将那个地方的水分子补全吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-6 21:30
用NPT啊，通过控压调整盒子，自动就会把真空部分给去掉

作者
Author: 978142355 时间: 2015-11-6 22:03

sobereva 发表于 2015-11-6 21:30
用NPT啊，通过控压调整盒子，自动就会把真空部分给去掉

通过NPT控制住了盒长之后，再用NPT最后结构的盒长跑NVT，是这样对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-6 22:54

978142355 发表于 2015-11-6 22:03
通过NPT控制住了盒长之后，再用NPT最后结构的盒长跑NVT，是这样对吗？

一直用NPT就完了，没必要切换到NVT。一般跑蛋白都是用NPT。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-11-6 23:01

sobereva 发表于 2015-11-6 22:54
一直用NPT就完了，没必要切换到NVT。一般跑蛋白都是用NPT。

got it，谢谢sob老师指点迷津。

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