计算化学公社

标题: VMD能显示盒子尺寸大小么？ [打印本页]

作者
Author: 二饼妹 时间: 2020-11-18 10:53
标题: VMD能显示盒子尺寸大小么？
VMD能显示.gro或者.pdb文件的盒子尺寸么？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-18 11:12
gro文件末尾直接就够了盒子尺寸
pdb文件里如果记录了盒子尺寸，在CRYST1字段，一搜就有
非要在VMD里看就在命令行窗口输入pbc get

作者
Author: 二饼妹 时间: 2020-11-18 11:44

sobereva 发表于 2020-11-18 11:12
gro文件末尾直接就够了盒子尺寸
pdb文件里如果记录了盒子尺寸，在CRYST1字段，一搜就有
非要在VMD里看就 ...

懂了，多谢老师！

作者
Author: Jus 时间: 2022-10-12 11:58

sobereva 发表于 2020-11-18 11:12
gro文件末尾直接就够了盒子尺寸
pdb文件里如果记录了盒子尺寸，在CRYST1字段，一搜就有
非要在VMD里看就 ...

sob老师好，请问如果我只想看盒子中其中一相的尺寸，可以操作吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-12 12:37

Jus 发表于 2022-10-12 11:58
sob老师好，请问如果我只想看盒子中其中一相的尺寸，可以操作吗

可以结合VMD
命令行里输入measure minmax [atomselect top 选择语句]，就可以得到选择语句对应的原子的xyz最大最小值
选择语句的语法看
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: Jus 时间: 2022-10-12 21:41

sobereva 发表于 2022-10-12 12:37
可以结合VMD
命令行里输入measure minmax [atomselect top 选择语句]，就可以得到选择语句对应的原子的x ...

好的，谢谢老师

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