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标题: 大分子的结构优化失败求助 [打印本页]

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-11-18 09:57
标题: 大分子的结构优化失败求助
各位老师好，我参照了文献中的基组优化一个大分子的结构，文献中的基组用的是B3LYP/6-31G（d,p），但是我用这个基组就会报错，一下是输入文件、log文件和output文件，还请各位老师指点，谢谢！
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Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-18 10:16
结构太不合理了，好多H都跑飞了

COF的单体，大共轭体系B3LYP是不行的，用wB97XD或者M062X

而且这个这么大的体系可能算不太动，250多个原子

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-11-18 10:27
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-11-18 10:28 编辑

先别管报错了，先写个合理的输入文件再说。至少存在以下问题：
（1）初始结构不合理，里面有些键长键角扭曲得较为严重，需要检查你的初始结构如何来的、有没有漏/多原子、是否可以获得更好的初始结构；
（2）“基组用的是B3LYP/6-31G（d,p）” 说法有误，B3LYP是泛函，6-31G(d,p)才是基组。不要盲目效仿文献，如果文献真的也用B3LYP/6-31G(d,p)优化此分子，要么是文献过于老旧，要么是文献作者不是内行（随便算的）。除非你的任务的是严格重复他的计算结果，否则没有必要光秃秃用B3LYP，一定要加色散校正。（再次）强烈推荐仔细阅读Sob老师博文《谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的》http://sobereva.com/557
（3）坐标后面的连接关系毫无用处，直接删掉，否则浪费空间。
（4）（再次）强烈建议使用#p而非#。另外，这么大体系，8核6GB远远不够，16核16GB是最低的底线，核数越多越好。64核64GB就比较合适了。

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Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-18 11:57
本帖最后由喵星大佬于 2020-11-18 12:01 编辑

对称性的COF建模很简单的，用好对称性工具

等外卖的时候大概调了下

你自己加上核数内存，这种任务估计要48核往上走吧，不做振动分析可能会要求低点，即使48核以上很好的机器振动分析一下估计也是按天计算的

wB97XD 6-31G* 相对来说合理一些

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-11-18 15:00

喵星大佬发表于 2020-11-18 11:57
对称性的COF建模很简单的，用好对称性工具

等外卖的时候大概调了下

谢谢你呀，麻烦问一下对称性工具是什么呀，因为我们后面还有几个COF结构要优化，感谢

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-11-18 15:07

zjxitcc 发表于 2020-11-18 10:27
先别管报错了，先写个合理的输入文件再说。至少存在以下问题：
（1）初始结构不合理，里面有些键长键角扭 ...

好的，谢谢老师哦

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Author: wzkchem5 时间: 2020-11-18 15:59

大王雷发表于 2020-11-18 15:00
谢谢你呀，麻烦问一下对称性工具是什么呀，因为我们后面还有几个COF结构要优化，感谢

GaussView Edit菜单->Symmetrize

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Author: 大王雷 时间: 2020-11-18 16:48

wzkchem5 发表于 2020-11-18 15:59
GaussView Edit菜单->Symmetrize

谢谢你哦

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-11-27 09:59

喵星大佬发表于 2020-11-18 11:57
对称性的COF建模很简单的，用好对称性工具

等外卖的时候大概调了下

老师您好，以下是我的两个复合物的结构，主体是一样的，就是配体小分子换了，但其中一个成功，另一个就失败了，方法用的也都是一样，还请老师指教

1、 (, 下载次数 Times of downloads: 4) 优化成功2、 (, 下载次数 Times of downloads: 2) 优化失败

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-27 10:09

大王雷发表于 2020-11-27 09:59
老师您好，以下是我的两个复合物的结构，主体是一样的，就是配体小分子换了，但其中一个成功，另一个就失 ...

优化失败了不给out文件么

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-11-27 14:29

喵星大佬发表于 2020-11-27 10:09
优化失败了不给out文件么

不好意思老师，这是给出的out文件 (, 下载次数 Times of downloads: 1)

图是log文件给出的信息
(, 下载次数 Times of downloads: 46)

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-11-27 17:16

大王雷发表于 2020-11-27 14:29
不好意思老师，这是给出的out文件

图是log文件给出的信息

你这个优化任务可太厉害了

首先报错的原因是你自己提交问题，估计是文件名写错了

然后你加上去的小分子，连H都没加，这个就有点牛逼了
我还在纳闷为啥是开壳层的，点开直接惊了

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-11-27 20:02

喵星大佬发表于 2020-11-27 17:16
你这个优化任务可太厉害了

首先报错的原因是你自己提交问题，估计是文件名写错了

好的，谢谢老师指点

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-11-30 09:38

wzkchem5 发表于 2020-11-18 15:59
GaussView Edit菜单->Symmetrize

老师您好，我们用了您说的这个对称性工具，还是优化失败，还请老师帮忙指点，感谢 (, 下载次数 Times of downloads: 2)
(, 下载次数 Times of downloads: 37)

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Author: wzkchem5 时间: 2020-11-30 10:07

大王雷发表于 2020-11-30 09:38
老师您好，我们用了您说的这个对称性工具，还是优化失败，还请老师帮忙指点，感谢

你的结构已经扭曲到光靠对称化工具解决不了的程度了
仔细检查每两个你认为应该成键的原子是否成键了，键长键角二面角是否正确，如果不确定，回去翻有机化学课本。目测有好几十个原子的位置都不对。
另外请贴输出文件，而不要只贴命令行窗口的输出，命令行窗口的输出几乎没有任何信息量，不能用来判断错误所在。

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-12-3 13:58

喵星大佬发表于 2020-11-27 17:16
你这个优化任务可太厉害了

首先报错的原因是你自己提交问题，估计是文件名写错了

老师，我在优化复合物时候总是报错，6-31G**或def2-SVP都用过还是不行，麻烦老师帮我看看是什么原因，谢谢！
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作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-12-3 14:06

大王雷发表于 2020-12-3 13:58
老师，我在优化复合物时候总是报错，6-31G**或def2-SVP都用过还是不行，麻烦老 ...

原因你自己花几秒钟即可找到，输出文件末尾写得十分清楚Convergence criterion not met.

这都是常见报错了，看报错合辑《Gaussian 常见报错及解决方法；新手求助报错时的注意事项》http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html
以及《解决SCF不收敛问题的方法》http://sobereva.com/61

另外，强烈建议用#p而非#，且删去geom=conn即坐标底下连接关系等无用内容。

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