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标题: charmm力场溶剂模型选择及CGenFF生成拓扑文件疑问 [打印本页]

作者
Author: 小桃UpUp 时间: 2020-11-18 19:53
标题: charmm力场溶剂模型选择及CGenFF生成拓扑文件疑问
本人欲模拟小分子糖类与水环境的互作关系，主力场选择了charmm36力场，采用CGenFF生成分子拓扑文件，现有两个疑问：
1. 采用CGenFF生成的分子拓扑文件中的原子电荷是否准确？有没有必要修改为RESP20.5电荷？
2. 文献主力场为charmm的通常匹配的是TIP3P或者是SPCE水模型，能否匹配为比较好的OPC3水模型？
谢谢各位老师答疑~

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-11-18 21:17
1. CHARMM有官方的糖类力场，不要用CGENFF
2. CHARMM力场原理上只能和TIP3P共同使用，如果特别追求水模型的好坏（比如专门研究水的时候），也许可以和新型四点水模型搭配使用，但我认为CHARMM力场在任何情况下都不应该和TIP3P以外的三点水模型搭配使用

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-19 05:09
对于水分子只是起到描述环境作用的情况，水模型自身精度并不重要，反倒是如果用的不是力场参数化的时候用的水模型，误差可能没法很好抵消。

作者
Author: 小桃UpUp 时间: 2020-11-19 10:11

fhh2626 发表于 2020-11-18 21:17
1. CHARMM有官方的糖类力场，不要用CGENFF
2. CHARMM力场原理上只能和TIP3P共同使用，如果特别追求水模型 ...

感谢老师的解答，关于第1个问题我还有点疑惑，请老师指点：
我是采用GROMACS软件模拟糖类，特意选择了纳入糖类考虑的charmm36力场，然后利用CGenFF的在线软件生成CHARMM格式的分子拓扑文件，利用脚本转为GROMACS的拓扑文件。想问下老师这种生成拓扑文件的方式是否合理？生成的拓扑文件原子电荷是否有必要修改为RESP20.5电荷？或者是否有更好的方法生成这类拓扑文件？
谢谢老师解答~

作者
Author: 小桃UpUp 时间: 2020-11-19 10:14

sobereva 发表于 2020-11-19 05:09
对于水分子只是起到描述环境作用的情况，水模型自身精度并不重要，反倒是如果用的不是力场参数化的时候用的 ...

谢谢社长大人解答~

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-11-19 15:04

小桃UpUp 发表于 2020-11-19 10:11
感谢老师的解答，关于第1个问题我还有点疑惑，请老师指点：
我是采用GROMACS软件模拟糖类，特意选择了纳 ...

你先把基本概念弄明白
“纳入糖类考虑的CHARMM力场”显然是包括了糖类的拓扑文件和电荷的，不需要你去自己生成什么东西
CGENFF是基于模板生成CHARMM力场中不存在的有机分子拓扑/参数的工具
CGENFF会基于模板自动产生原子电荷，不需要自己生成

作者
Author: 小桃UpUp 时间: 2020-11-19 15:59

fhh2626 发表于 2020-11-19 15:04
你先把基本概念弄明白
“纳入糖类考虑的CHARMM力场”显然是包括了糖类的拓扑文件和电荷的，不需要你去自 ...

好的了解了，非常感谢老师解答~

作者
Author: zzzzzhou 时间: 2023-7-3 16:37

fhh2626 发表于 2020-11-19 15:04
你先把基本概念弄明白
“纳入糖类考虑的CHARMM力场”显然是包括了糖类的拓扑文件和电荷的，不需要你去自 ...

老师你好，我看了您的回答有一些问题：我直接用多糖的pdb文件用pdb2gmx生成拓扑文件时会出现报错，charmm力场里并没有多糖残基的信息，如果不通过cgenff的话我该如何获得拓扑文件呢

作者
Author: fhh2626 时间: 2023-7-3 18:35

zzzzzhou 发表于 2023-7-3 16:37
老师你好，我看了您的回答有一些问题：我直接用多糖的pdb文件用pdb2gmx生成拓扑文件时会出现报错，charmm ...

"charmm力场里并没有多糖残基的信息"显然是错误的

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