计算化学公社

标题: 关于构建纤维素Gromacs拓扑文件的问题请教 [打印本页]

作者
Author: 842655799 时间: 2020-11-18 21:11
标题: 关于构建纤维素Gromacs拓扑文件的问题请教
各位老师好，
我想跑一个多条链纤维素的分子动力学，采用Cellulose-builder软件构建的晶体结构，想问如何生成Gromacs下的拓扑文件？本人只会个acpype，对多链纤维素还不适用。文献中提到的CHARMM36和GLYCAM06力场还不会用，请各位老师指点一下，感激不尽！

作者
Author: 高朋满座 时间: 2020-11-19 00:31
Gromacs可以添加CHARMM36力场，下载后添加进top目录就可以用了
http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs

卢老师总结过产生GROMACS拓扑的很多方法，请你参考：
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-19 05:14
这种由单体聚合成的体系通常用pdb2gmx，根据实际情况把残基定义写进rtp里

作者
Author: 842655799 时间: 2020-11-19 10:15

sobereva 发表于 2020-11-19 05:14
这种由单体聚合成的体系通常用pdb2gmx，根据实际情况把残基定义写进rtp里

谢谢老师解答，对于残基定义写进rtp里这一步没有了解过，不知道如何进行？
我的模型是五条链，每条链由五个纤维二糖组成的纤维素晶体结构

作者
Author: 842655799 时间: 2020-11-19 10:16

高朋满座发表于 2020-11-19 00:31
Gromacs可以添加CHARMM36力场，下载后添加进top目录就可以用了
http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff ...

谢谢老师的回复

作者
Author: 842655799 时间: 2020-11-19 11:49

sobereva 发表于 2020-11-19 05:14
这种由单体聚合成的体系通常用pdb2gmx，根据实际情况把残基定义写进rtp里

老师，我尝试做了一下但出现错误，想去修改charmm力场文件但无从下手，想通过力场文件修改pdb文件，也不知道如何对应，希望老师指点一番，谢谢了。错误截图和纤维素pdb文件都已上传

作者
Author: juddtrump 时间: 2020-12-7 09:23
您好！请问您已经解决了吗？我也是用cellulose builder生成了纤维素，但是不知道如何添加Glycam06力场，希望您能指导一下，谢谢！

作者
Author: 842655799 时间: 2020-12-21 15:23

juddtrump 发表于 2020-12-7 09:23
您好！请问您已经解决了吗？我也是用cellulose builder生成了纤维素，但是不知道如何添加Glycam06力场，希 ...

Glycam06力场可能不太一样，可以联系我邮箱842655799@qq.com

作者
Author: zhaowang 时间: 2022-7-3 18:44
本帖最后由 zhaowang 于 2023-5-24 16:59 编辑

cellulose-builder

作者
Author: zhaowang 时间: 2022-7-3 18:46
本帖最后由 zhaowang 于 2023-5-24 16:55 编辑

zhaowang 发表于 2022-7-3 18:44
您好，可以分享一下，cellulose-builder软件吗？问了很多人都没有，太难了。十分感谢呀

作者
Author: lll123 时间: 2025-7-30 10:47

zhaowang 发表于 2022-7-3 18:44
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您好，我现在使用build生成了纤维素的psf文件，请问怎么获得它的itp呀

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